В то же время христианнейший монарх сумел поссориться даже и с такой мягкотелой и принимающий все злодеяния Ивана Церковью. Макарий, сменивший его Афанасий, не допущенный к избранию Герман — все они уже умерли. Место митрополита занял бывший соловецкий игумен Филипп. Он считался даже по тем подвижническим временам среди духовенства мужем благочестивым и в то же время наделенным отличным практическим умом. Из холодного и неприютного соловецкого края он сумел сделать райский уголок, где монахи умудрялись выращивать даже южные растения. Филипп не хотел становиться митрополитом, но в Москву ему ехать пришлось. Впервые, наверно, за все царствование Ивана Филипп стал прямо церковным иерархам говорить в глаза, что за царя они имеют, и обвинять их, как те смели такое безобразие допустить. Иерархи едва не поседели от такой чужой смелости, они только молчали… Были и недовольные: те считали, что такой митрополит погубит всю Церковь. Но делать нечего — он вроде бы был избран.
Первым делом Филипп отправился к царю и открыто высказал ему свои обвинения прямо в глаза. От царя он потребовал отступиться от опричнины и снова собрать страну в единое государство. Иван рассердился, но тоже потребовал, чтобы Филиппа сделали митрополитом. Однако Филиппу пришлось сделать уступку: не трогать опричных дел. Костомаров не понимал, почему этот человек, не побоявшийся сказать царю правду в глаза, все же принял сан. Он предполагал, что эту уступку Иван вытащил из Филиппа обещанием (как всегда лицемерным) все исправить. Но если Иван думал, что после этого митрополит не будет вмешиваться в дела царя, то ошибся. Филипп снова и снова ходил к Ивану и просил за новых и новых заключенных. В конце концов отношения между ними накалились до того, что царь перестал его пускать к себе в слободу. Опричная братия его просто ненавидела.