26 февраля 1903 г., в период работы Совещания Витте и Редакционной комиссии, был обнародован Манифест, возникший по инициативе и при участии князя В. П. Мещерского, а затем отредактированный чиновниками МВД под руководством Плеве. В целом документ отражал реакционно-консервативную линию на решение крестьянского вопроса, но содержал и такие положения, которые свидетельствовали о колебаниях правительства. Подтверждая неприкосновенность общинного крестьянского землевладения, сохранение сословного строя и неотчуждаемость надельных земель, царь обещал выработать меры для облегчения выхода крестьян из сельских обществ и отмены круговой поруки.
Вся многолетняя работа учрежденных по царскому повелению комиссий и особых совещаний привела к принятию лишь нескольких частных законодательных актов, отменявших самые устарелые обычаи и правовые нормы. Среди них были законы об отмене телесных наказаний крестьян (1902), круговой поруки (1903), облегчении выхода из общины зажиточных крестьян (1903), упрощении процедуры переселения (1903). Столь разительный контраст с более результативным решением проблем торгово-промышленной сферы свидетельствует о сложности и глубине аграрных противоречий в России, их непосредственной связи с положением господствующего сословия империи и ее верховной власти. Не случайно поиск на рубеже XIX–XX вв. мер к разрешению дворянского и крестьянского вопросов неизбежно выявлял их социально-политический аспект, что приводило к возникновению трений между самодержавием и поместным дворянством по вопросам о методах и целях внутренней политики. Стремясь сохранить свои экономические, социальные, политические привилегии и монархию как охранительницу этих старых устоев российского общества, поместное дворянство начинает подталкивать верховную власть к модернизации, к ликвидации очевидной архаики. Однако это не встретило понимания ни в лице самого Николая II, ни в деятельности приближенного к нему после отставки Витте в 1902 г. В. К. Плеве, что со всей очевидностью показали итоги работы Редакционной комиссии и Особого совещания о нуждах сельскохозяйственной промышленности.
Национальный и конфессиональный вопросы в условиях развития общего социально-политического кризиса приобретают новую остроту. Их взаимодействие и сложное переплетение было обусловлено принципами, что «нет отдельных народов, есть только подданные» и утверждением православия как официальной религии. В начале XX в. экономическое развитие отдельных окраин приводило к росту их буржуазии, заявлявшей о своих претензиях. Шло также формирование национальной интеллигенции, являвшейся питательной средой для сепаратистских и леворадикальных течений. В России начинают возникать национальные политические организации и партии, число которых в конце концов превысило количество русских политических объединений. Развитие национального самосознания сопровождалось ростом изданий национальной периодики. Указанные тенденции были особенно заметны в регионах с сильными традициями национально-освободительного движения и развитыми экономически — Польше, Финляндии, Украине. В индустриальных городских центрах, возникших в Прибалтике и Закавказье (Рига, Ревель, Баку), в силу многонационального состава пролетариата, значительной доли русских кадровых рабочих на первый план выступала общепролетарская борьба за свои права.
В конце 1890-х гг. вновь обострился финляндский вопрос. По инициативе Николая II были ограничены права сейма княжества, в делопроизводство введено употребление русского языка, установлен порядок замещения административных должностей выходцами из России, ликвидирована самостоятельность финской армии. Это вызвало демонстрации протеста, проведение сбора подписей под петицией царю с просьбой отменить законы, ущемляющие финляндскую автономию, посылку депутации к царю. Депутация, однако, не была принята, что только усилило сепаратистские и революционные настроения в Финляндии.