«Вот уже 47 лет прошло с тех пор, — говорил Костомаров, — но и в настоящее время сердце обливается кровью, когда я вспомню эту картину, дополненную образом отчаяния матери при таком зрелище. Приехала земская полиция, произвела расследование и составила акт, в котором значилось, что отец мой несомненно убит лошадьми. Отыскали даже на лице отца следы шипов от лошадиных подков. О пропаже денег следствия почему-то не произвели». Все списали на несчастный случай. Матери пришлось оставить барский дом, а будущего историка отдали «учиться в воронежский пансион, содержимый тамошними учителями гимназии Федоровым и Поповым, — рассказывал ученый. — Пансион, в котором на этот раз мне пришлось воспитываться, был одним из таких заведений, где более всего хлопочут показать на вид что-то необыкновенное, превосходное, а в сущности мало дают надлежащего воспитания.
…Я пробыл в этом пансионе два с половиною года и, к счастию для себя, был из него изгнан за знакомство с винным погребом, куда вместе с другими товарищами я пробирался иногда по ночам за вином и ягодными водицами. Меня высекли и отвезли в деревню к матери, а матушка еще раз высекла и долго сердилась на меня. По просьбе моей в 1831 году матушка определила меня в воронежскую гимназию. Меня приняли в третий класс, равнявшийся по тогдашнему устройству нынешнему шестому, потому что тогда в гимназии было всего четыре класса, а в первый класс гимназии поступали после трех классов уездного училища.
…Число учеников гимназии в то время было невелико и едва ли простиралось до двухсот человек во всех классах. По господствовавшим тогда понятиям родители зажиточные и гордившиеся своим происхождением или важным чином считали как бы унизительным отдавать сыновей своих в гимназию: поэтому заведение наполнялось детьми мелких чиновников, небогатых купцов, мещан и разночинцев.
…Об охоте к наукам можно судить уже из того, что из окончивших курс в 1833 году один я поступил в университет в том же году, а три моих товарища поступили в число студентов тогда, когда я был уже на втором курсе…» В тот достопамятный 1833 год наконец-то открылась правда о смерти отца Костомарова: «Началось следствие, потом суд…Убийцы сосланы в Сибирь. Члены земской полиции были также привлечены к ответственности и приняли достойное наказание, но виновнейший из них, заседатель, во избежание грозящей судьбы отравился».
Из гимназии ученый был выпущен в возрасте шестнадцати лет и мечтал поступить в университет, однако оказалось, что подготовки ему не хватает, пришлось доучивать те предметы, в которых он считал себя слабым. Во второй половине августа 1833 года он отправился держать впускной экзамен и был принят в студенты. Началось время упорного овладевания знаниями.
Больше всего его манило языкознание: «В первый год моего пребывания в университете я усиленно занялся изучением языков, особенно латинского, который я очень полюбил, и вообще меня стал сильно привлекать антический мир… Я с жаром увлекся французским языком, а с зимы начал заниматься и итальянским». В то же время все больше и больше его привлекала к себе история: «Мне хотелось знать судьбу всех народов; не менее интересовала меня и литература с исторической точки ее значения… Я постоянно сидел за книгами, не имел в городе почти никаких знакомых и самих товарищей принимал редко. Такой образ жизни вел я до самых Рождественских святок, когда отправился в деревню к матери». Эти вакации едва не стали для студента Костомарова последними: приехав домой, он заболел оспой и пролежал более месяца, а потом выздоравливал до конца марта. «Болезнь моя была так сильна, — вспоминал он, — что несколько дней боялись смерти или, что еще хуже, слепоты. Глаза мои, и без того уже требовавшие очков для близоруких, с этих пор еще более ослабели». Эта слабость глаз мучила и пугала ученого на протяжении всей дальнейшей его жизни. Однако тогда, в юности, он поспешил назад, в университет, «с красными пятнами на лице и со слабыми мускулами; меня останавливали, но мне ни за что не хотелось пропустить экзамена и оставаться в университете лишнии год». Когда он приехал, оказалось, что его имя из списков было уже вымарано как умершего, но, тем не менее, Костомаров стал готовиться к экзамену и благополучно его прошел. Он ожидал, что получит звание кандидата, однако оказалось вдруг, что по Закону Божьему он имеет не пятерку, а четверку, а тем, у кого была хоть одна четверка, кандидатскую степень не давали. Ему пришлось снова проходить экзаменацию (отдельно сдать только богословие не разрешалось), он экзаменацию прошел. Далее следовало выбрать будущее поприще. Сдуру Костомаров записался в Кинбурнский драгунский полк юнкером. Ничего глупее, конечно, юный Костомаров придумать не мог, но судьба все решила за него: в городе Острогожске, где стоял полк, нашелся богатый казачий архив, так что вместо занятий на плацу будущий историк пропадал в архиве, за что и был отчислен из юнкеров.