Трудности первого этапа экономических преобразований, начало противостояния исполнительных и законодательных структур России способствовали оживлению этносепаратистских движений в начале 1991 г. Это заставило центральные власти ускорить подготовку документа, регламентирующего федеративные отношения. Им стал подписанный 31 марта 1992 г. Федеративный договор. В действительности этот термин объединял три документа. Начальная часть названия каждого элемента звучала одинаково: «Федеративный договор: Договор о разграничении предметов ведения и полномочий между федеральными органами государственной власти», но различными были их окончания: 1) «и органами власти суверенных республик в составе Российской Федерации», 2) «и органами власти краев, областей, городов Москвы и Санкт-Петербурга Российской Федерации», 3) «и органами власти автономной власти, автономных округов в составе Российской Федерации». Из текстов следовало, что республики имели более высокий статус в сравнении с краями, областями и автономиями. Республики назывались «суверенными», за ними закреплялась целостность их территорий, достоянием проживавших в них народов объявлялись земля и недра, для них предусматривалась вся полнота государственной власти, они являлись самостоятельными участниками международных и внешнеэкономических отношений. Юридический статус краев и областей этого не предусматривал.
Документы оказали противоречивое влияние на политическую жизнь страны. С одной стороны, они зафиксировали именно федеративный характер устройства государства и тем самым ослабили центробежные процессы. С другой — сохранили неравенство статусов республик и краев (областей) России, создали ситуацию соперничества и отчуждения одних территорий Федерации от других. Вскоре после подписания договора был создан «Совет глав республик», что было призвано вновь подчеркнуть их отличие от других субъектов Федерации. Да и само понятие «субъект Федерации» главы республик не считали возможным использовать применительно к краям и областям. В 21 республике были приняты конституции, 19 из которых противоречили российской. «Суверенные» образования добивались больших привилегий в бюджетных отношениях с центром, в формировании своей правоохранительной системы.
Уже осенью 1992 г. началась активная борьба краев и областей за выравнивание своих прав. В ноябре 1992 г. представителями 53 регионов был создан «Союз губернаторов», руководитель которого вошел в «Совет глав республик». Ликвидацию несправедливости края и области видели в повышении их статуса до уровня республик. Вновь активизировался процесс суверенизации, в котором теперь основная роль принадлежала региональным образованиям. Вскоре в Вятке и Туле были приняты свои конституции, государственный суверенитет был провозглашен в Вологде, о повышении статуса заявили и другие края и области. Апогеем борьбы стало провозглашение в ноябре 1991 г. Уральской республики.
Строительство новой Федерации осложнялось и ситуацией в отдельных регионах страны. Федеративный договор не подписала Республика Татарстан. Более того, вопреки протестам федеральных властей в ноябре 1992 г. после референдума ее Верховный Совет утвердил новую Конституцию, где Татарстан характеризовался как «суверенное государство, субъект международного права, ассоциированное с Россией на основании Договора». Тем самым между Россией и одним из ее субъектов в одностороннем порядке фактически устанавливался конфедеративный характер отношений. Татарстан, Башкортостан, Якутия встали на путь «бюджетного сепаратизма», одностороннего перераспределения ресурсов, собственности и власти в пользу своих республик.
В 1992 г. все дальше от правового поля Федерации отходила Чеченская Республика, превращаясь в особую зону России. На территории Чечни осуществлялся беспошлинный ввоз и вывоз товаров, нелегальная торговля оружием, финансовые спекуляции. Регион стал крупным производителем и перевалочным пунктом торговли наркотиками. Республика вступила в полосу острого социально-экономического кризиса, шла стремительная криминализация чеченского общества. С конца 1991 г. начался захват военных объектов и складов с вооружением. К маю 1992 г. в распоряжении дудаевцев оказалось 80 % боевой техники (108 танков, 51 самолет, 153 артиллерийских орудия и миномета, 600 противотанковых управляемых ракет и зенитно-ракетных комплексов) и 75 % стрелкового оружия, ранее принадлежавших Советской армии. К июню численность регулярных войск республики достигла 15 тыс. человек. Камнем преткновения на переговорах между Москвой и Грозным оставался вопрос о статусе Чечни: чеченская сторона настаивала на признании независимости республики.