Так началась моя кратковременная профессорская карьера. С тех пор я начал жить в совершенном уединении, погрузившись в занятия историею; время мое поглощалось писанием лекций по русской истории, которых надобно было каждую неделю приготовить четыре. Кроме того, я иногда принимался за Богдана Хмельницкого, дополняя написанное мною некоторыми источниками, отысканными в университетской библиотеке. Потом я принялся писать „Славянскую мифологию", что, впрочем, было частию читаемых мною лекций».
А потом случилось непоправимое. На Рождественские святки в Киев приехал старый друг историка Савич, который собирался за границу. И ученый пригласил его к своим новым друзьям.
«Разговоры коснулись славянской идеи; естественно выплыла на сцену заветная наша мысль о будущей федерации славянского племени. Мы разговаривали не стесняясь и не подозревая, чтобы наши речи кто-нибудь слушал за стеной с целью перетолковать их в дурную сторону, а между тем так было. У того же священника квартировал студент по фамилии Петров; он слушал нашу беседу и на другой же день, сошедшись с Гулаком, начал ему изъявлять горячие желания славянской федерации и притворился великим поборником славянской взаимности. Гулак имел неосторожность со своей стороны открыть ему задушевные свои мысли и рассказал о бывшем нашем предположении основать общество. Этого только и нужно было. Около этого же времени я написал небольшое сочинение о славянской федерации, старался усвоить по слогу библейский тон. Сочинение это я прочитал Гулаку; оно ему очень понравилось, и он списал его себе, а потом, как я узнал впоследствии, показал студенту Петрову. Белозерского уже не было в Киеве; он отправился в Полтаву учителем в кадетский корпус. У него был также список этого сочинения». Беды ничто не предвещало. В феврале историк обручился с Алиною Леонтьевною Крагельскою, уже был назначен и день свадьбы — после Пасхи в Фомино воскресенье, 30 марта 1847 года. В пасхальную пятницу Костомаров заехал в церковь, чтобы оплатить освещение церкви во время венчания, до памятного дня оставалась всего неделя…
А когда он вернулся домой и стал готовиться ко сну, но еще не успел раздеться, «вошел ко мне помощник попечителя учебного округа Юзефович, — вспоминает ученый, — и сказал: „На вас донос, я пришел вас спасти; если у вас есть что писаного, возбуждающего подозрение, давайте скорее сюда". За свои бумаги в кабинете мне нечего было бояться, но я вспомнил, что в кармане моего наружного пальто была черновая полуизорванная рукопись того сочинения о славянской федерации, которую еще на Святках я сообщил для переписки Гулаку. Я достал эту рукопись и искал огня, чтобы сжечь ее, как вдруг незаметно для меня она очутилась в руках моего мнимого спасителя, который сказал: „Soyez tranquille, ничего не бойтесь". Он вышел и вслед за тем вошел снова, а за ним нахлынули ко мне губернатор, попечитель, жандармский полковник и полицеймейстер. Они потребовали ключей, открыли мой письменный стол в кабинете, и попечитель, увидя в нем огромный ворох бумаг, воскликнул: „Mon Dieui il faut dix ans pour dechiffrer ces brouillons". Потом забрали мои бумаги и, завязавши их в потребованные простыни, опечатали кабинет, вышли из моей квартиры и велели мне ехать вместе с ними».
Так Костомаров оказался сначала в Подольской жандармской части, а потом его увезли в Петербург. Все из-за несчастного сочинения, в котором увидели крамолу. В дороге историк пал духом и решил, что лучше попросту уморить себя голодом, но сопровождавший его квартальный сумел убедить Николая Ивановича, что есть нужно, чтобы суметь себя оправдать. В Гатчине впервые за всю долгую дорогу он немного поел…
«Меня привезли прямо в III отделение канцелярии его величества, — повествует историк о дальнейшем испытании, — ввели в здание и длинными коридорами провели в комнату, где кроме кровати с постелью стояла кушетка, обитая красною шерстяною материею, а между двумя окнами помещался довольно длинный письменный стол. Первым делом было раздеть меня донага; мое платье унесли, а меня одели в белый стеганый пикейный халат и оставили под замком. В верхней части двери были стекла, за которыми виднелись стоявшие на часах жандармы с ружьями. Не прошло и часа, как вахмистр принес мое платье, велел одеваться и объявил, что меня требует к себе граф Алексей Федорович Орлов, бывший тогда шефом жандармов… С этого дня начались допросы. От меня добивались: знаю ли я о существовавшем обществе Кирилла и Мефодия. Я отвечал, что не считаю его существовавшим когда-либо иначе как только в предположении, которое могло сбыться и не сбыться; я давал ответы, что такого общества не знаю и что только говорено было о пользе учреждения учено-литературного общества, а само общество не сформировалось; но оказывалось, что от нас хотели непременно признания в том, что общество было, и потому, видимо, были недовольны моими ответами…