В достижении победы значительную роль сыграла позиция Русской православной церкви. Тяготы войны, утраты и лишения оживили религиозные настроения в народе. Власть высоко ценила патриотическую деятельность РПЦ по сбору денежных средств и вещей для нужд фронта. (Всего за годы войны в Фонд обороны от граждан поступило 24 млрд руб.) Государство делало все новые шаги к признанию важной роли Церкви. Ей была отдана типография Союза воинствующих безбожников, где в 1942 г. напечатана большая книга под названием «Правда о религии в России», предназначенная, главным образом, для пропаганды за границей. В книге отмечались полная свобода религии в СССР, традиционный патриотизм Русской православной церкви, подчеркивалась тесная связь между русским народом и его Церковью.
В конце марта 1942 г. в Ульяновске был созван первый за время войны Собор епископов Русской православной церкви. На нем были осуждены иерархи, вставшие на путь сотрудничества с германскими оккупационными властями. Осуждение «изменников веры и отечества» не могло не сокращать общих масштабов коллаборационизма на оккупированных территориях. Оно во многом способствовало тому, что большинство попавших в оккупацию рядовых священников сохраняли верность Родине, помогали партизанам, укрывали мирных жителей от репрессий гитлеровцев. Патриотическая деятельность священников нещадно каралась оккупантами.
Демонстрируя меняющееся отношение к Церкви, московские власти в апреле 1942 г. впервые способствовали организации религиозного празднования православной Пасхи. 2 ноября 1942 г. один из трех высших иерархов РПЦ, митрополит Николай (Б. Д. Ярушевич), был включен в Чрезвычайную государственную комиссию по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков. 5 января 1943 г. митрополит Сергий послал Сталину телеграмму с просьбой разрешить открытие Церковью банковского счета, на который вносились бы деньги, жертвуемые на оборону. В ответной телеграмме Сталин дал свое согласие и поблагодарил Церковь за ее труды. Открытие банковского счета означало признание Церкви де-факто юридическим лицом. Главные перемены в отношениях между государством и Церковью произошли после встречи Сталина с митрополитами Сергием, Алексием и Николаем. Во встрече участвовали также В. М. Молотов и начальник отдела НКВД Г. Г. Карпов, намеченный на пост будущего председателя Совета по делам Русской православной церкви при Совмине СССР.
Встреча состоялась 4 сентября 1943 г. На ней был очерчен круг вопросов, требующих решения для нормализации государственноцерковных отношений в СССР. Сразу же после встречи Патриархии был передан особняк, занимаемый ранее германским послом. 8 сентября был созван Архиерейский собор для избрания патриарха, престол которого пустовал со дня смерти патриарха Тихона. 12 сентября Собор в составе 19 иерархов (16 из них были доставлены из лагерей и ссылок) избрал митрополита Московского Сергия новым Патриархом Московским и всея Руси. Затем Сергий, уже в новом качестве, объявил об образовании совещательного органа при патриархе — Священного синода из трех постоянных и трех временных членов. Собор принял актуальный для военного времени документ, в котором говорилось, что «всякий виновный в измене общецерковнрму делу и перешедший на сторону фашизма, как противник Креста Господня, да числится отлученным, а епископ или клирик — лишенным сана». Не менее значимым было обращение Собора к христианам всего мира с призывом «объединиться во имя Христа для окончательной победы над общим врагом».