«Так продолжалось осенью и зимою 1860—61 годов, — говорит он, — я имел возможность сделать там множество выписок из рукописей на отдельных листочках, надписывая на них, к какой стороне жизни относится выписка». Эти выписки очень пригодились Костомарову: одни он использовал для дополнений к «Очерку быта и нравов великорусского народа», а другие были оставлены для дальнейших публикаций; в то же время он занимался делами Археографической комиссии и начал публикацию актов эпохи Хмельницкого из Малороссийского приказа, а более поздние использовал для написания статьи о Выговском. Занимаясь малороссийскими бумагами, Костомаров опубликовал небольшую статью «О казачестве». Он пишет, что в этой статье «я старался установить надлежащий взгляд на это историческое явление и опровергнуть возникавшее в тогдашней литературе мнение о том, что казаки сами по себе были обществом антигосударственным, что душою этого общества была анархия, и потому на попытки как Польши, так впоследствии и России к обузданию казацкой воли надобно смотреть как на защиту государственного элемента против вторжения диких, разрушительных побуждений. Такая точка зрения, давно уже поддерживаемая поляками, начинала переходить и в русскую ученую литературу, и я принимал на себя призвание доказать ее несостоятельность и уяснить, что казачество при всех временных уклонениях было последствием идей чисто демократических. Статья моя возбудила против меня возражения в польских повременных изданиях, и тогда особенно выступило против меня лицо, укрывавшееся под псевдонимом Зенона Фиша. Его возражения вызвали с моей стороны новую статью в защиту своего мнения».
Собранные материалы легли и в основу публичных лекций в пользу бедных студентов. Содержанием этих лекций была история эпохи гетманства Выговского, а всего он прочел четыре лекции. О популярности этих лекций говорит такой факт: «несмотря на страшный мороз, доходивший в те дни до 30 °C, лекции мои были посещаемы значительным приливом публики». С 1861 года стала издаваться «Основа», где ученый поместил несколько статей по русской истории, «написанных на основании того, что я имел случай читать в университете. Таковы статьи „О федеративном начале Древней Руси“, „Две русские народности”, „Черты южнорусской истории”; последняя из них заняла несколько нумеров и заключала в себе сплошное историческое повествование событий удельно-вечевого периода в Южной Руси до татар.
…Мои статьи „О федеративном начале Древней Руси”, „Две русские народности” и, наконец, „Черты южнорусской истории”, статьи, написанные на основании задачи, которую я предположил себе в чтении лекций по русской истории, возбудили против меня невыгодные толкования, проявившиеся не раз в печати впоследствии. Моя идея о том, что в удельном строе Руси лежало федеративное начало, хотя и не выработалось в прочные и законченные формы, заставляла подозревать — не думаю ли я применять эту идею к современности и не основываю ли на ней каких-нибудь предположений для будущего. Это подозрение много раз высказывалось там и сям намеками, большею частью неясными, потому что не у всякого доставало отваги обвинять меня в том, на что я сам не дал явных указаний. Независимо от печатных намеков, появлявшихся кстати и некстати в периодических наших изданиях, я тогда же получал письма с укором за мою статью и с отысканием в ней такого смысла, какого я не заявлял и какого она, конечно, не имела. Еще более возбуждала раздражение моя статья „Две русские народности “, которую через несколько лет, вспомнивши о ней, „Русский вестник“ назвал „позорною“. Дело в том, что много открылось политических мыслителей, хотевших во что бы то ни стало, чтобы на Руси существовала только одна русская народность, и не терпевших, если им указывали не одну, а несколько, хотя бы даже существовавших в прошедшие времена.
Привычка отыскивать в рассуждении о прошедшем быте каких-нибудь отношений к настоящему или будущему заронилась в некоторой части читающего русского общества. Это было естественно при цензурной строгости, когда многие писатели поневоле принуждены бывали недосказывать своих мыслей, предоставляя читателям читать их у себя между строками. Эта привычка послужила против меня источником уже крайне смешных и нелепых догадок по поводу моей литовской системы происхождения Руси; она же действовала и по поводу мыслей о двух русских народностях. Впрочем, после выхода моей статьи в первое время не раздавалось крупных обвинений в „сепаратизмекоторыми так щедро награждали меня, после того как вспыхнуло польское восстание и русские стали горячо хвататься за идею своего национального единства. Многие часто не знали, что, говоря об Украине, повторяли сказанное их врагами-поляками по отношению к себе. Пока польское восстание не встревожило умов и сердец на Руси, идея двух русских народностей не представлялась в зловещем виде и самое стремление к развитию малорусского языка и литературы не только никого не пугало признаком разложения государства, но и самими великороссами принималось с братскою любовью. Притом же содержание моей статьи о двух русских народностях ясно отклоняло от меня всякое подозрение в замыслах „разложения отечества", так как у меня было сказано и доказываемо, что две русские народности дополняют одна другую, и их братское соединение спасительно и необходимо для них обеих. Достойно замечания, что через пятнадцать лет после того патриотический „Киевлянин", обличая меня в „украинофильстве", в виде нравоучения й в назидание своих читателей привел мою мысль (выдавая ее за собственную) о необходимости и пользе соединения двух русских народностей из моей же статьи „Две русские народности", и притом почти буквально в тех же выражениях, в каких эта мысль была высказана у меня».