Армянское национальное движение инспирировалось главным образом идеей возвращения всех исконных армянских земель в единое армянское государство. Имелись в виду Карс, Ардаган, Саракамыш, оказавшиеся в составе Турции, а также Нахичевань и Нагорный Карабах, включенные в Азербайджан. Вокруг идеи о возвращении этих территорий с редким единодушием объединялись партийные и религиозные деятели, радикальные армянские националисты, представители творческой интеллигенции и заграничных диаспор. Подавляющее большинство армян за рубежом жили мыслями о возвращении на историческую родину. Только в первой половине 50-х гг. в Армению возвратились 100 тыс. репатриантов. Они во многом способствовали популярности заграничной националистической партии «Дашнакцутюн».
Карабахский вопрос был поставлен руководителем компартии Армении в ноябре 1945 г. Г. А. Арутинов писал И. В. Сталину, что Нагорно-Карабахская автономная область, примыкающая к территории Армении, с 1923 г. входит в состав Азербайджана; население этой области в основном армянское (137 тыс.; 89,5 %), и просил рассмотреть вопрос о включении области в Армению. Запрошенный в этой связи 1-й секретарь ЦК КП Азербайджана М. Багиров соглашался на передачу при условии включения в Азербайджан трех примыкающих к нему районов Армении с преимущественно азербайджанским населением. Начались переговоры, но вопрос остался нерешенным. Предложение возвратить армянам территории, занятые Турцией, было сделано Арутиновым в 1948 г. на выступлении в ООН. Нерешенность этих вопросов значительная часть армян связывала с нежеланием советского руководства разрешить армянскую проблему. Это подогревало антисоветские и националистические настроения в массах.
В национальном движении Азербайджана доминирующими были мусульманский фактор и социокультурная отчужденность местного населения от советского мировоззрения. Устойчивой национальной оппозиции там в рассматриваемый период не было. Политическая «неразвитость» национального движения в Азербайджане сближала его с национальными движениями республик Средней Азии и Казахстана. Противостояние союзной власти было слабым. Наиболее остро в республике стоял армяноазербайджанский этнический конфликт. С молчаливого одобрения азербайджанского руководства в республике фактически проводилась политика этнической дискриминации национальных меньшинств — армян, лезгин, талышей. Политика азербайджанизации проявлялась в том, что руководящие партийные и хозяйственные посты в высшем и среднем звеньях были заняты преимущественно представителями коренного этноса, несмотря на то что свыше 40 % жителей республики не были азербайджанцами.
«Незрелость» национальных движений в Средней Азии и Казахстане объясняется их сравнительно поздним вступлением в процесс национального строительства. Советская политика коренизации привела к формированию национальной интеллектуальной и политической элиты. Впечатляющим был и подъем культуры, науки, образования. Местное население в основном положительно восприняло блага индустриальной и урбанизированной культуры. В то же время форсированная модернизация традиционных среднеазиатских культур привела к заметной утрате народами собственных этнических и культурно-экологических ценностей. Навязчивая пропаганда Центром идей о старшем брате в содружестве народов, о прогрессивном влиянии русской культуры, языка вызывала обратную реакцию.
Огромное влияние на поведение, характер и стереотипы народов Средней Азии оказывал ислам, являющийся не просто религией, но и образом жизни, мировоззрением, системой этических и эстетических норм. Государственная антирелигиозная политика привела к вытеснению ислама из идеологии и политики в сферу семейно-бытовых отношений. Но эта сфера оставалась практически неприступной для советско-коммунистического мировоззрения.
С ослаблением диктата над республиками Средней Азии и Казахстана, расширением прав союзных республик в 1957 г. (в связи с образованием совнархозов) протест против политической опеки Центра со стороны партийных лидеров коренной национальности выражался в требованиях дальнейшего расширения прав регионов, увеличения инвестиций, сокращения притока русских, выступлениях против тенденции к языковой русификации. Центральные органы власти еще достаточно жестко реагировали на это. В 1958–1961 гг. высшие партийные руководители Туркмении, Узбекистана, Киргизии и Таджикистана (как и Азербайджана, Латвии и Молдавии) были обвинены в националистических проявлениях и сняты с занимаемых должностей. Кадровые перемещения вызвали болезненную реакцию со стороны коренной интеллигенции и номенклатуры, которая усматривала в них проявление имперской сущности Центра и русскоязычного населения.