Как видите, статьи Костомарова поневоле оказывались полемическими: он имел свой взгляд на историю и не желал писать так, как требовала современная ему политика. Такой же славой, что и «малороссийские» статьи, пользовались и лекции о древних русских республиках, а также «Очерк быта и нравов великорусского народа в XVI и XVII столетиях». Казалось, что после трудной молодости жизнь начинает налаживаться. Куда там!
Проблемы начались с достопамятной речи на университетском акте. Тема была уж безобиднейшая — «О значении в обработке русской истории трудов Константина Аксакова». К тому же это была речь в память недавно умершего Аксакова, так что полемических экивоков не предполагала. Однако накануне Костомарова попросили не читать эту речь, сославшись, что будут присутствовать старые архиереи, которым высидеть лишнее время в университетском зале затруднительно. Костомаров согласился прочесть речь на литературном вечере. Он деликатно ушел. Но студенты, которые видели в Костомарове борца с несправедливостью, возмутились, начались беспорядки. «Между тем тогда же до меня дошло, — рассказывал ученый, — что во многих высших кругах общества беспорядок, произведенный студентами на акте по поводу отмены чтения моей речи, возбудил неодобрительные толки, возымевшие влияние на правительственные лица, и что вследствие этого события правительство вознамерилось принять меры к обузданию своевольства студентов и учредить для хода университетских лекций более строгие правила. Через несколько времени произошло в Петербурге событие, подавшее больший повод к желанию обуздать студентов. В Варшаве происходили уличные беспорядки, последствием которых были выстрелы со стороны войска, положившие на месте пятерых поляков. В Петербурге поляки устроили по этому поводу в костеле Св. Екатерины на Невском проспекте панихиду по убиенным, которая должна была служить демонстрациею против мер правительства…» Костомаров посетил в этот день костел, в автобиографии он объяснял это тем, что обещали концерт из Моцарта и что он, увидев, что это совсем не концерт, тут же ушел. Но эти объяснения ему пришлось давать соответствующим органам. А 25 февраля скоропостижно скончался друг Костомарова Шевченко. Похороны тоже вылились в своего рода акцию протеста. Студенты несли гроб Шевченко от университета до Смоленского кладбища. Над телом его говорились речи на трех языках — русском, украинском и польском. Костомаров тоже сказал речь, он не мог ее не сказать. Речь была на украинском. Позже, на вечере памяти, устроенном в университете, он прочел статью «Воспоминание о двух малярах».
«Статья эта принята была публикой с восторгом, — вспоминал он, — и напечатана вслед за тем в „Основе". Бедный Шевченко несколькими днями не дождался великого торжества всей Руси, о котором только могла мечтать его долгострадавшая за народ муза: менее чем через неделю после его погребения во всех церквах Русской империи прозвучал высочайший манифест об освобождении крестьян от крепостной зависимости…Вспоминая эти минуты, могу сказать, что тогда была видима и ощущаема безмерная радость между людьми всякого звания и образования: чувствовалось, что Россия свергала с себя постыдное бремя, висевшее на ней в продолжение веков, и вступала в новую жизнь свободной христианской нации. Казалось, после отдаленной от нас эпохи крещения при Владимире еще не переживал русский народ такой важной минуты. После того оставалось желать одного — просвещения освобожденного народа, и действительно, это желание слышалось в устах всех образованных людей той эпохи».