7 октября 1943 г. образован Совет по делам Русской православной церкви при СНК СССР. С конца года открываются для службы храмы, растет число православных общин, возвращается из лагерей репрессированное духовенство. В ноябре 1944 г. правительство приняло решение об открытии Православного богословского института и богословско-пастырских курсов для подготовки кадров священнослужителей.
По мере освобождения советских земель от оккупантов в лоно РПЦ возвращались монастыри и храмы, в большом количестве открытые по разрешению немецких властей в целях противопоставления их советской власти. Всего за 3 года на занятой гитлеровцами территории восстановлено около 9400 церквей, более 40 % от их дореволюционного количества. В то же время фашистское нашествие привело к разрушению 1670 православных храмов, 237 костелов, 532 синагог, 69 часовен, 258 других культовых зданий. Гитлеровцы, в принципе враждебно относящиеся к любой форме христианства, религиозную свободу допускали временно. В последующем, как писал гитлеровский идеолог А. Розенберг, христианский крест должен быть заменен свастикой. Однако первый этап религиозной политики гитлеровцев на оккупированной территории оказал существенное влияние на государственно-церковные отношения в СССР.
Кульминацией признания советской властью роли и авторитета Церкви стало проведение Поместного собора РПЦ (31 января — 1 февраля 1945 г.), созванного в связи со смертью патриарха Сергия. Собор принял «Положение об управлении Русской православной церкви» и избрал 13-м Патриархом Московским и всея Руси ленинградского митрополита Алексия (С. В. Симанский).
Урегулирование государственно-церковных отношений распространилось и на другие религиозные объединения, развернувшие активную патриотическую деятельность в годы военного лихолетья. Так, Союз мусульман, созванный в Уфе в июне 1942 г., призвал всех мусульман страны к борьбе против фашистов и осудил сотрудничество части мусульман с гитлеровцами. Евангельские христиане-баптисты собрали средства на транспортный самолет, а Армяно-григорианская церковь — на танковую колонну «Давид Сасунский».
К концу войны в СССР действовали 10 547 православных церквей и 75 монастырей, в то время как перед ее началом было только около 380 церквей и ни одного монастыря. В 1945 г. в РПЦ возвращается Киево-Печерская лавра, из запасников музеев передаются в действующие храмы «чудотворные мощи», изъятые в 20-30-е гг. Годы войны стали годами религиозного возрождения в СССР.
Любовь к Родине, ненависть к врагу, вера в победу, патриотизм и героизм советского народа были ведущими темами произведений литературы и искусства. Советская литература еще до начала войны, по словам А. Толстого, «от пафоса космополитизма пришла к Родине». Война многократно усилила эту тенденцию в публицистике и всей художественной культуре. Практически в первые часы войны появилась торжественная песня Г. Александрова на стихи В. Лебедева-Кумача «Священная война», ставшая гимном военных лет. В августе 1941 г. К. Симонов написал стихотворение «Жди меня», которое, как молитву, постоянно твердило почти все население страны. Появились задевающие самые заветные струны души произведения А. Толстого, раскрывающие русский характер. Поистине народной стала поэма А. Твардовского «Василий Теркин». Настоящим подвигом было создание и исполнение в блокадном Ленинграде «Ленинградской симфонии» Д. Шостаковича.
Все это, включая публицистику М. Шолохова и И. Эренбурга, лирику А. Суркова, симфонии С. Прокофьева, песни Б. Мокроусова и В. Соловьева-Седого, выступления популярных артистов фронтовых театров Л. Руслановой, Л. Утесова, К. Шульженко, живопись А. Герасимова, П. Корина, А. Дейнеки и многие другие выдающиеся достижения культуры военных лет, поднимало моральный дух советских граждан, развивало чувство национальной гордости, укрепляло настроенность на победу. Укреплению этого духа служила знаменитая серия «Жизнь замечательных людей» (книги: И. П. Павлов, К. А. Тимирязев, И. Е. Репин, Н. Е. Жуковский, М. С. Щепкин, А. С. Пушкин, В. В. Маяковский, А. Н. Радищев, М. И. Глинка, С. О. Макаров, К. Д. Ушинский, Г. Я. Седов, П. С. Нахимов, Ф. Ф. Ушаков, Л. Н. Толстой, П. И. Чайковский, М. Ф. Казаков, М. Ю. Лермонтов, В. Г. Белинский, Д. К. Чернов, И. М. Сеченов, Н. В. Гоголь, И. А. Крылов, Н. И. Лобачевский, А. С. Попов, И. И. Мечников, В. И. Баженов).
Свою лепту в общее дело победы внесли общественные организации — 25-миллионные профсоюзы (организаторы массового соцсоревнования и других патриотических починов); 10-миллионный комсомол, роль которого в вооруженной борьбе и организации труда в тылу была очень большой; Общество содействия обороне, авиационному и химическому строительству; Общество Красного Креста и Красного Полумесяца; антифашистские комитеты.