…Вместе с тем в молодежи развивалась мысль, что для благой цели общественного преобразования не нужно стесняться ни в каких средствах; все меры признавались хорошими, если только в виду имелась желанная цель. Это была самая черная и возмутительная сторона современного нигилизма. Пусть бы у нигилистов были какие угодно идеалы об устройстве общества, но, если бы путь к достижению этих идеалов согласовался со враждебными душе человека принципами нравственности, нигилисты не представляли бы слишком опасных элементов, так как ничто не может поставить отпора беспощадной силе логики и убеждений. Что бы ни взяло верх в человеческом обществе, со всем пришлось бы мириться, лишь бы только это совершилось тою неотразимою силою признанной истины, которая всегда двигала и вечно будет двигать историею рода человеческого; но как скоро допустится столь известное у иезуитов правило — для доброй цели позволять дурные средства, то самая добрая цель превращается во вредную, а злые меры, от которых общество не в силах будет уберечься, принесут свои злые плоды, и последние непременно окажут вредоносное влияние, хотя бы и временное…Венцом всего был страшный эгоизм, выразившийся впоследствии тем, что значительная часть таких юных преобразователей общества, возмужавши, переродилась в биржевых игроков и эксплуататоров чужой собственности всеми возможными средствами; те же, которые остались энергически преданными своим нигилистическим теориям, оправдывающим всякое средство для цели, нравственно произвели поколение безумных фанатиков, отваживающихся проводить свои убеждения кинжалами и пистолетами». Костомаров не дожил ни до первой русской революции, ни тем более до второй и Октябрьского переворота, но поколение безумных фанатиков он угадал за годы до его настоящего появления. На его век достался один только Каракозов, совершивший покушение на цареубийство.
Отстранившись от студенческих дел, Костомаров занялся научными изысканиями. В 1862 году он напечатал в «Основе» коротенькую статью о малорусском писательстве. Она, «более, чем какая другая, была оценена публикою и откликнулась полным сочувствием. Я доказывал в этой статье, что мысль о выработке литературного малорусского языка тем путем, какой велся до сих пор, едва ли осуществима, и если может быть справедливым и полезным писать и печатать по-малорусски, то единственно книги, имеющие целью народное образование и заключающие в себе элементарные сведения в науках, которые бы расширяли кругозор народной умственной жизни. Мысль моя до того понравилась публике, что я начал получать отовсюду горячую благодарность и предложение взять на себя издание таких популярных книжек, которые бы содействовали указанной мною цели… Между тем впоследствии, когда по этому поводу поднялась против меня буря обвинений в „сепаратизме“, то печатно заявлялось мнение, что намерение издавать популярные малорусские книги научного содержания есть плод польской интриги».
История эта кончилась ничем. Летом 1863 года в «Московских ведомостях» поднялась буря «против малорусского литературного движения, коснувшаяся меня тем более, что в этой газете имя мое было выставлено на позор, как одного из преступных составителей замыслов, по мнению противников, грозивших опасностью государственному порядку. Пошли в ход слова: сепаратизм и украинофильство. Инсинуации давались преимущественно из Киева…На обвинения „Московских ведомостей“ я написал большое опровержение, но цензура его не пропустила. Тогда я обратился лично к министру внутренних дел Валуеву, который назначил мне свидание на своей даче на Аптекарском острове и сообщил мне, что, хотя мысль о написании популярных сочинений по-малорусски с целью распространения в народе полезных знаний не только не преступна, но и похвальна, однако в настоящее время правительство по своим соображениям считает нужным приостановить ее, чтобы не подать повода злонамеренным людям воспользоваться для иных целей и под видом дозволенного распространения в народе популярно-научных книг не дать им возможности распространять законопреступных подущений к мятежам и беспорядкам. Вслед за тем я узнал, что состоялось запрещение печатания по-малорусски книг, имеющих учебное значение. Я успел выпустить только первый выпуск „Священной истории“ Опатовича, у которого остались готовые два другие, и арифметику Конисского. Печатались еще два жития святых и остались также невыпущенными. Министр народного просвещения Головнин относился совершенно беспристрастно к вопросу о малорусской литературе… По его предложению я напечатал в „Журнале Министерства народного просвещенияu статью об особенностях малорусского наречия, дающих ему право самобытности в ряду славянских языков и не дозволяющих признать его ни видоизменением великорусского, ни польского».