Из добрых побуждений Костомаров вместе с другими преподавателями решил помочь выпущенным из крепости студентам, организовав публичные лекции, аналог университетского курса. Костомаров читал там русскую историю с XV века, то есть с того момента, на котором остановился в связи с закрытием университета. «Вообще я разделял русскую историю по времени на два отдела, — пояснял он, — первый заключал историю Руси удельно-вечевого уклада; второй — обнимал Русь единодержавную. Первый отдел был уже мною прочитан в университете, теперь я предложил читать второй отдел.
Лекции читаемы были в большом зале городской думы, очень просторном и светлом, в два света, с галереями наверху. Таким образом, после закрытия университета сам собою возникал новый, совершенно свободный университет, открытый для лиц обоего пола всех званий и без всякого официального начальства.
Февраль прошел благополучно, но в начале марта наступило неожиданное потрясение. В доме Руадзе на Мойке происходил литературный вечер 5 марта. На этом вечере между прочими участниками читал небольшую статью профессор Платон Васильевич Павлов. Статья называлась „Тысячелетие России" и была небольшим сокращением той статьи, которая в том же году была напечатана в календаре…Профессор несколько раз был останавливаем и прерываем рукоплесканиями, более на таких местах, которые могли иметь либеральный смысл и которые могли подать повод к толкованиям в дурном смысле. По окончании чтения, когда Павлова стали вызывать, он произнес текст из Евангелия: „имеющие уши слышати, да слышат". Это до чрезвычайности понравилось публике: его наградили самыми бешеными рукоплесканиями, которые побудили его в другой раз повторить то же изречение. На другой же день мы все узнали, что Павлов арестован и ссылается в Кострому. Студенты-распорядители заволновались и стали ходить к профессорам, представляя, что по этому поводу в виде демонстрации следует прекратить чтение лекций. Некоторые профессора поддались голосу студентов, но я энергически доказывал и тем и другим, что прекращение лекций не имеет никакого смысла, тем более что Павлов навлек на себя нерасположение правительства вовсе не за эти лекции, а по поводу тона чтения, не имевшего к лекциям никакого прямого отношения, и что делать демонстрации вообще в нашем положении нелепо. (Этим отказом Костомаров сильно возмутил студенчество, и его перестали считать либералом. — Авт.)
Надобно заметить, что я, некогда пользовавшийся у студентов большою любовью, стал уже прежде терять многое в глазах их. Меня почему-то считали вначале отъявленным либералом, даже революционером, и это было одною из причин того горячего сочувствия, каким я пользовался у молодежи. Вероятно, к тому мнению обо мне располагало молодежь мое долгое пребывание в ссылке за политическое дело, которого значения они хорошо не знали… Теперь мое нежелание прекращать лекции и мое увещание, обращенное к профессорам, о том же сделали меня в глазах молодежи решительным противником всякого модного либерализма. Затаивши против меня злобу, студенты-распорядители сказали мне, что они покинули свое намерение прекратить публичные лекции, и, обнадеженный их уверениями, я приехал 9 марта на свою лекцию». Эту лекцию ученый прочитал, но после объявления темы следующей студенты стали требовать, чтобы он, как и другие профессора, отказался в знак протеста от чтения лекций, на что он ответил отказом. Он собирался найти помещение для чтения лекций, поскольку дума отказывалась предоставлять свой зал (и понятно — почему). Вот тогда-то и явился к нему приятный молодой человек Николай Гаврилович Чернышевский, с которым ученый успел подружиться в Саратове. Прежний сторонник теперь стал просить, чтобы Костомаров от лекций отказался и молодежь не раздражал, обещая в случае отказа скандалы и бунты. На это историк заметил, что Чернышевский обратился не по адресу, если речь идет о возможном бунте — так надо бы поговорить с бунтарями. Чернышевский страшно рассердился и пообещал, что сделает все, чтобы лекции прикрыли.
«Я заявил ему, — говорил Костомаров, — что если правительственные лица, облеченные правом, приостановят чтение лекций во избежание беспорядков, то я подчиняюсь этому; притворяться же больным, когда я не болен, не стану, потому что это значило бы, заявивши публике о будущем моем чтении, вдруг испугаться молодежи и волею-неволею примкнуть к их партии и участвовать в программе их действий. Через день после этого я получил от министра извещение о том, что чтение публичных лекций приостанавливается». В запрещении лекций Костомаров менее всего видел «руку» Чернышевского, который вряд ли сумел бы дойти до Кабинета министров и иметь там серьезный разговор. Но, тем не менее, про переговоры с Чернышевским узнали, студенты стали распространять про ученого слухи и домыслы, он так от всего этого клеветничества устал, что отправился к министру и отказался от должности профессора Петербургского университета. «Эта думская история оставила на меня глубокое впечатление, — говорил он с горечью, — которое переменило многое в моих убеждениях. Я увидел, что большинство русской того времени молодежи, в научные силы которой я простодушно верил, легко могло быть увлекаемо трескучими фразами, шумихой, но оно мало ценило посвящение себя науке…Нигилизм сильно стал охватывать умы молодежи, и каждый день увеличивались сотнями полки его последователей.