В области налогообложения Министерство финансов стремилось создать высокодоходные статьи в государственном бюджете и усовершенствовать систему сбора налогов, отвечающую модернизационным процессам в российском обществе. Среди намеченных мероприятий важную роль сыграло введение казенной винной монополии, т. е. преимущественного права государства на продажу спиртных напитков. В начале XX в. она действовала на всей территории империи, за исключением отдельных окраин. Винная монополия означала очистку спирта, розничную и оптовую торговлю крепкими спиртными напитками через казенные оптовые склады и винные лавки. При одновременном росте числа винокуренных предприятий, составлявших до 25 % всех обрабатывающих заводов в России, и цен на спиртное это приводило к увеличению питейного дохода государства. Его доля в бюджете 1900 г. составляла 11 %, а к 1913 г. поднялась до 22 %.
Промысловый налог в общей сумме российских доходов равнялся всего 3,5 %. Разработка новых правил его сбора началась еще в 1892 г. и велась очень тщательно. Положение о государственном промысловом налоге было утверждено в июне 1898 г. Согласно новому закону налогом облагались все фабрично-заводские, ремесленные и перевозочные предприятия, торговые, страховые, кредитные заведения, личные промысловые занятия. Налог отвечал требованиям большей уравнительности и пропорциональности обложения, способствовал увеличению государственного дохода. Рост в начале XX в. поступлений в казну по абсолютным показателям составил 27 %. Однако щадящий режим налогообложения промышленности и торговли не изменился — доля дохода от него в бюджете не поднималась выше 3–4 %.
Министерство проводило и другие мероприятия, содействовавшие развитию российской промышленности: совершенствование практики выдачи привилегий на технические изобретения, учреждение службы мер и весов, устройство промышленных выставок внутри страны и обеспечение участия России на международных выставках. В 1894 г. Государственный совет по представлению С. Ю. Витте пришел к заключению о необходимости передать все коммерческие училища в управление Министерства финансов и предоставить промышленникам и торговцам права «как в учреждении коммерческих школ, так и в их управлении». В итоге значительно увеличившегося поступления средств на устройство и содержание училищ от частных лиц, прежде всего купечества, в 1896–1902 гг. открыли около 150 заведений (против одного в предшествующее десятилетие).
Торгово-промышленное законодательство России, возникшее в основном в начале XIX в. и даже в конце XVIII в., подлежало обновлению по программе 1893 г. Однако удалось принять лишь отдельные новые установления (Строительный устав, 1900 г.) и провести определенную систематизацию, внесение изменений в Устав горный, Торговый и Промышленный уставы. В стране отсутствовала единая система правового регулирования предпринимательства. Особые законы действовали в горнозаводской, акцизной, ремесленной и кустарной, казенной промышленности. Отдельные акты регулировали деятельность иностранных предпринимателей. Разработка нового законоположения об устройстве и содержании фабрик и заводов, начавшаяся в 1892 г., не вышла из стадии обсуждения и в 1900-е гг. Предложения Министерства финансов по модернизации законодательства о статусе ремесленных заведений, открытии и деятельности бирж, явочной системе акционерного учредительства и порядке функционирования общих собраний акционерных компаний, их ревизионных органов, правлений не встретили понимания ни в Комитете министров, ни в Государственном совете.
Характеристика промышленной политики, проводимой С. Ю. Витте в 1890-х гг., как целенаправленной индустриализации является известным преувеличением. Экономическое развитие страны в основном происходило стихийно, подтверждением чему служит факт разразившегося в 1900 г. кризиса, несмотря на все принятые перед этим решения по содействию индустрии. При решении вопросов, связанных с промышленностью и аграрной сферой, проявлялись две линии внутриполитического курса, которые на рубеже веков олицетворяли министерства внутренних дел и финансов. Руководители первого (Д. С. Сипягин, В. К. Плеве) придерживались реакционно-консервативных позиций. Министры финансов склонны были воспринять некоторые либеральные идеи, а главное — сознавали необходимость модернизации страны, не забывая об интересах помещиков и заботясь о сохранении самодержавной власти. Разразившийся в начале XX в. экономический кризис вызвал сомнения в правильности курса на ускоренное промышленное развитие страны. Противники политики Витте требовали поставить во главу угла преимущественное содействие сельскому хозяйству и крестьянским кустарным промыслам. Возражения его сторонников, что нельзя игнорировать достигнутые индустриальные успехи и скоропалительным отказом обесценивать затраченные усилия, не были услышаны.