Смятение в Москве длилось до конца июня. Из всех приказов, поступавших в войска, фактически действовал лишь один — сражаться до последнего. Однако ситуация на фронтах не улучшалась. Советские войска отступали. 24 июня они оставили Вильнюс, 28 июня были вынуждены покинуть Минск. 30 июня немцы захватили Львов, вели бои за Ригу, которая пала 1 июля. Непрерывной бомбардировке подвергались Мурманск, Орша, Могилев, Смоленск, Киев, Одесса, Севастополь. 29 июня Гитлер заявил: «Через четыре недели мы будем в Москве, и она будет перепахана». 30 июня Гальдер произнес: «Русские потерпели поражение в этой войне в течение первых же восьми дней». И вскоре «уточнил»: «Кампания против России выиграна за четырнадцать дней». Эти оценки, пока еще вполне согласные с планом «Барбаросса» и самоуверенностью агрессора, были ошибочными. Основные события на советско-германском фронте только начинались.
Перестройка страны на военный лад. Начавшаяся с первых часов войны перестройка жизни в стране стала приобретать заметную организованность с конца июня 1941 г. По образному замечанию наркома ВМФ Н. Г. Кузнецова, «государственная машина, направленная по рельсам невероятности нападения Гитлера, вынуждена была остановиться, пережить период растерянности и потом повернуть на 180 градусов». Вечером 29 июня Сталин был крайне удручен потерей Минска и грандиозностью масштаба катастрофы, разворачивающейся на западе страны. При выходе из наркомата обороны он произнес фразу, которую позже в разных вариантах воспроизводили мемуаристы: «Все, что создал Ленин, мы потеряли навсегда». Ответственность за катастрофическое развитие событий, во многом лежавшая лично на диктаторе, не могла не вывести его из равновесия. Он воспрянул духом только после того, как соратники не только не высказали ему претензий, но предложили образовать и возглавить чрезвычайный орган — Государственный Комитет Обороны, передав ему всю полноту партийной и государственной власти в стране.
Решение Президиума Верховного Совета СССР, ЦК ВКП(б) и Совнаркома о создании ГКО принято 30 июня. Вначале в него, помимо Сталина, были включены В. М. Молотов, К. Е. Ворошилов, Г. М. Маленков, Л. П. Берия. В дальнейшем постановлениями Президиума Верховного Совета СССР в феврале 1942 г. в состав ГКО введены А. И. Микоян, Н. А. Вознесенский и Л. М. Каганович, а в ноябре 1944 г. — Н. А. Булганин, сменивший Ворошилова. При образовании ГКО заместителем председателя был назначен Молотов (практически второй человек в государстве). Однако с учреждением 8 декабря 1942 г. Оперативного бюро ГКО и утверждением Берии его руководителем и зампредом ГКО Молотов стал постепенно утрачивать свое положение, а на вторые роли после Сталина выходили Берия и Маленков.
Комитет обладал обширной компетенцией: назначал и смещал высшее командование, решал военно-стратегические вопросы, занимался подготовкой военных и трудовых резервов, налаживал работу промышленности, транспорта, сельского хозяйства. Каждый член ГКО ведал определенным кругом вопросов. Постановления Комитета имели силу законов военного времени. Все партийные, государственные, военные, хозяйственные и профсоюзные органы были обязаны беспрекословно выполнять его решения и распоряжения. В своей деятельности ГКО опирался на аппарат СНК СССР, своих уполномоченных на местах, которыми, как правило, были секретари партийных комитетов краев и областей, на местные городские комитеты обороны, партийные и государственные органы.
Рабочими органами и исполнителями решений Комитета были наркоматы обороны, ВМФ и их управления. Стратегическое руководство вооруженной борьбой осуществлялось через Ставку ВГК. В городах, оказывавшихся в непосредственной близости к фронту, создавались городские комитеты обороны (в составе председателя из местных руководителей, командующего фронтом, представителя НКВД). Они действовали в более чем 60 городах и наделялись правом объявлять город на осадном положении; производить мобилизацию, эвакуацию населения; создавать народные ополчения и истребительные отряды; давать предприятиям задания по выпуску вооружения и боеприпасов; организовывать строительство оборонительных рубежей.
За годы войны ГКО принял около 10 тыс. постановлений, руководил деятельностью всех государственных ведомств и учреждений, от которых зависели ход и исход войны. Под руководством Комитета Ставка спланировала 9 кампаний, 51 стратегическую и 250 фронтовых операций. Не все оказались успешными, но многие из них стали, по оценке Г. К. Жукова, «беспримерными в истории войн как по своим масштабам, так и по классическому их осуществлению». К их числу принадлежат битвы под Москвой и Сталинградом, на Курской дуге; Ясско-Кишиневская операция; разгром немецких войск в Белоруссии; Висло-Одерская и Берлинская операции.