В 1990-е гг. намного сократились масштабы экономического сотрудничества между Россией и странами Центральной и Восточной Европы. Практически свернутой оказалась производственная кооперация, связи сводились в основном к торговле, притом в относительно скромных масштабах. Исключение составляли страны Балтии, которые за счет российских грузопотоков получали до 60 % своих валютных доходов. Налаживание новых отношений на рыночной основе тормозилось и таким «наследием прошлого», как проблема взаимных долгов. После перехода в 1990 г. во взаиморасчетах со странами СЭВ с переводных рублей на твердую валюту СССР превратился из кредитора восточноевропейских стран в их должника. Россия же, приняв на себя после распада СССР его долговые обязательства, оказалась должна практически всем государствам Восточной Европы. Сумма долга варьировалась от нескольких десятков миллионов переводных рублей Румынии до пяти миллиардов долларов Чехословакии. Все это блокировало экономические связи между бывшими союзниками. Только во второй половине 1990-х гг. переговоры о порядке погашения долгов привели к конструктивным взаимоприемлемым соглашениям.
При однозначном экономическом стремлении стран Центральной и Восточной Европы в ЕС здесь во второй половине 1990-х гг. происходило осознание сложности интеграции в европейские структуры. Наметился взаимный спад существовавшей в 1991–1992 гг. эйфории. Более строгий учет собственных возможностей и геоэкономических процессов подводил лидеров этих стран к заявлениям о своем особом пути европейской интеграции и отношениях с соседними странами включая Россию.
Россия и Содружество Независимых Государств. Первые два года существования Содружества характеризовались центробежными тенденциями, быстрым распадом целостности пространства бывшего СССР. В 1993 г. с ликвидацией единой рублевой зоны прекратилось существование общего экономического пространства. В разных направлениях развивались политические и правовые системы. Новые государства активно устанавливали самостоятельные экономические, политические и военно-политические отношения с третьими странами. К 1993 г. завершился раздел Советской армии и формирование национальных Вооруженных сил.
Российская политика в 1990-е гг. в отношении стран СНГ определялась противоборством двух тенденций. Часть политиков считала необходимым сохранить Содружество в качестве сплоченного геополитического объединения при доминирующей роли России. Сохранение и укрепление многостороннего сотрудничества в рамках СНГ рассматривалось в качестве главного направления российской политики. Другой подход исходил из признания неизбежности геополитического и геоэкономического плюрализма на постсоветском пространстве, обусловленного как ограниченностью ресурсов России, так и ее приоритетной заинтересованностью в интеграции в глобальные экономические процессы. В середине 1990-х гг. доминировала первая линия, которая была определена указом президента в сентябре 1995 г. в документе «Стратегический курс России с государствами — участниками Содружества Независимых Государств».
В январе 1993 г. был принят Устав СНГ. Координация действий в рамках Содружества осуществлялась Советом глав государств, Советом глав правительств, Советом министров иностранных дел, Советом министров обороны и Советом командующих пограничными войсками, Межпарламентской ассамблеей, а также через органы отраслевого сотрудничества. В Минске функционировал Исполнительный Секретариат СНГ. Всего в рамках Содружества в 1990-е гг. было подписано около двух тысяч различных соглашений, большая часть которых не была реализована.
К концу десятилетия стало очевидным, что в рамках СНГ удалось смягчить последствия распада СССР, но интеграционные цели достигнуты не были. Сократилось экономическое сотрудничество между Россией и странами СНГ. Не увенчалось успехом взаимодействие и в военно-политической области: не был выполнен в полном объеме ташкентский Договор о коллективной безопасности (1992), сокращалось российское военное присутствие в государствах Содружества, оказалась нереализованной концепция совместной охраны границ. В политической сфере не удалось решить главную поставленную задачу — превратить СНГ в «политическое объединение государств, способное претендовать на достойное место в мировом сообществе». Более того, внутри СНГ шел процесс формирования разнонаправленных коалиций, притом без участия России. Не сложилось многостороннее сотрудничество стран СНГ и в гуманитарной сфере.