К мятежникам присоединялись все новые и новые желающие, это были в основном самые подневольные крестьяне. Размаха эта вольница на казачьей основе достигла невиданного, по масштабам она напоминала времена Смуты. Но Разин все же был казаком, он простой народ не грабил, но и не особенно желал соединять с ним свою судьбу. Так что, когда при осаде Симбирска до него дошли слухи о продвижении большого московского войска, он бросил своих сторонников из крестьян и бежал со своими казаками. Народ стал являться к своим воеводам с повинной. К тому же патриарх Иосиф объявил на священном соборе Разина вором и предал его анафеме. Это и решило Стенькину участь.
В донском городке Разина Кагальнике по весне на него напали верные православию и царю донские казаки, повязали его и увезли в Москву вместе с братом Фролом. В Москве Разин надеялся на торжественный прием, но его тут же отправили на пытку. На этой бесконечной пытке Разин держался, как и положено казаку, — с редким мужеством. Так ничего и не добившись, в начале июня Разина с братом повели на казнь. Испугавшийся Фрол, желая вымолить себе жизнь, помянул о каком-то кладе. Степану отрубили голову, а Фрол еще долго водил корыстных москвичей по берегам Волги в поисках клада, потом москвичам это надоело, и Фрола отправили в темницу — до конца его дней.
На этом разинские подвиги завершились, но еще долго «гуляли» другие атаманы и воровские шайки. Дольше всего держалась Астрахань. Но ее взяли обманом, пообещав всем сдавшимся царское прощение. Через год неожиданно для совершенно успокоившихся горожан явилась московская сыскная комиссия. Начались допросы, пытки и казни, многие были высланы из города, а наиболее опасные активисты — повешены. «Так окончилась кровавая драма, — писал Костомаров, — имевшая значение попытки ниспровергнуть правление бояр и приказных людей, со всяким тяглом, с поборами и службами, и заменить старый порядок иным — казацким, вольным, для всех равным, выборным, общенародным. Попытка эта была задушена в пору; дух мятежа не успел еще охватить большей части Московского государства; нестройные толпы поселян и посадских не в состоянии были выдерживать борьбу с войском, уже отчасти знакомым с европейским военным обучением.
Известно, что правильно обученное войско, составляющее притом отдельное от народа сословное тело, везде было лучшей опорой властей против народных волнений. Если, при сильном распространении духа восстания, и оно может, наконец, проникнуться тем же духом, то, прежде чем дойдет до этого, оно — имея возможность осилить первые попытки облечь замыслы в дело — способствует бессилию самих замыслов. Так было и при Стеньке. Быть может, мятеж не был бы так скоро задушен, если бы Стенька явился под Симбирском победителем: и Русь испытала бы тяжелые потрясения, хотя, конечно, все-таки возвратилась бы к старому порядку. Малороссия служит наглядным образчиком того, к чему могло привести стремление распространить на весь народ казацкое устройство, составлявшее идеал восстания Стеньки». Тут ученый имел в виду, что казачье мироустройство не способно создать устойчивой системы, то есть что Малороссия попала сначала в кабалу Польше, потом в кабалу Москве только потому, что не сумела построить собственное государство, не раздираемое противоречиями. Слишком большая вольность, когда каждый делает только то, чего хочет сам, — тоже беда. Но рабство — беда еще большая.