К концу 30-х гг. в стране действовали 90 институтов сельскохозяйственного профиля, 127 социально-экономических и педагогических НИИ, 268 научных учреждений в системе народного здравоохранения. В 1940 г. исследовательскую работу в стране вело 1821 научное учреждение. В системе АН СССР работали 200 научных учреждений, в том числе 78 институтов. С 1938 г. Академия наук СССР имела 8 отделений: физико-математических, технических, химических, биологических, геолого-географических наук, экономики и права, истории и философии, литературы и языка. В 1938–1939 гг. система Академии расширилась за счет создания институтов теоретической геофизики, автоматики и телемеханики, металлургии, механики. В 1939–1941 гг. были организованы Узбекский, Туркменский и Таджикский филиалы АН СССР. В январе 1941 г. на базе филиала была создана Академия наук Грузинской ССР и образована Академия наук Литовской ССР.
Численность сотрудников АН СССР возросла с 1018 человек в 1927 г. до 16 335 — в 1940-м. Во всех областях науки трудились 98,3 тыс. человек, в 4 раза больше, чем в 1928 г. Среди научных сотрудников Академии наук было 126 действительных и почетных членов и 191 член-корреспондент, 402 доктора и 1271 кандидат наук.
В вузах страны в предвоенном учебном году работали 61,4 тыс. научных работников и преподавателей, а в научных учреждениях системы здравоохранения — 9166 научных сотрудников. Всего в народном хозяйстве страны к концу 1940 г. трудилось 2,4 млн специалистов с высшим и средним специальным образованием (в 1913 г. — 190 тыс.).
К началу 40-х годов многие представители старой интеллигенции встали на путь тесного сотрудничества с советской властью. Доля старой интеллигенции среди работников умственного труда в 1939 г. составляла 10 % (в 1926 г. — 50). Это говорило о том, что формирование новой советской интеллигенции в СССР в основном завершалось.
Во второй половине 30-х гг. было осуществлено массовое обновление руководящих кадров народного хозяйства. Одним из варварских способов их замены на более квалифицированных и энергичных был «большой террор» 1937–1938 гг. Характеризуя эти годы, известный специалист в области управления академик Д. М. Гвишиани писал, что объективная причина выдвижения плеяды новых молодых руководителей «состояла в вынужденной потребности в компетентных кадрах управления народным хозяйством». Это обстоятельство заставило отказаться от сложившейся практики назначения руководящих кадров по принципу идеологической преданности. Новые люди были специалистами, выросшими на производстве, способными отвечать за конкретное дело. Приближение войны спасло от проводившегося прежде фактически планомерного уничтожения колеблющихся в политическом отношении и просто сохранявших независимость суждений интеллигентов старой формации.
В. М. Молотов, отвечая много лет позднее на вопрос поэта Ф. И. Чуева, «почему сидели Туполев, Стечкин [выдающийся специалист в области двигателестроения], Королев», незамысловато объяснял: «Они ведь не поддерживали нас… Некоторое время они были противниками, и нужно было еще время, чтобы приблизить их к советской власти… И не считаться с тем, что в трудный момент они могут стать особенно опасны, тоже нельзя. Без этого в политике не обойдешься. Своими руками они коммунизм не смогут построить… Иван Петрович Павлов говорил студентам: “Вот из-за кого нам плохо живется!” — и указывал на портреты Ленина и Сталина. Этого открытого противника легко понять. С такими, как Туполев, сложнее было. Туполев из той категории интеллигенции, которая очень нужна Советскому государству, но в душе они — против, и по линии личных связей они опасную и разлагающую работу вели, а даже если и не вели, то дышали этим».
Молотов был по-своему прав. Но своя правда была и у А. Н. Туполева, который обращался в «шараге» к товарищам по несчастью: «Нас не информируют, нам приказывают, однако только осел не может не видеть, что дело идет к войне. Не менее ясно, что никто, кроме нас, спроектировать нужный стране бомбардировщик не может. Вероятно, я буду прав, если скажу, что мы любим свою родину не менее других и, наверное, больше, чем те, кто собрал нас сюда. Условия трудные, а если отрешиться от личных огорчений и взглянуть шире, — трагичные. И понимая все это, я ставлю перед вами задачу, которую никто, кроме вас, не выполнит. А вы — я знаю, что вы выполните, на то вы и есть вы».