Итоги годовой деятельности правительства «младореформаторов» получили в целом доброжелательную оценку в прессе, несмотря на то что большую часть намеченного сделать не удалось. В ежегодном Послании Президента Федеральному собранию в феврале 1998 г. было четко объяснено, что правительство не справилось со своими задачами, но острой публичной критики премьера и его заместителей не последовало. Тем не менее 23 марта 1998 г. был издан указ Ельцина об отставке Черномырдина. Отсутствие объяснений со стороны главы государства возбудило недоумение в политических кругах и прессе. Однако уже вскоре стало ясно, что в основе решения президента лежало осознание приближения краха проводившейся много лет экономической политики, которую связывали с именем премьера.
Указ президента положил начало затяжному политическому кризису. На фоне отставки политического «тяжеловеса» В. С. Черномырдина предложение Думе одобрить в качестве премьера малоизвестного молодого С. В. Кириенко выглядело не мотивировано. И хотя под нажимом Ельцина депутаты утвердили внесенную кандидатуру, правительство Кириенко не могло рассчитывать на безоговорочную поддержку парламента в то время, когда ситуация требовала быстрых и решительных действий.
Финансовый обвал 17 августа 1998 г. («дефолт») привел не только к падению правительства. 21 августа на внеочередном заседании Думы 248 депутатов призвали президента добровольно уйти в отставку, в его поддержку выступили лишь 32 законодателя. Чтобы обезопасить Думу от роспуска, депутаты выразили готовность инициировать процедуру импичмента. Перед угрозой утраты власти Ельцин был вынужден уступить. 10 сентября 1998 г. президент предложил на пост премьера академика Е. М. Примакова. Глава государства впервые назначил главой правительства кандидата, предложенного Думой: его одновременно выдвинули и коммунисты, и «Яблоко», поддерживали и другие фракции. Показательно, что Примаков был утвержден с первой попытки, получив 315 голосов вместо необходимых 226.
Включение в состав правительства на должность вице-премьера коммуниста Ю. Д. Маслюкова дало основания говорить о «полевении» исполнительной власти, хотя в целом премьер и новый кабинет стремились быть политически нейтральными. Стремясь уйти от возможных обвинений, Примаков не выступал с широковещательными программами, придерживаясь тактики решения конкретных дел. В то же время правительство не пошло на радикальные изменения курса. Важность широкой общественной поддержки для исполнительной власти была ярко продемонстрирована при обсуждении бюджета на 1999 г.: самое «левое» после 1992 г. правительство провело через Думу самый «жесткий», «либеральный» бюджет. Были сделаны шаги в сторону поддержки реального сектора экономики страны. Примаков выступал за государственное регулирование экономики, которое, по его мнению, отличает цивилизованный капитализм от дикого.
Время премьерства Примакова в политической истории России характеризуется как период «двойного лидерства». С одной стороны, главой государства, обладавшим огромными полномочиями, являлся утративший былую популярность президент. Другим лидером был председатель правительства, который опирался на поддержку большинства Думы, пользовался авторитетом среди предпринимателей. Его влияние и популярность росли и в связи с длительными перерывами в работе часто болевшего Ельцина. За восемь месяцев удалось добиться некоторых позитивных перемен в экономике, но главное — значительно стабилизировать общественно-политическую ситуацию. Тем неожиданней был указ об отставке Е. М. Примакова, подписанный президентом 12 мая 1999 г. Причины этого казавшегося тогда иррациональным шага обнаружились позднее.
Примаков за короткое время сумел стать крупной, достаточно самостоятельной политической фигурой. Стремясь оставаться в политическом «центре», он не торопился бросить весь свой авторитет на поддержку уже не очень популярного президента. Так, президентская администрация не могла быть довольна тем, что лояльная к премьеру Дума не отказалась от проведения импичмента в отношении президента в мае 1999 г. Для успеха задуманной акции требовалось собрать 300 голосов по одному из пяти пунктов обвинения. За признание Ельцина виновным в подписании Беловежских соглашений и развале СССР голосовали 240 депутатов, против — 72. Виновным в трагических событиях осени 1993 г. Ельцина признали 263 депутата, против голосовали 60. За обвинение в развязывании войны в Чечне проголосовали 283 депутата, против — 43. В развале армии виновным президента посчитал 241 депутат, против голосовали 77. В проведении политики геноцида против российского населения президента обвинили 238 депутатов, против голосовали 88. Это означало, что фактически три четверти депутатов выразили политическое недоверие Ельцину. Результаты голосования отражали массовые общественные настроения: по данным социологов, в конце 1998 г. 85 % опрошенных преодоление кризиса в России связывали с уходом в отставку действующего президента.