Огромное влияние на эскалацию противостояния между российскими и союзными властями оказали столкновения гражданского населения и подразделений армии и МВД в Литве и Латвии. В Вильнюсе в ночь с 12 на 13 января 1991 г. при попытке захвата телевизионного центра пролилась кровь. Противостоящие стороны, как и многие советские граждане, по-разному определяли приведшие к этому причины. Напряженность нарастала и в связи с отсутствием вразумительных объяснений со стороны союзного руководства, что некоторыми трактовалось как свидетельство соучастия в конфликте. Российские либералы болезненно реагировали на произошедшее, опасаясь повторения «вильнюсского сценария» в схожих ситуациях. Усилилась критика в адрес Горбачева, союзного правительства, военных. 19 февраля 1991 г., выступая по телевидению, Ельцин потребовал отставки Президента СССР, а 9 марта призвал своих сторонников «объявить войну руководству страны».
Контрпродуктивность проводившейся руководством РСФСР политики становилась для многих очевидной. Недовольство сложившейся ситуацией проявилось на самом высоком властном уровне России. 21 февраля 1990 г. на сессии Верховного Совета РСФСР шесть членов его Президиума выступили с заявлением, содержавшим осуждение действий Ельцина, и потребовали его отставки. Заявление подписали заместители председателя Верховного Совета С. П. Горячева и Б. М. Исаев, председатели палат Верховного Совета Р. Г. Абдулатипов и В. Б. Исаков, заместитель председателя палаты А. А. Вешняков и секретарь Президиума Верховного Совета В. Г. Сыроватко. В прошлом все они были сторонниками Ельцина. В документе отмечался «авторитарный характер руководства со стороны председателя Верховного Совета, пренебрежение законно избранными органами», единоличное принятие многих важных решений. Отмечалось также, что Ельцин «проводит узкопартийный курс, отвечающий интересам блока новых политических сил, но противоречащий коренным интересам России». Ельцин обвинялся в развале СССР, в неспособности организовать консолидированную и созидательную работу Верховного Совета РСФСР, нежелании проводить реформы при громогласных призывах к ним.
Определенной политической развилкой стал III внеочередной съезд народных депутатов РСФСР, созванный в марте 1991 г. для отчета российского руководства. Его судьба после форума могла сложиться по-разному. Однако ввод союзными властями войск в столицу накануне открытия съезда лишь усилил «антицентристскую» консолидацию российских депутатов, которые почувствовали себя оскорбленными горбачевской акцией. Ельцин и его сторонники максимально использовали предоставленный им шанс. Осудив давление на российский съезд, Ельцин заявил, что является сторонником коалиционной политики, в реализации которой могут принять участие все, в том числе «прогрессивно мыслящие члены КПСС». Возможность такой коалиции была подтверждена демаршем полковника А. В. Руцкого, заявившего об образовании фракции «Коммунисты — за демократию» и о ее готовности поддержать Б. Н. Ельцина. Это раскололо коммунистов на съезде. Давление на съезд «снизу» оказали и шахтеры. В серии резолюций горняки требовали отставки Горбачева и безоговорочно поддерживали российских радикалов. Учитывая общие настроения, Ельцин также выступил за скорейшее подписание Договора о Союзе Суверенных Государств как «федеративного добровольного и равноправного объединения». В результате Ельцин не только не был отстранен от власти, но, наоборот, на III съезде получил дополнительные полномочия, а на IV съезде (май 1991 г.) — решение о проведении выборов президента в сжатые сроки, что повышало его шансы на победу.
12 июня 1991 г. состоялись выборы Президента Российской Федерации. Б. Н. Ельцин набрал 57,3 % от числа пришедших. Конкурировавшие с ним Н. И. Рыжков — 16,8 %, В. В. Жириновский — 7,8 %, А. М. Тулеев — 6,8 %, А. М. Макашов — 3,7 %, В. В. Бакатин — 3,4 %. Победа с большим отрывом от соперников уже в первом туре голосования была политически важна, поскольку давала статус «всенародно избранного» и позволяла трактовать предвыборную программу как волю большинства граждан России. Начало оформления института российского президентства, радикализм лидера, поддерживаемого не менее радикально настроенными реформаторами, оказали значительное влияние на последующее развитие событий.