Стихийное возвращение обострило межнациональную обстановку на Северном Кавказе, где на место выселенных были поселены другие люди. Относительно спокойно проходило возвращение балкарцев. Однако стихийное возвращение карачаевцев вызвало конфликты. Еще большее обострение породило возвращение чеченцев и ингушей. Жители Грозненской области, Дагестанской и Северо-Осетинской АССР выступали против их возвращения.
Возвращавшихся встречали враждебно. Им отказывали в прописке, не брали на работу. Однако это их не останавливало. Прибывшие ходили вооруженными по селам и устраивали стрельбу, провоцируя местных жителей на ответные действия. Угрозами и силой они вселялись в свои дома, выгоняя из них проживавшие там семьи. Некоторые из возвратившихся пополнили действовавшие в горах со времен войны повстанческие отряды, которые частенько занимались грабежом, угоном скота из колхозов. Их жертвами были и рядовые колхозники. Все это вызвало массовый выезд русского населения из республики.
Борьба народов за попранные права дала первые результаты. 9 января 1957 г. Президиум ВС СССР рекомендовал восстановить национальную автономию балкарского, ингушского, калмыцкого, карачаевского и чеченского народов. В соответствии с этим были приняты указы о преобразовании Кабардинской АССР в Кабардино-Балкарскую АССР, о восстановлении Чечено-Ингушской АССР, о преобразовании Черкесской автономной области в Карачаево-Черкесскую автономную область, о восстановлении Калмыцкой автономной области.
Чечено-Ингушская республика восстановлена с расширением ее территории. Переданная в свое время в Северную Осетию часть Пригородного района (977,5 кв. км) оставлена в составе этой республики. В то же время к исторической территории расселения чеченцев и ингушей были щедро присоединены три равнинных района поймы реки Терек из состава Ставропольского края — Наурский, Надтеречный и Шелковской, территория которых равнялась 5,2 тыс. кв. км. Они были населены в основном русскими. Включение этих районов позволяло сделать экономику республики более устойчивой, за счет увеличения численности русского населения власти надеялись усилить влияние Центра на общественную жизнь автономии. В этих актах и расчетах в очередной раз дала о себе знать давнишняя традиция решать национальные проблемы в стране за счет русского народа.
Продолжавшиеся мелкие националистические эксцессы при попустительстве властей привели к трехдневному столкновению в августе 1958 г. в Грозном. Поводом послужило убийство ингушом русского. Волнения подавили, однако противостояния коренного и «пришлого» населения в республике преодолеть не удалось. Тем не менее в последующие годы возвращение чеченцев и ингушей на Северный Кавказ происходило более организованно и сопровождалось меньшими эксцессами. К 1963 г. оно в основном завершилось. Из 418 тыс. чеченцев, проживавших в Казахской и Киргизской ССР, в Чечено-Ингушетию прибыли 384 тыс. (91,7 %), из 106 тыс. ингушей — 84 тыс. (79,2 %). Еще 8 тыс. ингушей (7,5 %) направились в Дагестан и Северную Осетию.
Камнем преткновения в отношениях между ингушами и осетинами стала правобережная часть Пригородного района, до 1944 г. принадлежавшая ингушам и оставшаяся в составе Северо-Осетинской ССР после воссоздания Чечено-Ингушской АССР. Ингуши не переставая посылали заявления и делегации в ЦК КПСС и правительство с требованием о передаче района Чечено-Ингушетии.
Национальное движение советских немцев долгое время ограничивалось борьбой за восстановление их автономии в Поволжье. Оно включало только легальные методы борьбы: письма, обращения, петиции, делегации, демонстрации. Декабрьский (1955) указ Президиума Верховного Совета снял с немцев ограничения в правовом положении. Реабилитационное движение имело своим результатом другой указ Президиума (август 1964 г.) о внесении изменений в принятый в 1941 г. указ о переселении немцев, снимавший клеймо предателей и изменников со всего народа. До этого времени советские немцы испытывали скрытую дискриминацию. Ущемление касалось развития культуры, языка, поступления в высшие учебные заведения; проявлялось при приеме в партию и назначении на руководящие партийные и хозяйственные посты. При призывах на службу в Советскую Армию немецкую молодежь не брали в элитные подразделения (воздушно-десантные, пограничные и др.). Нежелание властей восстанавливать автономию немцев в Поволжье вызвало эмигрантские настроения.