Особую тревогу коренного населения вызывал значительный наплыв русскоязычной рабочей силы на промышленные стройки в Прибалтике. По данным переписи населения 1959 г., доля коренной национальности в Литве составляла 79,3 %, в Эстонии — 74,6 %, в Латвии — 62 %. Особенно много инонационального населения было в крупных городах. Лиц коренной национальности в Риге насчитывалось около 44,7 %, в Вильнюсе — 33,6 %. Возникшую острую жилищную проблему местным националистам представлялось «легко решить, если выгнать всех русских». Чтобы избежать потери Ригой своего национального облика, горком партии принял решение, предписывающее нелатышам изучить в течение двух лет латышский язык; не усвоивших его освобождать от работы с предложением покинуть республику. Решение вводило ограничение прописки нелатышей в городе. В апреле 1959 г. ЦК КП Латвии принял аналогичное решение, распространяющееся на республику в целом. Подобные решения созревали и в Таллинском райисполкоме.
В письмах, поступающих в ЦК КПСС из республик Прибалтики, сообщалось о проявлениях неприязненного отношения со стороны коренного населения к русским в автобусах, магазинах и других общественных местах. А решением ЦК КП Азербайджана в июне 1958 г. предписывалось, что все граждане республики — неазербайджанцы — обязаны в течение полугода выучить и сдать письменный и устный экзамен по азербайджанскому языку. Не выдержавшие его подлежали освобождению от работы. Вскоре, однако, эти решения были отменены, а первые секретари компартий республик Я. Э. Калнберзиныи и И. Д. Мустафаев сняты со своих постов.
Негативное отношение к русскоязычному населению в Прибалтике формировалось еще из-за того, что большинство работников милиции состояло из лиц некоренной национальности. Это создавало зримый образ «оккупанта» в лице русскоязычного населения. Действенность советской пропаганды в Прибалтике была невелика. Благодаря незнанию языка русскими представителями власти радиовещание на национальных языках практически вело постоянную антисоветскую пропаганду. Еще эффективнее была работа западных радиостанций и обширная переписка с зарубежными соотечественниками.
Усилением идеологической работы и организационными мерами союзное и республиканское партийное руководство стремилось не допустить разрастания националистических настроений. Июньский пленум ЦК КП Латвии (1959) квалифицировал как проявление национализма предложения ряда руководящих работников Латвии увеличить капиталовложения в легкую промышленность вместо строительства в республике крупных промышленных объектов, намеченного семилетним планом. В октябре 1959 г. ряд министров был снят с работы за предложения не развивать в Латвии тяжелую индустрию, которая требовала импорта рабочей силы. Принятые под нажимом Москвы меры устранили наиболее яркие проявления национализма, однако не смогли полностью ликвидировать его. Учитывая настроения большинства коренного населения, руководители Прибалтийских республик стремились и в последующем проводить политику «мягкой» дерусификации, всячески демонстрируя при этом показной интернационализм и лояльность центральным властям.
Широкий спектр различных течений и форм имело украинское национальное движение. Выдвижение в 1953 г. украинца на пост 1-го секретаря ЦК КПУ способствовало возрождению политики украинизации, большему учету национальной специфики, в первую очередь на Западной Украине. Репрессивная политика советского руководства на Украине, связанная с послевоенной борьбой против националистического подполья в западной ее части и новой кампанией против «украинского буржуазного национализма» — в восточной, смягчилась и сошла на нет.
Однако часть западных украинцев сохраняла неприязненное отношение не только к русским кадровым работникам, но и к восточным украинцам, зачисляемым в разряд «москалей». Националистическое мировоззрение объяснялось многовековой социокультурной изоляцией и недавним присоединением Западной Украины к СССР, негативной реакцией на недальновидное форсирование после войны социалистической перестройки края, сохранением влияния на широкие слои населения запрещенной в 1946 г., но действующей в подполье униатской церкви.