13 марта 1938 г. Военная коллегия Верховного суда СССР объявила приговор. Для 18 подсудимых — смертный. В результате этой и подобных судебных и внесудебных расправ физически ликвидировали значительную часть старой большевистской гвардии, многочисленных представителей партийного и государственного аппарата, заподозренных в нелояльности и непригодности.
В 1938 г. завершились чистки по «национальным операциям». Общее число репрессированных по ним за 1937–1938 гг. составило 335 513 человек, из которых приговорено к расстрелу 247 157 (73,6 %). Предавались суду и профессиональные революционеры, переходившие из сопредельных стран на территорию СССР. В январе 1938 г. Политбюро ЦК приняло специальное решение — расстреливать всех задерживаемых перебежчиков, если они перешли границу «с враждебной целью», когда же такой цели не обнаруживалось — осуждать на 10 лет тюремного заключения.
Репрессии по национальному признаку не обошли и силовые структуры. В соответствии с директивой наркома обороны (24 июня 1937 г.) из армии подлежали увольнению военнослужащие всех «национальностей, не входящих в состав Советского Союза», в первую очередь — родившиеся за границей, а также имеющие там родственников. В мае 1938 г. ЦК партии дал указание об удалении из органов НКВД всех сотрудников, имеющих родственников за границей и происходивших из «мелкобуржуазных» семей. Из руководящего состава НКВД исчезли поляки, латыши, немцы, значительно сократилось число евреев (с 21,3 % на начало сентября 1938 г. до 3,5 % — к концу 1939).
К концу 1938 г. борьба за уничтожение «пятой колонны» пошла на спад. 17 ноября правительственным постановлением запрещалось проведение «массовых операций по арестам и выселению» и осуждалось «нарушение законности». 25 ноября от должности наркома внутренних дел освобожден, в апреле 1939 г. арестован по обвинению в заговоре и в феврале 1940 г. расстрелян Н. И. Ежов. Его участь разделил 101 высший руководитель ведомства — все заместители наркома, почти все начальники отделов центрального аппарата НКВД, наркомы внутренних дел союзных и автономных республик, начальники многих краевых, областных и городских управлений. При новом наркоме Л. П. Берии масштабы репрессий сократились. В 1939 г. «за контрреволюционные и государственные преступления» приговорены к смерти 2552 человека, в 1940 г. — 1649, в 1941 г., включая военное полугодие, — 8001 человек. В 1939–1940 гг. реабилитированы и освобождены из мест заключения 837 тыс. человек.
О масштабах репрессий в самой правящей партии можно судить по динамике исключений из ее рядов: в 1937–1938 гг. — 216 тыс. человек, в 1939 г. — 26,7 тыс., в 1940 г. — около 40 тыс. В то же время в 1939–1940 гг. в партии восстановлено 164,8 тыс. человек. Из 34 членов Политбюро, входивших в него в 1917–1939 гг., репрессировано 17, из 27 членов Секретариата ЦК — 15, из 64 членов Оргбюро — 42, из 71 члена ЦК — 49, из 18 председателей и заместителей председателя Совнаркома СССР — 10.
В марте 1939 г. Сталин обнародовал цифры, согласно которым на XVIII съезде партии было представлено на 270 тыс. коммунистов меньше, чем на предыдущем съезде в 1934 г. За период между съездами «были выдвинуты на руководящие посты по государственной и партийной линии более 500 тыс. молодых большевиков, партийных и примыкающих к партии». Если предположить, что выдвижения осуществлялись главным образом для замены репрессированных руководителей, то можно сделать заключение и о числе репрессированных коммунистов, занимавших руководящие посты в партии и государстве.
В результате репрессий, завершивших «революцию сверху», в стране окончательно утвердился режим личной власти Сталина, который умел подчиняться социальным и экономическим реальностям, но и в дальнейшем широко использовал страх, жестокое насилие наряду с иными методами управления обществом.
Наиболее пострадавшей от репрессий оказалась Красная армия, особенно ее высший командный состав. Из 837 человек, имевших в 1935 г. персональные воинские звания от полковника и выше, арестовано 720 (86 %). Всего же в 1937–1938 гг. из РККА уволено 37 тыс. офицеров (для сравнения: до 1935 г. во всей армии их было около 40 тыс.), из них по политическим мотивам — 29 тыс. К 1941 г. 13 тыс. из них были восстановлены в армии, арестовано было до 7 тыс., расстреляно — до 5 тыс. человек. Число уволенных составляло около 2,5 % от общей численности офицеров накануне войны.