Во второй половине 1990-х гг. в российской политике в отношении СНГ обозначились перемены. Наша страна стала более прагматично подходить к проблемам Содружества. Отступили на второй план задачи интеграции в военно-политической сфере, происходила «экономизация» связей. С 1999 г. Россия перестала настаивать на наделении органов СНГ наднациональными полномочиями, против чего возражало большинство государств-участников. Постепенно акцент переносился на налаживание эффективного двустороннего и многостороннего сотрудничества в рамках Союза Беларуси и России, а также с участниками Договора между Россией, Белоруссией, Казахстаном и Киргизией об углублении интеграции в экономической и гуманитарной областях.
Россия и югославский кризис. Начало боевых действий на территории Югославии связано с объявлением 25 июня 1991 г. Словенией и Хорватией о своей полной независимости и о выходе из состава Югославии. Это произошло после проведения на территории этих республик референдумов, в ходе которых большинство населения проголосовало за выход. Вслед за объявлением независимости на территорию сепаратистов вступили части Югославской Народной армии. Особенно сложно складывалась ситуация в Хорватии. Здесь жило много сербов, которые не хотели отделяться от Югославии. Власти же Хорватии стремились «самоопределиться» в существовавших административных границах, установленных вскоре после окончания Второй мировой войны И. Тито (хорватом по национальности), а также включить в состав вновь образуемого государства населенные хорватами земли Боснии и Герцеговины. Это привело к тому, что хорватские сербы осенью 1991 г. провозгласили независимость от Хорватии, создали ряд своих территориальных образований и заявили о желании объединиться с Югославией. Им на помощь пришла Югославская Народная армия, и в места ее столкновений с хорватами в конце 1991 г. были введены «голубые каски» ООН.
Намного запутанней этнополитическая и конфессиональная ситуация была в Боснии и Герцеговине. Мусульманская и хорватская общины стремились к отделению от СФРЮ, чего не желали жившие здесь сербы. В результате весной 1992 г. в регионе существовали: Хорватское государство Герцег — Босния, мусульманское Босния и Герцеговина; им противостояла Республика Сербская Боснии и Герцеговины. Еще ранее на территории республики использовались силы Югославской армии. В ходе столкновений между общинами имели место и «этнические чистки».
В последний год своего существования СССР высказывался за сохранение целостности СФРЮ и дистанцировался от происходящих в ней событий. Однако с начала 1992 г. ситуация резко изменилась. Вслед за США и рядом европейских государств независимость Хорватии, Словении, Боснии и Герцеговины признала и Россия. Россия также «положительно отнеслась к воле народов Сербии и Черногории жить в едином государстве», созданном в апреле 1992 г. и взявшем название Союзная Республика Югославия (СРЮ). Российская внешнеполитическая линия в конфликте в 1990-е гг. определялась, с одной стороны, давлением патриотического, коммунистического большинства в парламенте, требовавшего защиты исторического союзника России на Балканах, а с другой — позициями западных партнеров, от кредитов и политической поддержки которых во многом зависела стабильность внутриполитического положения руководства Российской Федерации.
Изначально страны Запада стремились помешать использованию Вооруженных сил СРЮ для поддержки сербских сил на территориях недавно возникших стран. С этой целью 30 мая 1992 г. СБ ООН принял решение о введении режима санкций против СРЮ за участие в боснийском конфликте. Тогда Россия проголосовала за санкции, которые больно ударили по экономике СРЮ. В то же время Россия принимала активное участие в попытках урегулирования югославского кризиса, являясь членом международной Контактной группы (КГ). Однако становилось все очевиднее, что Запад не является беспристрастной стороной в конфликте, поддерживая антисербские силы. Это нашло отражение и в бомбардировках в 1994 и 1995 гг. позиций воюющих сербов авиацией стран НАТО, осуществленных на основе расширительной трактовки резолюций ООН, против чего выступала Россия. В результате политического и военного давления НАТО руководство СРЮ (возглавляемое С. Милошевичем) весной 1993 г. согласилось признать Боснию и Герцеговину и Хорватию в их международно признанных границах, а также бойкотировать боснийских и краинских сербов до принятия мирного плана.
Широкий круг проблем бывшей Югославии нашел отражение в документах, подготовленных в ноябре 1995 г. в Дейтоне (США) и оформленных в Парижских соглашениях 14 декабря 1995 г. Предусматривалось и проведение военной операции, согласно которой в регион вводились международные силы для выполнения достигнутых договоренностей. Их общая численность определялась в 60 тыс. человек, в том числе 20 тыс. — военнослужащие США. Россия свое участие в миротворческих силах оговорила особыми условиями.