30 июня 1941 г. Совнарком СССР утвердил общий мобилизационный народно-хозяйственный план, предусматривающий перестройку экономики на военный лад в кратчайшие сроки. В августе принят военно-хозяйственный план на последний квартал 1941 г. и на весь 1941 г. по районам Поволжья, Урала, Западной Сибири, Казахстана и Средней Азии.
Основная программа действий по превращению страны в единый боевой лагерь сформулирована в «Директиве СНК СССР и ЦК ВКП(б) партийным и советским организациям прифронтовых областей о мобилизации всех сил и средств на разгром фашистских захватчиков» от 29 июня 1941 г. В ней осуждались сохранявшиеся в стране с довоенных времен «благодушно-мирные настроения», непонимание смысла угрозы и опасности, создающейся продолжавшимся наступлением германских войск. Разъяснялось, что целью нападения является не только уничтожение советского строя, но и ограбление страны, захват хлеба, нефти, восстановление власти помещиков и капиталистов, что в войне «решается вопрос о жизни и смерти Советского государства, о том — быть народам Советского Союза свободными или впасть в порабощение». Родина оказалась в величайшей опасности, и «мы должны быстро и решительно перестроить всю свою работу на военный лад».
Из текста первоначального варианта директивы был вычеркнут призыв к мобилизации всех сил для «организации победы». Упор сделан на оборонительные задачи, необходимость «отстаивать каждую пядь советской земли, драться до последней капли крови за наши города и села, проявлять смелость, инициативу и сметку, свойственные нашему народу». Директива призывала «организовать беспощадную борьбу со всякими дезорганизаторами тыла, дезертирами, паникерами, распространителями слухов, уничтожать шпионов, диверсантов, вражеских парашютистов, оказывая во всем этом быстрое содействие истребительным отрядам». Отдельный пункт директивы требовал «немедленно предавать суду военного трибунала всех тех, кто своим паникерством и трусостью мешает делу обороны, невзирая на лица».
При вынужденном отходе частей Красной армии директива призывала оставлять на пути захватчиков лишь выжженную землю и ни одного паровоза, ни одного вагона, ни килограмма хлеба, ни литра горючего, утонять скот. «Все ценное имущество, в том числе цветные металлы, хлеб и горючее, которое не может быть вывезено, должно безусловно уничтожаться». В занятых врагом районах требовалось «создавать партизанские отряды и диверсионные группы для борьбы с частями вражеской армии, для разжигания партизанской войны всюду и везде».
Эта директива была положена в основу выступления Сталина по радио 3 июля и определила характер действий советского руководства и всего народа в годы войны. Сталин, однако, включил в речь ряд новых важных тем, а главное, сумел найти такие слова и такой тон, которые превратили директиву в одну из самых волнующих его речей, оказавших колоссальное воздействие на сограждан. Он признал тяжелые потери, оправдывал заключенный в 1939 г. пакт с Германией, сказал о нависшей над страной громадной опасности, выразил надежду на помощь Британии и Америки, которые становились союзниками в борьбе. Необычными были первые слова обращения: «Товарищи! Граждане! Братья и сестры!», явно перекликавшиеся с обращениями служителей РПЦ.
Сталин, скорее всего, уже прочитал «Послание пастырям и пасомым Христовой Православной церкви» Патриаршего Местоблюстителя, митрополита Московского и Коломенского Сергия. Оно было написано утром 22 июня и разослано по всем приходам страны. Священники (в 1941 г. их было 5665) оглашали послание в церквах после богослужений, и вскоре оно стало известным значительной части верующего населения страны.
Иерарх призывал «пасомых» встать против неправды и голого насилия «врагов православного христианства», помнить по примеру предков «не о личных опасностях и выгодах, а о священном своем долге перед Родиной», вспомнить святых вождей Александра Невского, Дмитрия Донского и неисчислимые тысячи простых православных воинов, полагавших свои души за народ и Родину. В заключение говорилось: «Православная наша Церковь всегда разделяла судьбу народа. Вместе с ним она и испытания несла, и утешалась его успехами. Не оставит она народа своего и теперь. Благословляет она небесным благословением и предстоящий всенародный подвиг». Слово предстоятеля РПЦ несло огромный заряд патриотизма, указывало на глубинный исторический источник народной силы и веры в конечную победу над врагами. Послание стало важным сигналом к изменению отношения власти к Церкви и верующим. В июле 1941 г. состоялась краткая встреча Сталина с митрополитом Сергием, положившая начало нормализации государственно-церковных отношений. В стране прекратилась антирелигиозная пропаганда, перестали выходить в свет журналы «Безбожник», «Антирелигиозник». С осени 1941 г. почти не было арестов священнослужителей.