В 1949 г. по сфабрикованному при активном участии Маленкова «ленинградскому делу» началось уголовное преследование большой группы руководителей. Первые аресты произведены в августе. Обвинялись А. А. Кузнецов, М. И. Родионов, П. С. Попков в проведении в Ленинграде Всероссийской оптовой ярмарки без специальной санкции правительства, Н. А. Вознесенский — в умышленном занижении государственных планов, фальсификации статистической отчетности и утере секретных документов. Очевидно, что в связи с арестами «преступников» столь высокого ранга в январе 1950 г. восстановлена смертная казнь, отмененная 26 мая 1947 г.
Подоплека преследований «ленинградцев» хорошо представлена в подготовленном Маленковым и Берией проекте закрытого письма Политбюро членам и кандидатам в члены ЦК от 12 октября 1949 г.: «Можно считать установленным, что в верхушке бывшего ленинградского руководства уже длительное время сложилась враждебная партии группа… С одним из руководящих членов этой группы Капустиным, как выяснилось теперь, во время пребывания его в 1936 г. в Лондоне установила связь английская разведка. Сейчас стало очевидным, что Кузнецов А. и Попков имели сведения об этом, но скрыли их от ЦК… Во вражеской группе Кузнецова неоднократно обсуждался и подготавливался вопрос о необходимости создания Российской коммунистической партии большевиков… и ЦК РКП(б) и о переносе столицы РСФСР из Москвы в Ленинград. Эти мероприятия Кузнецов и др. мотивировали в своей среде клеветническими доводами, будто бы ЦК ВКП(б) и Союзное правительство проводят антирусскую политику и осуществляют протекционизм в отношении других народов за счет русского народа. В группе было предусмотрено, что в случае осуществления их планов Кузнецов А. должен был занять пост первого секретаря ЦК РКП(б)». Большую долю ответственности Маленков и Берия возлагали и на покойного Жданова. Сталин не дал своей санкции на рассылку письма, однако карательную машину против «ленинградцев» не остановил.
В конце сентября 1950 г. обвиняемые предстали перед судом. Средства массовой информации о нем ничего не сообщали, чтобы не давать повода для слухов о расколе в руководстве страны. После расстрелов 26 главных обвиняемых последовала «чистка», закончившаяся увольнением с работы и осуждением 69 руководителей, обязанных своим выдвижением ленинградской партийной организации, и 145 их близких и дальних родственников.
Проигрыш «ленинградцев» обусловлен отнюдь не тем, что их противники оказались более искусными в интригах и аппаратных комбинациях. В более широком плане он означал поражение направления в руководстве страной, ориентированного на первоочередное решение внутренних политических, экономических и гражданских проблем — смещение приоритетов хозяйственного развития в сторону группы «Б», решение проблем политического образования и культуры, подготовку новых Конституции и Программы партии.
С арестом министра государственной безопасности В. С. Абакумова (июнь 1951 г.) начался этап подготовки более радикальных изменений в руководстве страной. Министр МГБ, бывший главным исполнителем расправы над «авиаторами», Жуковым, «ленинградцами», видимо, не вполне устраивал Сталина как организатор расследования «преступлений» Еврейского антифашистского комитета.
Преследования комитета перешли в активную фазу со времени гибели (январь 1948 г.) его руководителя С. М. Михоэлса, подозревавшегося в попытках использовать дочь Сталина Светлану и ее мужа Г. И. Морозова в корыстных интересах евреев. С деятельностью ЕАК было решено покончить после образования государства Израиль (14 мая 1948 г.), приезда в Москву в сентябре 1948 г. израильского посланника Голды Меерсон (Меир с 1956 г.) и обнаружившейся в этой связи готовности многих советских евреев переселиться на историческую родину или отправиться добровольцами на войну израильтян с арабами. Все это было расценено как измена социалистической Родине. Не нравились Сталину и дружеские отношения, завязавшиеся у Меерсон с женой Молотова П. С. Жемчужиной.
Советское руководство пыталось удержать Израиль в орбите своего влияния, помогая оружием, а также беспрецедентным предложением переселить палестинских арабов-беженцев (свыше 500 тыс.) в советскую Среднюю Азию и создать там арабскую союзную республику или автономную область. Его сделал осенью 1948 г. в Совете Безопасности ООН советский представитель Д. 3. Мануильский. Однако это не вызвало ожидаемой реакции.