В соответствии с задачами мирного времени после войны была проведена реорганизация ряда наркоматов. В 1946 г. Наркомат боеприпасов стал Министерством сельскохозяйственного машиностроения, Наркомат минометного вооружения — Министерством машиностроения и приборостроения, Наркомат танковой промышленности — Министерством транспортного машиностроения. Создавались новые министерства — промышленности средств связи; медицинской промышленности и др. Возобновлению нормального режима труда способствовала отмена обязательных сверхурочных работ, восстановление 8-часового рабочего дня и ежегодных оплачиваемых отпусков.
4 сентября 1945 г. был упразднен ГКО. Основные функции по управлению страной сосредоточились в руках Совнаркома. 10 февраля 1946 г. состоялись выборы в Верховный Совет СССР второго созыва. Как и до войны, в бюллетени вносились фамилии предварительно согласованных во всех инстанциях кандидатов в депутаты. В марте 1946 г. открылась первая сессия нового Верховного Совета СССР. На ней утвердили пятилетний план восстановления и развития народного хозяйства на 1946–1950 гг., сформировали новое правительство. На пост Председателя Президиума избран Н. М. Шверник, а М. И. Калинин с почестями отправлен на пенсию. 15 марта принят закон о преобразовании Совнаркома в Совет министров СССР. Новое наименование шло в русле возвращения от революционной символики к традиционно российской. Незадолго до этого была осуществлена реформа органов военного управления. 25 февраля 1946 г. был упразднен Наркомат Военно-морского флота (образован в декабре 1937 г.), военно-морские силы включены в состав Наркомата Вооруженных сил СССР, Красная Армия переименована в Советскую армию.
В 1945–1952 гг. роль Политбюро как генератора политического курса по сравнению с предвоенным временем заметно снизилась. За эти годы состоялось только два его заседания с протоколами, в остальных случаях решения принимались опросом. Сталин возглавлял Совмин СССР и в официальных случаях именовался «Глава Советского государства». Функции партийных и государственных органов переплетались все теснее. Внутри Политбюро сложился узкий круг приближенных к Сталину лиц (в разное время так называемые пятерка, шестерка, семерка, восьмерка, позже — девятка руководителей). С марта 1946 г. в состав «семерки» входили Сталин, Молотов, Берия, Микоян, Маленков, Жданов, Вознесенский. На «ближний круг» замыкались вопросы внешней политики и внешней торговли, госбезопасности, вооружения и функционирования армии, другие вопросы государственного управления.
Совет министров с февраля 1947 г. был разбит на восемь бюро, каждое из которых координировало родственные министерства и ведомства. Председателями бюро стали Маленков, Вознесенский, Сабуров, Берия, Микоян, Каганович, Косыгин, Ворошилов. В аппарате ЦК партии остались только два управления: кадров, агитации и пропаганды, а также два отдела — оргинструкторский и внешней политики; отраслевые отделы были ликвидированы. В публичных выступлениях упоминание о «руководящей роли Коммунистической партии» звучало сравнительно реже. В феврале 1946 г. Сталин заявил, что единственная разница между коммунистами и беспартийными состоит в том, что первые являются членами партии, а вторые нет, что тоже воспринималось как снижение авангардной роли партии.
Разногласия, имевшиеся в руководстве СССР при определении наметок плана 4-й пятилетки, вызывались различием представлений об основных тенденциях послевоенного развития. А. А. Жданов, Н. А. Вознесенский и ряд других деятелей считали, что с возвращением к миру в капиталистических странах наступит экономический кризис, усилятся межимпериалистические противоречия и конфликты. Это сулило ослабление угрозы СССР со стороны западных держав и позволяло отказаться от традиционной политики форсированного развития тяжелой промышленности, остановиться на сравнительно либеральных вариантах плана, в большей мере опираться на экономические рычаги (цены, стоимость, кредит, прибыли) в дальнейшем развитии народного хозяйства.
Маленков, Берия и другие больше полагались на экономические оценки и прогнозы академика Е. С. Варги и не исключали способности капитализма справиться с внутренними противоречиями. С этой точки зрения послевоенная международная обстановка виделась крайне тревожной, наличие у противника атомной бомбы делало ее еще мрачнее. Отказ от дальнейшего форсированного развития индустриальных и оборонных отраслей и от командно-административных методов руководства экономикой исключался. Развитие событий оправдывало прогнозы политических «ястребов».