В результате уже на первых этапах «взлета» к коммунистическому изобилию стали возникать непредвиденные осложнения. 1 июня 1962 г. в обращении к народу пришлось откровенно сказать о трудностях, возникающих в обеспечении населения городов мясными продуктами. Отмечалось, что при существующем уровне механизации животноводства и производительности труда затраты на производство мяса и молока значительно превышают цены, по которым государство закупает эти продукты. Во многих колхозах животноводство приносит не прибыль, а убытки. Учитывая это, руководство страны решило повысить закупочные цены на мясо крупного рогатого скота, свиней, овец, коз и птицу в среднем на 35 %. Одновременно решено было повысить цены на мясо и мясные продукты в среднем на 30 % (в том числе на говядину в среднем на 31 %, баранину — на 34 %, свинину — на 19 % и на колбасные изделия — на 31 %), а также на масло животное в среднем на 25 %.
В обращении впервые официально отмечались объективно неблагоприятные факторы сельскохозяйственного производства «в наших суровых климатических условиях, когда в большинстве районов страны семь-восемь месяцев продолжается осенне-зимний период, что затрудняет содержание скота и производство кормов. Требуются огромные затраты средств и труда для строительства животноводческих помещений, механизации и электрификации ферм». Однако должных выводов из этого и на сей раз сделано не было.
С начала 60-х гг. для ликвидации перебоев со снабжением населения продуктами питания стали прибегать к импорту зерна и нормированному распределению дефицитных продуктов в виде «заказов» по предприятиям и организациям. Ситуация усугубилась в 1963 г., оказавшемся самым засушливым после 1946 г. Урожайность и валовые сборы зерна снизились почти на 30 % по сравнению с 1962 г. Импорт зерна в 1963 г. составлял 3 млн т при экспорте 6,2 млн, в 1964 г. — 7,2 млн т при экспорте 3,5 млн. К закупкам приходилось обращаться и позже, несмотря на рост валовых сборов и государственных заготовок зерна в стране. В 1985 г. СССР импортировал 45,6 млн т зерна.
Продовольственные трудности и значительное повышение закупочных и розничных цен на мясо, мясные продукты и масло вызвали волнения в ряде городов, в частности Муроме, Александрове, Бийске, Кривом Роге, Сумгаите. Наиболее масштабными оказались беспорядки в Новочеркасске 1–2 июня 1962 г., которые пришлось подавлять силой. В результате погибли 23 демонстранта, 70 были ранены. 105 участников протестных акций позднее были осуждены, семеро из них — к высшей мере наказания.
Возникшие экономические и социальные проблемы заставили Хрущева начать поиски новых возможностей совершенствования хозяйственного руководства, в частности повести борьбу с «теневиками», занимавшимися подпольной экономической деятельностью. О масштабах перехода представителей партийной и государственной элиты в «тень», начавшего набирать силу в условиях хрущевской «оттепели» и ставшего в конце концов одной из главных причин краха советской системы, позволяют судить цифры, обнародованные на ноябрьском (1962) пленуме ЦК: в начале 60-х годов к суду по обвинению в коррупции и злоупотреблениях властью было привлечено около 12 тыс. руководящих работников, в том числе 4 тыс. партийных функционеров.
Этот же пленум по настоянию Хрущева взял курс на перестройку по производственному принципу всех руководящих органов сверху донизу. Решения пленума положили начало уникальному в истории эксперименту — отказу от территориальной организации управления, приведшему к невообразимому хаосу. Партийные организации — от областных и ниже — делились на промышленные и сельские. По такому же принципу пришлось создавать вместо единых Советов и их исполкомов сельские и промышленные Советы и исполкомы. Соответствующим образом разделялись организации профсоюзов, комсомола. Лихорадочные меры привели лишь к росту управленческого аппарата, значительному увеличению расходов на его содержание (например, в Самаркандской области они выросли в 1,7 раза), но были неэффективны. Областные организации и управления связи, торговли, народного образования, здравоохранения, административные органы, подчинявшиеся и промышленным и сельским партийным и советским органам, стали ежедневно получать дублирующие постановления и распоряжения по одним и тем же вопросам. Вместо своей непосредственной работы их руководители и специалисты были вынуждены многие часы проводить на совещаниях и собраниях, число которых увеличилось по меньшей мере вдвое.