Я начал доказывать историческую справедливость моих мнений, а Валицкий спросил Иннокентия, как понимать его возражения — в цензурном или же только в ученом смысле. Иннокентий сказал, что единственно в ученом, а никак не в цензурном. Тогда, отвечал Валицкий, дефенденту предоставляется защищать свои положения на кафедре во время защиты. Тем и кончилось первое свидание…Между тем наступал день защищения моей диссертации. Накануне этого дня является прибитое к стенам университета объявление, в котором говорится, что по непредвиденным обстоятельствам защищение диссертации Костомарова отлагается на неопределенное время.
…Прошло между тем более месяца; меня известили, что министр народного просвещения, которым был тогда граф Сергей Семенович Уваров, прислал написанный профессором Устряловым разбор моей диссертации и вместе с тем предписал уничтожить все экземпляры, которые были напечатаны, а мне дозволить писать иную диссертацию. Так как, кроме профессоров и коротких знакомых, я не успел ее пустить в публичную продажу, то мне поручили самому объездить всех тех, у кого находилась или могла найтись моя диссертация, отобрать все экземпляры и представить в совет университета для сожжения…» Правда, все экземпляры собрать так и не удалось: из 100 штук возвращено для сожжения было лишь 20 экземпляров. Тему, однако, пришлось срочно менять. Костомаров выбрал наиболее близкую по тогдашнему образу мысли: «Об историческом значении русской народной поэзии». «Я подал свою тему в факультет и тотчас встретил неодобрительные отношения к ней некоторых лиц, — писал он. — Профессор философии Протопопов первый не одобрил ее и находил, что такой предмет, как мужицкие песни, унизителен для сочинения, имеющего целью приобретение ученой степени; но всего страннее покажется, что против этой темы был и Артемовский-Гулак, несмотря на то что по правде считался лучшим знатоком малорусской народности, как это и доказывали его собственные малорусские сочинения…Протест Артемовского-Гулака был, однако, не настойчив, и, когда я подал свою диссертацию уже написанную, он был в числе утвердивших ее. Профессор Протопопов, напротив, продолжал оставаться при прежнем взгляде и выразился, что считает даже неприличным ходить на защищение такой диссертации.
Весною 1843 года моя диссертация была готова и подана на факультет… Пущенная в публику, моя диссертация получила сочувственный отзыв только в одном „Москвитянине", в статье, написанной Срезневским; в других журналах — „Библиотеке для чтения" и „Отечественных записках" — ее приняли не так ласково. В „Библиотеке для чтения", которою заправлял тогда Сенковский, мои мнения о важности народной поэзии для историка подали только возможность поглумиться и позабавиться над моею книгою; в „Отечественных записках" перо знаменитого тогда Белинского выразилось, что народная поэзия есть такой предмет, которым может заниматься только тот, кто не в состоянии или не хочет заняться чем-нибудь дельнее…» В эти же годы Бецкий выпустил в свет одну за другою три книжки костомаровского «Молодика», третья была посвящена русским статьям, относящимся к истории и этнографии Малороссии; а также статьи о восстании Наливайка и биографический очерк фамилии князей Острожских. В то же время историк преподавал в мужском пансионе Зимницкого и собирал материалы для большой работы об эпохе Богдана Хмельницкого. Диссертация, хоть и не понравившаяся по теме многим на кафедре, была все же защищена 13 января 1844 года. Костомаров получил степень магистра исторических наук.
Прошел год, за это время историк сошелся с кружком молодых людей, сыгравших в его судьбе особую роль. «Наши дружеские беседы, — писал он в автобиографии, — обращались более всего к идее славянской взаимности. Надобно сказать, что то было время, когда сознание этой идеи было еще в младенчестве, но зато отпечатлевалось такою свежестью, какую она уже потеряла в близкое к нам время. Чем тусклее она представлялась в головах, чем менее было обдуманных образов для этой взаимности, тем более было в ней таинственности, привлекательности, тем с большею смелостью создавались предположения и планы, тем более казалось возможным все то, что при большей обдуманности представляло тысячи препятствий к осуществлению. Взаимность славянских народов в нашем воображении не ограничивалась уже сферою науки и поэзии, но стала представляться в образах, в которых, как нам казалось, она должна была воплотиться для будущей истории.