Жизнь, однако, продолжала развиваться иным путем, и государство оставалось только внешнею формою объединяющей полицейской власти. Там, где не было завоевания или где оно не являлось достаточно могучим, там не могло составиться и государство. Свободные человеческие общества ради взаимных выгод, а более всего ради собственной защиты стремились к союзности (федерации)… Что в Древнем мире являлось в формах республик, то в новом, христианском мире явилось в форме отдельных земель, подвластных в большей или меньшей степени мелким владетелям. Отсюда — на западе Европы — феодальная система баронов, а в славянском мире — земель с избранными князьями. И те и другие вели между собою распри, при недостатке и слабости связывающих их органов, пока, наконец, сильнейшие из них завоеванием подчинили слабейших, и так составлялись государства, которые потом преобразовывались и переделывались большею частию случайно, на правах большей силы. И русская история представляла то же, хотя с своеобразными особенностями.
Русское государство складывалось из частей, которые прежде жили собственною независимою жизнию, и долго после того жизнь частей высказывалась отличными стремлениями в общем государственном строе. Найти и уловить эти особенности народной жизни частей Русского государства составляло для меня задачу моих занятий историею. Насколько это могло мне удаться — должен был показать опыт, но я взял на себя задачу чрезвычайно трудную и, как показалось мне самому на деле, малоудобоисполнимую по причине моей малой подготовки к работам над этой задачей. Меня утешало только то, что я мог хотя сделать мало, но, по крайней мере, наметить дорогу другим, более меня способным и сведущим. Во всяком случае я был уверен, что и любой из наших ученых не был еще в состоянии более меня приняться за это дело. В таком духе я и начал читать свои лекции, обративши внимание на черты местной истории русских земель и княжеств и на отличную жизнь инородцев, вошедших в состав Русской державы».
На это время и приходится та самая статья Аверкиева, приведенная мною выше. Дело в том, что в 1860 году «Современник» напечатал работу Костомарова «Начало Руси», которая очень не понравилась Михаилу Петровичу Погодину. «Старый ветеран истории, — вспоминал ученый, — никак не мог переварить смелости, с какою я отважился на разбитие системы происхождения Руси из норманнского мира. Он прибыл в Петербург и, встретив меня в Публичной библиотеке, предложил мне вступить с ним в публичный диспут по этому вопросу…Диспут наш состоялся 19 марта. Как и следовало ожидать, он кончился ничем…
Собственно говоря, ни Погодин, ни я не были абсолютно правы, но на моей стороне было, по крайней мере, то преимущество, что я понимал чтение летописей в более прямом смысле, и притом таком, какой, по предмету нашего спора, существовал издавна и какой, вероятно, имелся у самих летописцев. Впоследствии, вдумавшись в состав наших летописей, как и в дух сообщаемых ими известий, я пришел к такому результату, что самая история призвания князей есть не что иное, как басня, основанная на издавна внедрившихся взглядах, почерпнутых из мифического сказочного мира. Моя теория о происхождении Руси из литовского мира если и не имела за собой неоспоримой исторической истины, по крайней мере доказывала норманнистам, что происхождение князей наших и их дружин еще с большею вероятностию, чем из Скандинавии, можно выводить из других земель, и таким образом подрывала авторитет мнений, до того времени признававшихся неоспоримыми и занесенных в учебники как несомненная истина». Иными словами, это была не антинорманнская теория, а контрнорманнская теория, в стороне остались как норманнисты, так и славянофилы. Естественно, негодование возникло у тех и у других!
Но гораздо более Костомаров занимался делами Археографической комиссии, публикуя древние акты, относящиеся к Южной и Западной России. Как действительный член Русского географического общества, он также взялся за издание «Памятников старинной русской литературы», «помещая там по своему усмотрению рукописные статьи, отыскиваемые в письменных хранилищах». Работа заставила его обратиться к поискам древних документов в Духовной академии: эти рукописи были привезены туда из новгородского Софийского собора и из библиотеки Кирилло-Белозерского монастыря. Одновременно он занимался разработкой лекций по истории Новгорода и Пскова. Эти лекции требовали разбора многочисленных документов, написанных не только на русском или польском языках, но на старом нижненемецком наречии. И Костомарову пришлось изучить это наречие, выбирая свободные от других занятий дни. Работа была каторжная. В Духовной академии историк просиживал от девяти утра до пяти часов вечера.