В программе преобразования руководства торгово-промышленным развитием страны, подготовленной к октябрю 1893 г., отмечалось, что промышленность заняла такое место в народном хозяйстве, когда ее судьба неразрывно связана с экономикой страны в целом, и правительству следует с этим считаться. Программа провозглашала широкое развитие всех отраслей российской перерабатывающей промышленности для обеспечения конкурентоспособности ее продукции за пределами страны. В ней отмечались различия в историческом развитии промышленности в России и Западной Европе и признавалась трудность задач русских предпринимателей, задумывающих новое дело, большей частью непосильных для отдельных лиц. Исходя из этого, государству предлагалось оказывать промышленникам через органы Министерства финансов материальную и нравственную помощь. Однако результативность принятых мер, по признанию Витте, оказалась не столь эффективна, как ожидалось.
Денежная реформа Витте, начатая еще по инициативе Вышнеградского, осуществлялась с большой осторожностью и постепенно. В итоге сложившийся курс рубля на уровне 66,5 коп. золотом считался обеспеченным от колебаний. Это дало возможность весной 1896 г. представить на рассмотрение Комитета финансов и Госсовета законопроект о введении в Российской империи золотого обращения. Однако обсуждение вопроса вызвало острые дискуссии. Настаивая на скорейшем принятии решения, Витте учитывал благоприятную конъюнктуру промышленного подъема, что позволяло не опасаться ухода значительной части российского золота за границу. Поскольку обсуждение в Государственном совете затягивалось, Витте убедил Николая II рассмотреть вопрос в расширенном заседании Комитета министров. Его решение было утверждено царским указом в феврале 1897 г. Хотя закон понизил содержание рубля на 1/3, но скрытый характер этой меры позволил провести реформу сравнительно безболезненно, не вызвав особого изменения торговых цен.
Программой 1893 г. намечалось последовательное проведение таможенного покровительства, что осложнялось зависимостью российской индустрии в целом от ввоза иностранного оборудования, а многих ее отраслей и производств от импорта сырья. В силу этого, несмотря на протекционистский тариф 1891 г., импорт оставался весьма значительным и даже увеличился. Таможенная политика Витте не отвечала интересам дворянства и части промышленников, но нападки на нее удавалось сдерживать благодаря очевидной экономической необходимости такой меры и удачно организованной финансовым ведомством агитации в ее пользу.
Одним из следствий политики протекционизма стал усиленный прилив в страну иностранного капитала — льготные условия для промышленной деятельности были привлекательными не только для русских предпринимателей. После введения золотого обращения иностранные инвестиции в промышленность России возросли, что вызвало нападки в националистически настроенной прессе и кругах отечественных предпринимателей. Критика усилившегося влияния иностранного капитала связывалась с недостатками протекционистской политики, которая оказалась не так эффективна, как предполагалось, в реализации своей основной цели — создания развитой национальной индустрии. Витте настаивал на недопустимости стеснять приток капиталов и деятельность иностранных предпринимателей. Высочайшее повеление от 19 марта, заявленное по итогам обсуждения в Особом совещании министров, свидетельствовало об одобрении монархом общей линии торгово-промышленной политики Витте. Введенный в 1903 г. таможенный тариф с более повышенными ставками служил выгодным основанием для предстоящего перезаключения торговых договоров с рядом европейских стран.