Взятый курс на независимость Чечни предполагалось легализовать через ряд правовых процедур. На октябрь и ноябрь назначались принятие гражданства, выборы президента и парламента. Осуждалась проводившаяся ранее политика «геноцида» и «колониального гнета» чеченского народа со стороны «имперских сил», а для наблюдения за ходом выборов приглашались представители лишь тех союзных республик, которые однозначно взяли курс на выход из СССР. По сути, уже в первой половине сентября 1991 г. в Чечено-Ингушской республике произошел военный переворот, совершенный националистическими радикальными силами, направленный не столько против прежней партийно-советской номенклатуры, сколько нацеленный на выход автономии из России.
В сентябре в Грозном побывали многие московские политики, пытавшиеся ввести ситуацию в контролируемое федеральными властями русло. Однако миссии Р. И. Хасбулатова, М. Н. Полторанина, Г. Э. Бурбулиса, А. В. Руцкого успеха не имели. По докладу последнего Президиум Верховного Совета России принял постановление «О положении в Чечено-Ингушской республике», сыгравшее большую роль в дальнейшей эскалации напряженности. В документе единственной законной властью на территории республики был назван Временный Высший Совет, а «незаконным вооруженным формированиям», под которыми подразумевались дудаевские структуры, предписывалось к 10 октября 1991 г. сдать оружие.
Исполком ОКЧН воспринял решение российского руководства, выглядевшее как ультиматум, буквально в штыки. В Чечне была объявлена мобилизация всех лиц мужского пола от 15 до 55 лет, а Национальная гвардия была приведена в боевую готовность. К 1 ноября 1991 г. в ней насчитывалось 62 тыс. человек, а в народном ополчении — более 90 тыс. человек.
Б. Н. Ельцин разделял решительные настроения А. В. Руцкого относительно необходимости принятия чрезвычайных мер в отношении Чечено-Ингушской республики. 19 октября 1991 г. он подписал жесткое по тону «Обращение к лидерам Исполкома Общенационального конгресса чеченского народа», где предупредил, что в случае невыполнения федеральных требований примет все предусмотренные законодательством РСФСР меры «в интересах нормализации обстановки, обеспечения безопасности населения и защиты конституционного строя». Выборы в Чечне объявлялись незаконными, а их итоги заранее признавались недействительными. Тем не менее 27 октября выборы были проведены, в них не участвовали ингуши и часть русскоязычного населения. Голосование прошло менее чем в половине районов республики. Дудаев получил подавляющее большинство голосов участвовавших в голосовании и стал первым чеченским президентом. Избранный парламент оказался практически мононациональным. Результаты выборов не признали не только российские власти, но и оппозиционные Дудаеву силы в Чечне.
С ноября 1991 г. начался особенно драматичный период российской политики в Чечне, который надолго усугубил ранее сделанные ошибки. 4 ноября российский президент распорядился готовить указ о введении в республике чрезвычайного положения. На различных стадиях в его разработке участвовали А. В. Руцкой, С. М. Шахрай, Р. И. Хасбулатов, В. Г. Степанков, Н. В. Федоров, В. П. Баранников, А. Ф. Дунаев. Текст был подписан Ельциным 7 ноября. Согласно указу в ЧИР с 9 ноября по 9 декабря 1991 г. вводилось чрезвычайное положение. В качестве формы управления учреждалась Временная администрация, ее приказы и постановления подлежали исполнению всеми государственными и общественными организациями. Предполагалось привлечь «дополнительные силы и средства органов МВД и КГБ в зону чрезвычайного положения». Согласно плану в операции против Дудаева должны были участвовать более 1,5 тыс. человек.