Итак, вот основа дальнейшего непонимания между революционерами и Костомаровым: он считал реформу 1861 года поворотным пунктом в русской истории и ожидал просвещения народа, молодое поколение ожидало иного — окончательного освобождения из всеобщего рабства, точнее — отмены самодержавия. Историк, который замечательно понимал нюансы законов в относительно дальние времена, не сумел увидеть, что московское самодержавие за века ничуть не изменилось, просто сменило личину. Отмену крепости он воспринял как нравственную победу, а люди другого поколения — как временную уступку власти, чтобы «заткнуть рты» недовольным.
Со счастливыми иллюзиями, прочитав лекцию «О значении Новгорода в русской истории» в новгородском Дворянском собрании, он отправился за границу — отдохнуть и подлечиться.
Когда он вернулся в Петербург и пришел в университет для начала курса, то застал студентов в сильном волнении: в аудитории было немного слушателей, да и те стали расходиться. «Я узнал, — вспоминал он, — что в это самое время в университетском парадном зале происходила бурная сходка; студенты выломали дверь и шумно требовали отмены установленных для них стеснений, объясняясь с новым ректором И. И. Срезневским, заступившим на место выбывшего и уехавшего за границу Плетнева. На другой день произошло знаменитое, наделавшее в свое время шуму путешествие нескольких сот студентов в Колокольную улицу, в квартиру нового попечителя университета Филипсона, которого студенты потянули за собой через весь Невский проспект до университета. На следующий день новый министр народного просвещения граф Путятин сделал распоряжение о временном закрытии университета. Более двадцати студентов, сочтенных зачинщиками, были арестованы и посажены в крепость. С этих пор в Петербурге чуть не каждый день повторялось волнение молодежи, выражавшееся сходками на улицах, которые разгонялись солдатами…
12 октября громадная толпа студентов, человек более трехсот, у здания университета была окружена войском и отправлена в казематы, причем двум студентам нанесены были удары в голову. В Петропавловской крепости недостало места, и половина арестованных была отправлена в Кронштадт. Я не принимал ни малейшего участия в тогдашних университетских вопросах, и хотя студенты часто приходили ко мне, чтобы потолковать со мною, что им делать, но я отвечал им, что не знаю их дел, что знаю только науку, которой всецело посвятил себя, и все, что не относится непосредственно к моей науке, меня не интересует. Студенты были очень недовольны мною за такую постановку себя к их студенческому делу, но мне не удалось тогда уйти от клевет, ничем не заслуженных.
…Закрытый университет был вновь открыт для тех, которые покорились воле правительства и взяли матрикулы, повинуясь предписанным в них правилам, которые не принявшими матрикул считались стеснительными…Количество покорных властям не составляло и трети студенческого сословия, да и взявшие матрикулы не посещали аудитории, так что хотя университет объявлен был открытым, но читать в нем было не для кого… Между тем грозные слухи приходили о студентских смутах, совершающихся в других университетских городах…Впоследствии явилось мнение, что и в Петербурге волнению молодежи содействовали поляки, готовившие у себя восстание и желавшие произвести всеми силами беспорядок в русском обществе. Насколько я мог следить и заметить, это мнение едва ли основательно…Каков бы ни был москаль, либерален ли он или консервативен, — для них было все равно: достаточно того, что он москаль и не католик, — он уже им чужой…Студенческое дело производилось до конца 1861 года…За несколько дней до праздника Рождества Христова университет вторично был закрыт и уже на долгое время… Так как университет был закрыт, и неизвестно было, когда он откроется, то, желая сохранить за мною профессорское содержание, министр Головнин оставил меня при должности члена-редактора в Археографической комиссии с сохранением профессорского жалованья на три года».