О, эта приверженность к поиску правды! Костомаров никак не желал понять, что правда историческая и правда политическая — две разные правды. Он слущивал шелуху наслоений с картин прошлого, но властям нужен был неочищенный от шелухи портрет народных героев! Впрочем, Сусаниным историк не ограничился. В тех же «Отечественных записках» он опубликовал статью «Великорусские вольнодумцы XVI века». Это было, по его объяснению, историческое исследование о признаках религиозного волнения умов в Московской Руси в царствование Ивана Грозного, выразившегося мнениями Матвея Башкина, игумена Артемия, дьяка Висковатого и Феодосии Косого. Из них, по его мнению, только за Косым можно было признать действительные еретические мнения; другие лица осуждены были в ереси отчасти по недоразумению, отчасти по невежеству судей. Тут нападок было меньше, но истыми патриотами исследование считалось вредным. В конце концов, не выдержав журнальных нападок, ученый разразился серией статей. «Так, по поводу поднятых против меня в Москве возражений на мои исторические взгляды я написал статью „Правда москвичам о Руси", по поводу новых польских выходок там же напечатал „Правду полякам о Руси". Вслед за появлением этой статьи я стал получать из разных мест анонимные письма от поляков с угрозами смерти; одно из этих писем заключалось словом „готовьтесь! По поводу вопроса об отношениях иудеев к русскому, и преимущественно малорусскому племени в „Основе" же я напечатал статью „Иудеям". Последняя статья задела за живое некоторых лиц иудейского племени, и я получил из плева от одного из них укорительное, хотя и дружелюбное письмо, в котором автор письма доказывал, что иудеи — сущие благодетели малорусов, и огорчался тем, что я дозволил себе употреблять название „жиды". Я отвечал этому господину, что сомневаюсь насчет благодетельности иудеев, а что касается до слова „жиды", то обещаю вперед не употреблять этого слова, а писать „иудеи". Этот корреспондент милостиво согласился, что „иудеи" звучит лучше, но пошли потоком письма от других „иудеев", которые были не согласны».
В статьях на современную ему тему Костомаров умудрялся наговорить такого, что только больше разжигало эмоции. К счастью, на этих трех статьях, где всем и обо всем он открыл правду, историк остановился и снова обратился к интересующей его старине.
«Печатая мою историю Новгорода и Пскова, — писал он, — я в ту же осень принялся заниматься историею Смутного времени Московского государства в начале XVII века, и, каждый день посещая Публичную библиотеку, изучал источники эпохи, которую предполагал обработать. Во всей древней севернорусской истории не было такого другого периода, в котором бы народ был до такой степени предоставлен самому себе и собственными силами должен был отстаивать свое политическое, общественное и религиозное существование от внешних нападений и внутренних неурядиц и где он невольно должен был показать весь запас собственных духовных сил, необходимых для своего спасения. Эпоха эта, страшная и кровавая, заключала в себе утешительного то, что народ, перенесший ее, вышел из нее с торжеством, отстоявши, по крайней мере, свою независимость и свой общественный строй с теми началами, с какими установился прежде…Приступая к Смутному времени, я был верен себе и своей задаче работать над историею народа. Я работал над эпохою Хмельницкого и Выговского, где главным образом выказывалась деятельность народной массы; меня увлекала история Новгорода и Пскова, где также на первом плане была народная масса; меня заняла сильно эпоха дикой самодеятельности народа, проявившейся в бурное восстание Стеньки Разина. Точно по тем же побуждениям изучать и выражать в истории народную жизнь принялся я и за Смутное время Московского государства в начале XVII века.
В начале 1863 года я съездил на непродолжительное время в Москву, где систематически осмотрел все монастыри и много церквей, имевших историческое значение, а по возвращении оттуда выпустил в свет свою историю Новгорода и Пскова, давши ей название „Севернорусские народоправства"… по выпуске его в свет я получил от некоторых знакомых мне ученых лиц замечание, что название „Севернорусские народоправства" слишком вычурно, с чем я мало-помалу согласился и впоследствии перепечатал заглавный листок, давши этому сочинению другое название, гораздо проще: „История Новгорода, Пскова и Вятки". Впрочем, первоначальное название остается для меня предпочтительнее. Сочинение это встречено от некоторых с похвалою, от других с упреками; иные видели у меня исключительное пристрастие к Новгороду, поклонение его свободе, других коробило то, что я указывал на сходство древнего новгородского наречия с малорусским и на этом основании делал предположение о древнем сродстве новгородцев с южнорусским племенем». На это сравнение великорусские патриоты могли только злобно шипеть. Впрочем, особенного шипа тут не было. Но Костомарову ли не превратить тихий шип в звериный рев?