Так, с перемещением Н. А. Мухитдинова с поста лидера коммунистов Узбекистана в Президиум ЦК КПСС (1957) и с выдвижением к руководству С. К. Камалова в республике началась вторая масштабная коренизация кадров. Местное население воспринимало ее как начало эпохи национального «предвозрождения», отличительным признаком которой стало массовое и демонстративное соблюдение мусульманских обрядов: посещение мечетей, обрезание мальчиков, совершение бракосочетаний и погребений умерших по обычаям предков. Коммунисты в этом отношении вели себя так же, как и «отсталые носители феодально-байских пережитков». На рассмотрение высших партийных инстанций был внесен вопрос о замене кириллической основы узбекской письменности арабским алфавитом. Мотивировалось это необходимостью создания кадров арабистов для работы в арабских странах.
Такая коренизация не имела поддержки и была осуждена московским руководящим центром. В республике против нее выступил председатель Президиума ВС, народный писатель Узбекистана Ш. Р. Рашидов. 14 марта 1959 г. на республиканском пленуме ЦК Камалов был снят с руководящих постов «за допущенное засорение кадров политически неблагополучными элементами» и «примиренчески-покровительственное отношение к националистическим проявлениям». С поста секретаря ЦК по идеологии был также снят X. Турсунов, как «не внушающий доверия и скрывший националистическое прошлое свое и отца — активного участника басмаческого движения». 1-м секретарем ЦК избран Рашидов, который вплоть до 1983 г. стоял во главе республиканского руководства. В 1959–1961 гг. в республике заменены десятки руководителей министерств и ведомств, многие секретари обкомов, райкомов и горкомов партии.
4 февраля 1961 г. на закрытом партийном активе Рашидов выступил с докладом «Об итогах двухлетней борьбы с антисоветскими элементами», в котором благодарил руководителей КПСС и органов КГБ за «фактическое спасение узбекского народа от попыток империалистов вновь его поработить». В апреле на пленуме ЦК он призывал общественность республики «принять еще более решительные меры по искоренению остатков националистических элементов». Рашидову удалось создать прочную систему личной власти в республике. Она из года в год увеличивала сдачу хлопка — важнейшего сырья не только для легкой промышленности, но и для оборонного ведомства. Однако созданный в ней режим был очень далек от социализма. В октябре 1964 г., с переменой руководства в Москве, недруги Рашидова предприняли попытку отрешить его от власти. Он обвинялся, в частности, в том, что «расставил на ключевые позиции более 300 своих родственников и лично преданных ему людей». Только в аппарате ЦК КП Узбекистана было 14 его родственников. Однако Рашидов вполне устраивал Л. И. Брежнева, и не в последнюю очередь из-за щедрых подарков.
К началу 60-х гг. миграция русскоязычного населения в Среднюю Азию и особенно в Казахстан достигла своего апогея. В 1959 г. доля населения коренной национальности по сравнению с 1939 г. снизилась в Казахстане с 38,2 до 30 %, в Узбекистане — с 64,4 до 62,1 %, в Таджикистане — с 59,6 до 53,1 %, в Киргизии — с 51,7 до 40,5 % и лишь в Туркмении она чуть выросла — с 59,2 до 60,9 %. Переселенцы в большинстве своем не тяготели к полному вживанию в среднеазиатское общество. Многие из них с чувством мнимого превосходства и пренебрежения относились к местным жителям. Те платили им тем же, видя в них персонифицированных носителей «имперства» советской власти. Бытовой национализм проходил по линии этнического размежевания и возникал между русскоязычным (русские, украинцы, евреи и др.) и коренным населением. Национальная дискриминация в пользу лиц местной национальности проявлялась в кадровой политике и при приеме в вузы, в антирусских настроениях местного населения. Все это приводило к сравнительно более быстрому росту национального самосознания русского населения национальных окраин в сравнении с центральными районами России. В русском национальном движении в этих регионах были заметны не столько этнические, сколько «державные» мотивы.
Коррективы теоретических основ национальной политики. На волне критики «культа личности» в 1956 г. впервые опубликованы ленинские письма («К вопросу о национальностях или об “автономизации”» и др.), свидетельствующие о разногласиях между Лениным и Сталиным по вопросам образования СССР. Смысл публикации сводился к тому, что Сталин имел особую, «неправильную» позицию по этим вопросам в отличие от «правильных» установок истинного создателя Союза. Как считают многие современные историки, реализация сталинского плана создала бы гораздо лучшие предпосылки для последующей оптимизации государственного устройства и всей системы межнациональных отношений в стране. История образования и последующего развития СССР показывает, что русские национально-государственные интересы, по сути дела, были принесены в жертву интересам призрачного мирового СССР и национализму «угнетенных» народов бывшей царской России. Для осуществления принципа об участии в строительстве и функционировании союзного государства всех народов бывшей России «вместе и наравне» ленинский план был не пригоден. Ярким свидетельством этого является иерархия народов и национально-государственных образований, без труда различаемая в архитектонике СССР.