В 1650 году царь велел начать раздражать короля незначительными придирками, на большую ссору он еще не был готов. Царь выжидал, когда король будет умучен и в конце концов сам объявит войну: в этой затее царю хотелось выглядеть благопристойно. С другой стороны, Богдан снова сдружился с ханом и ходил «чистить» Молдавию. Он обзаводился союзниками: Турцией, господарем Ракоци, даже шведами. Королю это не нравилось. Но настоящая ссора разгорелась на сейме, когда туда явились представители казачества и подняли вопрос об уничтожении унии. Сейм был против. Война с Польшей стала неизбежной. Следующая битва должна была случиться под Берестечком, войска уже заняли места, но в исход этого дела вмешался крымский хан, он неожиданно явился среди казаков, заставил часть их повернуть вспять, отогнал до Вишневца и взял Хмельницкого с писарем его в плен: хан желал воевать с Москвой, а ему из самой Турции велели идти помогать Богдану. Казаки, оставшиеся без руководства, вместо того чтобы драться с поляками, бежали или сдались. Через месяц хан отпустил Богдана из плена. Но сражение было потеряно. Он и надеялся на Москву, и угрожал ей, не зная что выбрать. В конце концов страх перед московскими порядками сменился надеждой, что там хотя бы есть православие. Польский король, с одной стороны, и литовский князь Радзивилл — с другой дружными усилиями очищали украинскую землю. Новый мирный договор с королем еще больше урезал права казаков, оставляя им только одно Киевское воеводство. Оценив перспективу возвращенного рабства, народ побежал через московскую границу. Явление стало массовым: народ жег свои дома и уходил в потустороннюю степь. Ни войска, ни приказы Хмельницкого — ничто не имело больше значения. Богдана назвали изменником и едва не убили.
Весной 1653 года началась новая война с королем. Хмельницкий обратился снова за помощью в Москву, царь полного согласия не дал, но обещал стать посредником в переговорах. В еще одной битве при Жванцах союзник Богдана крымский хан снова завел сепаратные переговоры с поляками, положение последних было таким бедственным, что они согласились даже на то, что хан кроме денег получит право брать по дороге назад польских пленников. Сколько Хмельницкий ни просил хана не изменять ему, хан отказал — выгода была дороже. Тогда Хмельницкий снова писал в Москву. Теперь Москва была готова на войну. Срочно собрали Земский собор. На нем был всего один вопрос: принимать ли Хмельницкого с его казаками и всей украинской землей в подданство? Бояре и купцы приговорили принимать. Постановление собора гласило:
«А о гетмане о Богдане Хмельницком и о всем Войске Запорожском бояре и думные люди приговорили, чтоб великий государь царь и великий князь Алексей Михайлович всеа Русии изволил того гетмана Богдана Хмельницкого и все Войско Запорожское з городами их и з землями принять под свою государскую высокую руку для православные християнские веры и святых Божиих церквей, потому что паны рада и вся Речь Посполитая на православную християнскую веру и на святые Божий церкви востали и хотят их искоренить, и для того, что они, гетман Богдан Хмельницкой и все Войско Запорожское, присылали к великому государю царю и великому князю Алексею Михайловичи) всеа Русии бити челом многижда, чтоб он, великий государь, православные християнские веры искоренить и святых Божиих церквей разорить гонителем их и клятвопреступником не дал и над ними умилосердился, велел их принята под свою государскую высокую руку. А будет государь их не пожалует, под свою государскую высокую руку принята не изволит, и великий бы государь для православные християнские веры и святых Божиих церквей в них вступился, велел их помирит через своих великих послов, чтоб им тот мир был надежен. И по государеву указу, а по их челобитью государевы великие послы в ответех паном раде говорили, чтоб король и паны рада междоусобье успокоили, и с черкасы помирились, и православную християнскую веру не гонили, и церквей Божиих не отнимали, и неволи им ни в чем не чинили, а ученили б мир по Зборовскому договору. А великий государь его царское величество для православные християнские веры Яну Казимеру королю такую поступку учинит: тем людем, которые в его государском имянованье в прописках объявились, те их вины велит им отдать. И Ян Казимер король и паны рада и то дело поставили ни во что и в миру с черкасы отказали. Да и потому доведетца их принять: в присяге Яна Казимера короля написано, что ему в вере християнской остеретата и защищати, и никакими мерами для веры самому не теснити, и никого на то не попущати. А будет он тое своей присяги не здержит, и он подданых своих от всякия верности и послушанья чинит свободными. И он, Ян Казимер, тое своей присяги не здержал, и на православную християнскую веру греческого закона востал, и церкви Божий многие разорил, а в ыных униею учинил. И чтоб их не отпустить в подданство турскому салтану или крымскому хану, потому что они стали ныне присягою королевскою вольные люди. И по тому по всему приговорили: гетмана Богдана Хмельницкого и все Войско Запорожское з городами и з землями принять».