Были преданы суду и выдвиженцы Берии: министр государственной безопасности СССР, на момент ареста министр госконтроля В. Н. Меркулов; начальник одного из управлений НКВД СССР, перед арестом — министр внутренних дел Грузии В. Г. Деканозов; заместитель наркома внутренних дел Грузии, затем замминистра Госбезопасности СССР, замминистра внутренних дел СССР Б. 3. Кобулов; нарком внутренних дел Грузии, перед арестом — начальник одного из управлений МВД СССР С. А. Гоглидзе; начальник одного из управлений НКВД СССР, перед арестом — министр внутренних дел Украины П. Я. Мешик; а также начальник следственной части по особо важным делам МВД Л. Е. Влодзимирский.
Находясь под арестом в помещении штаба Московского округа ПВО, Берия направил в адрес ЦК несколько писем (опубликованы три — от 28 июня, 1 и 2 июля). В них он признал некоторые свои ошибки и просил не допустить расправы над ним «без суда и следствия», назначить комиссию, чтобы его дело тщательно разобрали и убедились, «что я абсолютно чист, честен, верный Вам друг и товарищ, верный член нашей партии». Письма остались без ответа.
2-7 июля «преступные антипартийные и антигосударственные действия» Берии были рассмотрены на пленуме ЦК. Выступивший на нем Маленков сообщил, что Президиум ЦК выявил множество вопиющих фактов нарушения Берией социалистической законности, уставных требований партии, злоупотребления служебным положением. Хрущев рассказал, что Берия не только осуществлял массовые репрессии советских людей, но и в огромных размерах злоупотреблял служебным положением, что на деле граничило с уголовным преступлением; нанес огромный вред ключевым отраслям народного хозяйства, внутренней и внешней политике СССР. Н. Н. Шаталин говорил о найденных в сейфах Берии документах, свидетельствовавших о его слежке за другими членами руководства страны и сборе компромата для того, чтобы при удобном случае их уничтожить. Особо отмечалось нравственное разложение Берии.
23 декабря 1953 г. он был расстрелян по приговору Специального судебного присутствия Верховного суда СССР. Версия об убийстве Берии в момент ареста, пущенная в оборот еще в 1953 г., живет во многом благодаря тому, что материалы судебного процесса над Берией не опубликованы. Вместе с Берией в измене Родине и совершении террористических актов обвинены и приговорены к смертной казни его «приспешники». На эту группу были взвалены все преступления сталинского режима.
Разоблачение Берии и его сподвижников проходило в полном соответствии с традициями 30-40-х гг. В информационном заявлении об антипартийных и антигосударственных действиях Берии сообщалось, что его исключили из КПСС «как врага Коммунистической партии и советского народа». Игнатьев, предназначавшийся ранее Берией на эту роль, на июльском (1953) пленуме ЦК был восстановлен в рядах его членов и вскоре избран 1-м секретарем Башкирского обкома партии.
Возглавлявшееся Берией МВД после его расстрела было реорганизовано. На базе выделенных из министерства подразделений и учреждений 13 марта 1954 г. образован Комитет государственной безопасности при Совете министров СССР. Председателем назначен генерал-полковник И. А. Серов (руководил комитетом до декабря 1958 г.). Это был человек, формировавшийся в окружении Берии и Жукова, известный грубостью и бескультурьем, один из непосредственных исполнителей противозаконных акций по отношению к целым народам. Но он обладал также несомненным «достоинством» — был давним другом Хрущева. 8 августа 1955 г. он стал генералом армии. При проведении кампании по разоблачению Берии и чистке чекистских рядов от его единомышленников Серов за 2 года уволил из комитета 16 тыс. сотрудников «как не внушающих политического доверия, злостных нарушителей социалистической законности, карьеристов, морально неустойчивых».
Падение Маленкова. Упрочение позиций Хрущева. 8 августа 1951 г. Г. М. Маленков выступил на сессии ВС СССР с изложением соображений «о неотложных задачах в области промышленности и сельского хозяйства и мерах по дальнейшему улучшению материального благосостояния народа». Он предложил резко увеличить производство продовольствия и предметов потребления путем увеличения капиталовложений в легкую и пищевую промышленность, а также за счет повышения заготовительных цен на мясо, молоко, шерсть, картофель и овощи, снижения налогов (в 2 раза) и обязательных поставок с подсобного хозяйства колхозников.