Следствием войны были вооруженные антисоветские националистические организации на территориях, вошедших в состав СССР незадолго до ее начала, главным образом на Западной Украине и в Прибалтике. Сотрудничавшие ранее с гитлеровцами и сражавшиеся в одних рядах с ними против Красной армии националисты и после их ухода продолжали вооруженную борьбу с советской властью. С марта 1944 г. развернулись акции НКВД по подавлению отрядов Организации украинских националистов (ОУН) и Украинской повстанческой армии (УПА) на Западной Украине. Только с февраля по октябрь 1944 г. уничтожено более 44 тыс. оуновцев, взято в плен более 37 тыс., выселено из городов и сел и отправлено в ссылку около 100 тыс. человек. Всего в 1944 г. внутренние войска провели 5627 специальных операций против националистических формирований. Среди бандитов погибло, ранено, захвачено 76 386 человек. Потери внутренних войск составили 2202 человека. В 1945 г. проведено более 20 тыс. специальных операций, в ходе которых было убито 28 845 участников банд, ранено 77 027, сдалось 35 615 человек. Борьба с бандитизмом продолжалась и после окончания войны.
Трагическим наследием Великой Отечественной войны стала депортация в Казахстан, Сибирь и другие восточные районы населения из ряда национальных регионов. Причиной выселения одних была повышенная готовность к пособничеству оккупантам или подозрения в этом (ингерманландцы, финны и немцы, 1941 г.; карачаевцы и калмыки, 1943; чеченцы, ингуши, балкарцы, крымские татары, 1944 г.). Другие народы выселялись только за то, что имели несчастье жить в приграничных районах, рискующих стать новым театром военных действий (курды, турки-месхетинцы в 1944 г.). Выселение мусульманских народов Кавказа и Крыма во многом связано с напряженными отношениями между СССР и Турцией во время войны, а также с пантюркистскими планами турецких националистов, получавшими одобрение со стороны гитлеровской Германии. В основном депортации осуществлялись по соображениям военно-стратегического характера. По данным на конец 1945 г., в местах спецпоселений насчитывалось 967 085 семей, 2342,5 тыс. человек. Среди них оказались около 157 тыс. (6,7 %) отозванных из армии представителей «наказанных народов».
7 июля 1945 г. Президиум ВС объявил амнистию в связи с победой над Германией. По указу были освобождены 841 тыс. заключенных, осужденных на срок не свыше трех лет. Амнистия не коснулась осужденных за контрреволюционные преступления, доля которых среди заключенных выросла до 59 %. Преимущественно за счет этого контингента пополнялся ГУЛАГ, а также вся сфера принудительного труда и в последующем.
Однако главное, что осталось в народной памяти о войне, — это беспощадность врага и величайшие испытания, с честью выдержанные нашими соотечественниками. Навсегда в благодарной памяти потомков сохранятся акты высочайшего самопожертвования и героизма во имя Победы. Их олицетворением и символами стали командир эскадрильи бомбардировщиков Н. Ф. Гастелло (совершил свой бессмертный подвиг в июне 1941 г.), 28 бойцов-панфиловцев во главе с политруком В. Г. Клочковым (ноябрь 1941 г.), подпольщица Лиза Чайкина (ноябрь 1941), партизанка Зоя Космодемьянская (ноябрь 1941 г.), летчик-истребитель Ал. Петр. Маресьев (март 1942 г.), сержант Я. Ф. Павлов и его знаменитый Дом Павлова в Сталинграде (сентябрь 1942 г.), подпольщик из «Молодой гвардии» Олег Кошевой (февраль 1943 г.), рядовой Александр Матросов (февраль 1943 г.), разведчик Н. И. Кузнецов (март 1944 г.), юный партизан Марат Казей (май 1944 г.), генерал-лейтенант инженерных войск Д.М. Карбышев (февраль 1945 г.) и многие тысячи других героев Великой Отечественной войны.
На 41-м километре Ленинградского шоссе стоит величавый памятник погибшим защитникам Москвы. Здесь в декабре 1941 г. гвардейцы-пехотинцы 7-й и 8-й стрелковых дивизий А. С. Грязнова и И. В. Панфилова, гвардейцы-кавалеристы 2-го кавалерийского корпуса Л. М. Доватора и гвардейцы-танкисты 1-й танковой бригады М. Е. Катукова совместно с другими частями и соединениями 16-й армии остановили рвавшиеся к Москве фашистские полчища, разгромили их и сделали первые шаги к Великой Победе. Здесь же 3 декабря 1966 г. был взят прах Неизвестного солдата, торжественно со всеми воинскими почестями перевезен в Александровский сад и похоронен у Кремлевской стены. 8 мая 1967 г. над могилой зажжен Вечный огонь (факел доставлен из Ленинграда от Вечного огня на Марсовом поле). И стал Неизвестный солдат гордостью Отечества на все времена.