25 марта Берия направил в Президиум ЦК записку об амнистии. В ней отмечалось, что в исправительно-трудовых лагерях, тюрьмах и колониях содержится 2 526 402 заключенных, из них 221 435 (8,8 %) особо опасных государственных преступников (шпионы, диверсанты, террористы, троцкисты, эсеры, националисты и др.). В то же время, по данным на начало 1953 г., в стране насчитывалось 2 819 776 состоящих на учете в органах МВД спецпереселенцев, высланных, ссыльных и ссыльно-поселенцев, увеличивая общее число репрессированных до 5,3 млн человек.
Намечая курс на преодоление последствий людоедской сталинской политики, МВД для начала предложил освободить из мест заключения осужденных на срок до 5 лет, осужденных за должностные, хозяйственные, некоторые воинские преступления независимо от срока заключения, а также женщин, имеющих детей до 10 лет, и беременных женщин, несовершеннолетних, пожилых мужчин и женщин, неизлечимых больных. Предлагалось также сократить наполовину наказание осужденным к лишению свободы на срок свыше 5 лет.
25 марта 1953 г. Президиум ВС издал указ «Об амнистии», по которому на свободу выходило более трети советских заключенных. По подписи, стоявшей под указом, амнистию называли «ворошиловской». Реально было освобождено свыше миллиона человек и остановлено производство около 400 тыс. дел.
Начатые по инициативе Берии расследования привели не только к освобождению в апреле 1953 г. многих осужденных и подследственных по пересматриваемым делам. Они свидетельствовали о его намерениях найти виновников фальсификаций пересматриваемых дел. Главным ответственным за возникновение «дела врачей» был назван М. Д. Рюмин; за убийство С. М. Михоэлса — Сталин и Абакумов; за фальсификацию не только «дела врачей», но и «ленинградского», а также дела о Еврейском антифашистском комитете — бывший министр МГБ С. Д. Игнатьев. Расследование предыстории всех этих дел создало бы большую опасность для Маленкова. Идее «коллективного руководства» грозило разрушение новыми чистками по образцу 30-х гг.
Однако предложения Берии пересмотреть всю систему арестов, суда и следствия не получили поддержки. С большим сомнением коллеги отнеслись и к его предложениям ослабить контроль государства над колхозами (как способ разрешить аграрный кризис), ограничить функции ЦК партии работой с кадрами и пропагандой, отказаться от курса на строительство социализма в ГДР (для смягчения международной напряженности). В апреле 1953 г. Берия сократил аппарат МВД в ГДР в 6 раз, выступал против начатого руководством ГДР «ускоренного» строительства социализма. Более того, он предлагал объединить ГДР с ФРГ на капиталистической основе в расчете на то, что воссоединенная Германия будет признательна СССР и в будущем поможет ему в экономическом плане.
Принятые 12 июня 1953 г. по инициативе Берии коррективы национальной политики — замещение руководящих кадров национальных республик преимущественно местными уроженцами, ведение делопроизводства на местном языке, отзыв в распоряжение ЦК не знающих местного языка номенклатурных работников — были чреваты, как показала начавшаяся практика их реализации, оживлением антирусских настроений и межнациональной напряженности, усилением потенции центробежных тенденций.
17 июня 1953 г. начались волнения рабочих в Восточном Берлине, а затем и в других городах ГДР, вызванные повышением с апреля цен на мясо, мясо- и сахаросодержащие продукты на 10–15 % и обнародованием в мае решения о повышении с июля 1953 г. норм выработки на 10 %. Восстание дало повод для развенчания либеральной политики Берии в германском вопросе.
После первых же сообщений о беспорядках в Берлин была направлена группа МВД во главе с заместителем министра С. А. Гоглидзе. С полудня 17 июня к наведению порядка была подключена Группа советских войск в Германии. К 23 июня в ГДР воцарилось спокойствие. Меры, вызвавшие недовольство германского рабочего класса, пришлось отменить. Были расширены поставки в ГДР продовольствия из СССР и других социалистических стран.
Сосредоточенность Берии на германских событиях сыграла свою роль в формировании заговора против него. В Президиуме ЦК КПСС образовался единый фронт всех (за исключением Микояна) членов. Поначалу предполагалось ограничиться перемещением Берии из МВД в Министерство нефтяной промышленности. Но в конце концов согласились с Молотовым, полагавшим, что «без решительных мер» не обойтись. Это означало необходимость ликвидации Берии как «шпиона и заговорщика». 26 июня он был арестован. Большая роль в успехе ареста принадлежала Хрущеву, заместителю министра обороны Г. К. Жукову, командующему Московским военным округом Г. К. Москаленко и его заместителю П. Ф. Батицкому (маршалы Советского Союза с 1955 и 1968 г.). В тот же день указом Президиума ВС Берия снят с поста 1-го заместителя председателя правительства и министра внутренних дел, лишен всех званий и наград. Дело о его «преступных действиях» было передано на рассмотрение Верховного суда СССР.