В 1864 году в издаваемом от Академии наук календаре он опубликовал исторический очерк Куликовской битвы. Вот на нее-то с такой яростью и кидался Аверкиев. Возражения первого мы уже знаем, послушаем объяснения второго. «Статья эта не менее „Ивана Сусанина” навлекла на меня разнородные обвинения в недостатке патриотизма и в злонамеренности моих способов обращаться с событиями русской истории. Дело было в том, что я, руководясь источниками, указал на такие черты в личности Димитрия Донского, которые противоречили сложившемуся о нем и ставшему как бы казенным мнению как о доблестном и храбром герое княжеских времен. Против меня поднялась целая буря патриотического негодования. Бывший тогда председатель Археографической комиссии Авраам Сергеевич Норов, старик хотя добрый и образованный, но считавший нравственным долгом казаться завзятым патриотом, так озлобился против меня за эту статью, что почти не мог выносить моего присутствия в заседаниях Археографической комиссии. В ученом отношении эти попытки оказывались очень слабыми, потому что за них брались люди, заслуживавшие одобрение только за свой патриотизм, а никак не за ученость. К ним следовало отнести и Погодина, который писал на меня в газете „День" ряд статей, главным образом указывая на мою склонность к какому-то недоброжелательству к России — унижать великих людей русской истории. Я защищался против него на страницах газеты „Голос"; но правду надобно сказать, что в ту пору я еще не освободился вполне от старой привычки слепо и с верою держаться известий в том виде, в каком они передаются летописными источниками, мало вникая в то, что самые источники по разным причинам нередко являются лживыми, даже без умышленного обмана. Так произошло и в вопросе о Димитрии Донском. Погодину и другим моим противникам очень не нравилось известие летописной повести о том, что Димитрий Донской перед Куликовской битвой надел свое великокняжеское платье на своего боярина Бренка, а сам в одежде простого воина в конце битвы очутился лежащим под срубленным деревом. Это имело вид, как будто великий князь Московский, желая сохранить собственную жизнь, выставил на убой своего верного слугу, а сам оказался в самой битве трусом. Погодин силился всеми натяжками объяснить это событие в хорошую для Димитрия сторону и, конечно, не мог; я же старался показать истинный смысл, какой представляло летописное повествование; но ни я, ни Погодин не обратили внимания, что самая эта летописная повесть не выдерживает критики и должна быть отвергнута, о чем я и заявил уже впоследствии в своей „Русской истории в жизнеописаниях". Впрочем, трусость Дмитрия Донского, которою так оскорблялись Погодин и другие мои противники, кроме этого события, не выдерживающего критики, неоспоримо доказывается постыдным бегством Московского великого князя из столицы во время нашествия на нее Тохтамыша».
Что тут скажешь? Костомаров, действительно, разбивал «народные кумиры», причем разбивал со знанием дела и без всякой жалости. Рев патриотов звучал еще очень долго. Они ему эту Куликовскую битву и этого Сусанина поминают даже сегодня. Напечатанная в то же время «Ливонская война» прошла на фоне Донского и Сусанина практически без эмоций.
Но самая большая и тяжелая работа велась над эпохой Смуты: над старинными текстами Костомаров сидел зимой 1864 на 65 год и весну 1865-го, работал без передышки, иногда целыми ночами, и в конце концов его организм не выдержал: у Николая Ивановича появились слуховые и зрительные галлюцинации. Он не мог спать. Он стал хуже видеть. Как средство избавления от наваждения — от истории Смуты, он выбрал отвлекающую поездку в Варшаву, хотя она и предполагала работу с польскими источниками по Смуте, но в свободное время историк посещал театры, музеи, церкви и кладбища. Когда он побывал на Повонзковском кладбище и увидел могилы с памятниками, запечатлевшими реальные исторические лица, оставившие след в истории Польши практически ему уже современной, у него явилась мысль заняться разработкой истории эпохи падения польской независимости. «Мне казалось, — пояснял он, — что недостаток исторической обработки этой эпохи составляет один из важнейших пробелов в нашей истории, и стоило приложить труд, чтобы его пополнить. Долгое время занятие историею падения Польши было почти немыслимо, потому что большая часть важнейших источников, относящихся к этому знаменитому событию, не только не была напечатана, но и самый доступ к пользованию ими не был дозволен. В нашей русской литературе, кроме „Истории падения Польши” Соловьева, не было ничего сколько-нибудь разработанного по этой части.