В то же время именно экономика продолжала оставаться самым уязвимым местом действовавшего под эгидой президента правительства. Все более деградировали наукоемкие отрасли и укреплялись позиции сырьевых. Быстро увеличивался внешний и внутренний долг. При росте социальных контрастов сокращались реальные доходы основной массы населения. Однако даже при этом на первое место среди волнующих тем граждане выдвигали рост преступности. Давали о себе знать и нерешенные ранее проблемы федеративных отношений.
15 февраля 1994 г. был подписан Договор между Россией и Татарстаном. В документе не было положений о том, что республика находится в составе России и признает верховенство федеральной Конституции. Договор снял некоторые проблемы, но многие политики считали, что он является шагом назад в сравнении с Конституцией, отступлением от конституционной Федерации к асимметричной, договорной. Татарстан сохранял большую, чем другие субъекты, самостоятельность во внутренних делах, но, что важнее, оговорил особые, льготные бюджетные отношения с Москвой. Пример Татарстана оказался заразительным. В 1994–1995 гг. другие республики также пошли на заключение договоров с федеральным центром. В результате они перечисляли в общий бюджет намного меньше средств, чем «рядовые» субъекты, и, следовательно, не участвовали в решении программ, требовавших общегосударственного финансирования. Естественно, что к борьбе за привилегии, а фактически к расшатыванию Федерации, позже подключились и другие регионы.
Намного более драматично складывалась ситуация вокруг Чеченской республики. Негативные последствия ее фактического пребывания вне правового поля России осознавали многие политики. Но в отношении путей исправления ситуации единства не было. В 1992–1993 гг. ставка делалась на поддержку внутричеченской оппозиции режиму Д. Дудаева, которая, однако, не привела к ожидаемому результату. Особенно трагичными выглядели события 26 ноября 1994 г., когда возглавляемая У. Автурхановым группа противников Дудаева (численностью около двух тысяч человек) двинулась на штурм Грозного. Группу сопровождали более ста танков и бронетранспортеров. Город взять не удалось, танковая колонна была разгромлена, а несколько десятков танкистов попали в плен к дудаевцам. На допросах выяснилось, что это не представители оппозиции, а кадровые российские офицеры, привлеченные для спецоперации. Ее неудача склонила некоторых московских политиков и военных к убеждению, что проблему можно решить только силами войсковой операции. 11 декабря 1993 г. на территорию республики при поддержке танков и авиации были введены армейские части. Они должны были «разоружить незаконные бандформирования» и «восстановить конституционный порядок». Расчеты на то, что поставленные задачи можно решить ограниченными силами и в сжатые сроки, не оправдались. Начавшаяся, как говорили, «война в Чечне» унесла десятки тысяч человеческих жизней, стала одним из важнейших факторов внутренней политики России.
Неудачи в социально-экономическом развитии, вызывающая все большее общественное возмущение вооруженная кампания в Чечне делали правительство все менее популярным, часто под огонь критики попадал и президент. Важным индикатором массового недовольства явились результаты выборов в Госдуму, прошедших в декабре 1995 г. Всего в кампании участвовало 43 партии и избирательных объединения, но в Думу прошли лишь четыре. КПРФ получила 157 мест (34,9 %), ЛДПР — 51 (11,4 %), «Яблоко» — 45 (10 %) и «Наш дом Россия» — 55 (12,2 %). Результаты выборов выглядели крайне неблагоприятно для исполнительной власти. Во-первых, более чем вдвое увеличили свое представительство коммунисты. Секретарь ЦК КПРФ Г. Н. Селезнев стал спикером, а его товарищи по партии возглавили важные думские комитеты. Во-вторых, прошедшие в Думу ЛДПР и «Яблоко» также демонстрировали оппозиционность правительству. В-третьих, «Демократический выбор России» (преемник «Выбора России») Гайдара в Думу не прошел, а проправительственный НДР набрал голосов намного меньше, чем прогнозировали его лидеры.