В 2000 г. федеральный центр предпринял решительные шаги по созданию гражданских органов власти в Чечне. В июне указом Президента РФ муфтий Чечни А. Кадыров назначен главой местной администрации. Утверждение в этом статусе бывшего активного участника первой чеченской войны свидетельствовало о готовности Москвы считаться со сложившимися внутричеченскими реалиями. В январе 1999 г. в правительстве России была учреждена должность федерального министра по делам Чечни, создано правительство Чеченской Республики, принята Федеральная программа восстановления ее экономики и социальной сферы, на которую выделено 14,7 млрд руб. (примерно 500 млн долл.). Реализовать же мирные планы оказалось трудно, поскольку сохранявшиеся отряды боевиков вели борьбу как против российских военных, так и против кадыровской администрации. Сохранялась ситуация вялотекущего конфликта, и по-прежнему оставался открытым вопрос о его политическом урегулировании в новых условиях. С конца 2001 г. велись переговоры между доверенным лицом А. Масхадова М. Удуговым и представителем Президента РФ в Южном федеральном округе В. Казанцевым. Однако видимых результатов они не дали.
23 октября 2002 г. отряд чеченских террористов-смертников под командованием М. Бараева численностью более 50 человек захватил в заложники около тысячи зрителей и актеров мюзикла «Норд-Ост» в Театральном центре на Дубровке в Москве. Лидеры боевиков требовали от российского руководства полного вывода войск с территории Чечни, угрожая взорвать здание. Но в спецоперации по спасению заложников 26 октября почти все террористы были уничтожены, взрыв здания удалось предотвратить, хотя в результате штурма погибли и 129 заложников — в основном вследствие вынужденного применения усыпляющего газа на фоне переутомления и длительного стресса. Впервые со времен рейда Басаева на Буденновск в 1995 г. террористам не удалось уйти с места преступления. Российская власть продемонстрировала твердое намерение не идти на уступки террористам.
События октября 2002 г. актуализировали поиск альтернативных военным подходов. В ноябре того же года инициировано начало конституционного процесса в Чечне. В марте 2003 г. в республике был проведен референдум. За принятие предложенного проекта конституции высказались 96% его участников. Они поддержали также идею выборов президента и парламента республики, что отразило стремление населения к нормализации обстановки. В октябре 2003 г. выборы состоялись, президент и парламент избраны. Началась подготовка договора о разграничении полномочий между федеральными и республиканскими органами власти, значительно увеличились ассигнования на восстановление разрушенной экономики и социальной сферы. Эти меры призваны привести к постепенному перенесению центра тяжести борьбы с боевиками и наведения порядка в Чечне на местные структуры. Для решения этих проблем активно привлекалась чеченская диаспора России, возвращающиеся беженцы из Ингушетии. Однако события 2000—2004 гг. продемонстрировали, что и у новой чеченской политики Москвы по-прежнему имеются непримиримые противники. Помимо действий боевиков в самой Чечне, страна узнала новый вид преступлений — акции террористов-смертников. Жертвой теракта стал и Президент Чеченской Республики А. Кадыров. Взрыв произошел на стадионе в Г розном 9 мая 2004 г. во время торжественного парада.