22 июля 1994 г. был издан указ президента, утвердивший «Основные положения государственной программы приватизации государственных и муниципальных предприятий после 1 июля 1994 года». Указ положил начало второму, «денежному» этапу приватизации, который продолжается и поныне. С этого времени предприятия или пакеты их акций стали передаваться исключительно за деньги. Приватизация имущества осуществлялась через проведение денежных, специализированных аукционов, коммерческих и инвестиционных конкурсов, по закрытой подписке. Интенсивно развивался фондовый рынок, складывалась система институциональных инвесторов и оформление социального слоя, обладающего правами собственника.
Несмотря на заявления руководителей Комитета о начале после июня 1994 г. «инвестиционной эры» в российской приватизации, ситуация оказалась намного сложнее. В 1994–1997 гг. правительство использовало приватизацию преимущественно как средство получения бюджетных доходов. Это было во многом обусловлено конъюнктурными политическими мотивами: в 1995 г. проходили парламентские, а в 1996 г. — президентские выборы, и выполнение обязательств перед «бюджетниками» становилось одним из важных условий сохранения сложившегося политического режима. Помимо продажи, получили распространение и различные «нестандартные» методы приватизации: «залоговые аукционы», передача федеральных акций регионам в качестве покрытия федерального долга, конвертация долгов в ценные бумаги и др. Особенно широкий общественный резонанс получили «залоговые аукционы».
Во второй половине 1995 г. правительство заимствовало у ряда банков деньги, отдав им в залоговое управление по конкурсу на год большие пакеты акций крупнейших объектов государственной собственности (всего 21 предприятие). Это принесло в бюджет 5,1 трлн руб., однако всем было ясно, что средства в казне для выкупа акций во второй половине 1996 г. едва ли найдутся. Как отмечают экономисты гайдаровского круга, это была фактически неконкурентная продажа пакета акций заинтересованным банкам (среди победителей доминировали два крупнейших — «ОНЭКСИМ» и «МЕНАТЕП»). Легитимность этих сделок уже тогда многими ставилась под сомнение, но в ходе судебных разбирательств 1996–1997 гг. их правомерность удалось отстоять. Однако это признание, по мнению специалистов, свидетельствовало не о «чистоте» проделанных операций, а прежде всего о неполноте и несовершенстве нормативной базы приватизации. Не меньше вопросов вызывала и «экономическая эффективность» осуществленных продаж: после президентских выборов 1996 г. цены на их акции выросли в 5-10 раз. Фактически было создано несколько промышленно-финансовых империй.
Некоторые авторы с 1997 г. выделяют и третий этап приватизации (после «чекового» и «денежного»), считая его специфической чертой отказ от фискальной направленности, переход от массовой приватизации к индивидуальным проектам с акцентом на эффективное использование приватизированного имущества. Начало этапа связывают с новым Федеральным законом «О приватизации государственного имущества и об основах приватизации муниципального имущества в Российской Федерации» (21 июля 1997 г.). Не все экономисты считают возможным выделять третий этап приватизации, поскольку изменения в экономической политике середины 1997 г. не носили качественного характера. Действительно, отныне правительством и органами Госкомитета по управлению имуществом ежегодно составлялись списки выставляемых на продажу предприятий, что позволяло сделать приватизацию «штучной». Теперь цена «имущественного комплекса» определялась не только его уставным капиталом и балансовой оценкой, но и рыночной стоимостью. Все это позволяло продать объект гораздо дороже.
«Модельной» была сделка по приватизации «Связьинвеста», компании — монополиста в сфере коммуникаций. В июле 1997 г. 25 % акций компании было продано за 1875 млн долларов — сумму, почти вдвое превышавшую ту, которую правительство получило во всех «залоговых аукционах» второй половины 1995 г. Руководители Комитета заговорили о начале «приватизации нового типа», когда собственность передается в результате действительной конкуренции между претендентами. Цель же приватизации, по сути, не изменилась: увеличение финансовых поступлений для покрытия текущих нужд бюджета. И действительно, 1997 год был первым годом в истории проведения «денежной приватизации», который увенчался успехом с точки зрения выполнения бюджетного задания без схем типа «залоговых аукционов».
В результате проведенных преобразований в России к концу 1990-х гг. произошли радикальные изменения в структуре собственности. В 1998 г. к государственной (федеральной, муниципальной) собственности относилось 12,5 % предприятий, к частной — 73,1 %, в собственности общественных организаций находилось 5,7 %, к смешанной принадлежало 8,7 % хозяйственных объектов. В 1998 г. негосударственный сектор произвел свыше 2/3 ВВП, доля государства в акционерном капитале большинства предприятий перестала играть ключевую роль. Российскую экономику отличает более высокая, чем в развитых макросистемах, концентрация собственности, где крупным считается пакет в 5-10 % акций. В нашей стране внешний акционер, являющийся крупнейшим владельцем акций, обладает в среднем пакетом в 26–35 %. Причем размер минимального пакета акций для крупного акционера не является обратно пропорциональным размеру хозяйственного объекта; наоборот, на сверхкрупных предприятиях концентрация собственности выше.