Не оправдались расчеты на ускорение экономического развития за счет создания новых звеньев в управлении хозяйством. Для этого были образованы отраслевые комитеты, укрупнялись совнархозы (в ноябре 1962 г. их стало 43), созданы советы по координации и планированию работы совнархозов. В марте 1963 г. образован Высший совет народного хозяйства СССР.
В конце 50-х гг. власти приняли еще одно ошибочное решение, приведшее к углублению отчуждения значительной части народа от государственного руководства. В связи с курсом на «строительство коммунизма» власть вновь принялась ужесточать государственно-церковные отношения, по сути дела, возобновила гонения на РПЦ. Секретарь ЦК Л. Ф. Ильичев в своем выступлении на совещании по идеологии (декабрь 1961 г.) заявил, что религия «сейчас становится нетерпимой помехой на нашем пути к коммунизму». Атеистическая работа признавалась главным рычагом формирования научно-материалистического мировоззрения. Создание «общества без религии», причем в самое ближайшее время, объявлялось программной целью.
Новое наступление на Церковь выражалось не только в усилении атеистической пропаганды, но и в сносе церковных сооружений (в 1954–1964 гг. ежегодно сносилось более тысячи храмов, примерно столько же закрывалось), в административном сокращении числа действующих религиозных объединений. В 1958 г. их насчитывалось 18,6 тыс., в том числе православных — 13,4 тыс., в 1961 г. — соответственно 16 и 11 тыс., в 1971 г. — 11,7 и 7,2 тыс. Противоречие между провозглашенной в Конституции СССР свободой совести и практикой ее реализации не было снято и впоследствии. (Лишь с середины 70-х гг. отношение к религии со стороны государства становится более терпимым. Существование и деятельность религиозных объединений стало рассматриваться как необходимое условие обеспечения свободы совести и прав человека.)
Отставка Хрущева. Недовольство Хрущевым в стране по большей части вызывалось его необдуманными действиями в октябре 1962 г., которые привели к острейшему «ракетному кризису» в отношениях с США, поставившему мир на грань ядерной войны. Популярность Хрущева резко упала с повышением цен на продукты питания. Импорт зерна в 1963–1964 гг. означал крах той самой политики, в которой Хрущев считал себя самым большим специалистом. Недовольство членов Президиума ЦК начало оформляться в новый заговор против Хрущева.
События были ускорены хрущевскими затеями новых реорганизаций. В июле 1964 г. он предложил идею очередной перестройки управления сельским хозяйством, замышляя создать около дюжины специализированных главков (отдельно по зерну, сахарной свекле, хлопку и т. д.), перевести сельскохозяйственные научные учреждения из Москвы и Ленинграда в провинцию. Подъем сельского хозяйства и ускорение роста производства средств потребления Хрущев предлагал осуществить также за счет сокращения «прорвы вооружения» и армии. Не находило понимания его предложение о введении десятилетних народнохозяйственных планов.
Во время отпуска и отдыха Хрущева на юге в октябре 1964 г. коллеги по Президиуму ЦК завершили приготовления к его отставке с руководящих постов. Главные роли в подготовке заговора играли А. Н. Шелепин (в 1958–1961 гг. председатель КГБ, с октября 1962 г. председатель Комитета партийно-государственного контроля при ЦК); Д. С. Полянский, Председатель Совета министров РСФСР в 1958–1962 гг., затем заместитель Председателя Совмина СССР; В. Е. Семичастный, председатель КГБ. В центре заговора оказался Л. И. Брежнев — секретарь ЦК, отвечавший за работу с кадрами.
12 октября остававшиеся в Москве члены Президиума ЦК приняли решение созвать членов и кандидатов в члены ЦК, членов Центральной ревизионной комиссии КПСС для обсуждения вопроса о разработке нового народнохозяйственного плана. Хрущевым предлагалось одобрить не пятилетку, а восьмилетку, а также провести реорганизацию, которая практически ликвидировала бы районные комитеты партии. У членов Президиума это вызвало открытое несогласие. Однако они не хотели отвергать предложение в отсутствие автора и поэтому решили пригласить его.