В июле 1941 г. Политбюро ЦК приняло постановление об организации партизанского движения на оккупированных противником территориях силами партийных органов, диверсионных военных групп и органов НКВД. (На оккупированной территории осталось более 5,5 млн военнообязанных рождения 1890–1925 гг.) К концу года стали создаваться штабы и отделы партизанского движения при политуправлениях фронтов. В мае 1942 г. при Ставке Верховного Главнокомандования образован Центральный штаб партизанского движения (начальник П. К. Пономаренко). Главнокомандующим партизанским движением в сентябре — ноябре 1942 г. был К. Е. Ворошилов.
Ухудшившееся продовольственное снабжение страны заставило уже 18 июля 1941 г. ввести в Москве, Ленинграде, их пригородах карточки на хлеб, мясо, жиры, сахар и другие важнейшие продукты, в октябре их пришлось ввести почти во всех городах, в конце года — по стране в целом. Поначалу на карточное снабжение перевели 56 млн человек — 26,9 млн работающих, 17,4 млн иждивенцев, 11,7 млн детей до 12 лет. К декабрю 1942 г. в связи с оккупацией территории, где до войны проживали 80 млн человек, численность населения, снабжаемого по карточкам, сократилась до 38,1 млн человек, затем она снова увеличилась. Население деревни на государственное довольствие не принималось. Основным источником питания для огромной массы крестьянских семей были приусадебные участки.
Летом 1941 г. началась эвакуация промышленных предприятий в восточные районы страны. Для этой работы был создан Совет по делам эвакуации при ГКО. В октябре образован Комитет по эвакуации продовольственных запасов, промышленных товаров и предприятий промышленности. К началу 1942 г. перевезены и вскоре запущены более 1,5 тыс. промышленных предприятий (из них 1360 оборонных), число эвакуированных рабочих достигало трети штатного состава. С 26 июня 1940 г. действовала уголовная ответственность за самовольный уход, прогулы и опоздания на работу, а с 26 декабря 1941 г. рабочие и служащие военных предприятий объявлялись мобилизованными на весь период войны, самовольный уход с предприятий карался как дезертирство.
Оборонительные бои лета и осени 1941 г. Этап тяжелейших неудач и отступления Красной армии продолжался до декабря 1941 г. Немецкие войска рвались к Ленинграду, Москве и Киеву — центрам районов, в которых находилось около 70 % всех военных заводов страны. Усилия советских войск, действующих на этих направлениях, координировали созданные 10 июля три штаба главного командования войск направлений: Северо-Западного (главнокомандующий К. Е. Ворошилов, член Военного совета А. А. Жданов), Западного (С. К. Тимошенко и Н. А. Булганин), Юго-Западного (С. М. Буденный и Н. С. Хрущев). Главную роль на войне были призваны играть герои Гражданской войны. Однако, как показали дальнейшие события, бывшие герои-конники, несмотря на личную храбрость, заслуги и популярность, с этой ролью справлялись плохо. Уже через полтора-два месяца Ворошилова и Буденного освободили от должности главкомов. 27 августа 1942 г. Буденный был снят с поста 1-го заместителя наркома обороны (назначен Г. К. Жуков).
В попытках остановить катастрофическое развитие ситуации на фронтах власть прибегла к экстраординарным мерам. Через три недели после начала войны, 16 июля 1941 г., были восстановлены институты военных комиссаров в корпусах, дивизиях и полках, а также политруков в ротах, батареях и эскадрильях. В последующем эти органы по усилению партийного влияния в Вооруженных силах были распространены на другие структурные части РККА и ВМФ. Институт военных комиссаров ограничивал принцип единоначалия в армии и должен был способствовать всемерному укреплению стойкости командиров и личного состава, их готовности сражаться до конца. В июле 1941 г. были преданы суду, обвинены в трусости, бездействии, сознательном развале управления войсками и приговорены к высшей мере наказания командующий Западным фронтом Д. Г. Павлов, группа генералов Западного и Северо-Западного фронтов. До апреля 1942 г. по обвинениям в подобных преступлениях расстреляны 30 генералов. 16 августа 1941 г. издан приказ об ответственности военнослужащих за сдачу в плен и оставление врагу оружия. По нему пленные командиры и политработники объявлялись «злостными дезертирами», их семьи подлежали репрессиям, родные пленных солдат лишались льгот. Однако методы устрашения не давали ожидаемого результата. Просуществовав 15 месяцев, 9 октября 1942 г. институт военных комиссаров был упразднен.