Цари стремились сохранить равновесие между различными боярскими группировками при дворе и в равной степени учитывать интересы разных социальных слоев. Например, Алексей Михайлович любил раздавать милостыню, публично беседовать с юродивыми, присутствовать на их похоронах. Перед смертью он приказал выпустить из тюрем всех узников и простить всем людям казенные долги.
Центральные государственные органы. До середины XV в., в условиях, когда князья рассматривали уделы исключительно как свою собственность, государственный механизм существовал в виде системы, обслуживавшей лично князя и его семью. Такая система именовалась дворцово-вотчинной. В 1446 г. были учреждены дворец (хозяйственно-административная организация) и двор (военно-административное объединение служилых людей). Отдельные направления княжеского хозяйства (пути) возглавляли путные бояре. Во главе этой системы находился дворецкий (дворский). Во дворце один боярин отвечал за питейное дело и бортевое пчеловодство (чашник), другой — за государеву спальню (постельничий), третий — за охоту (сокольничий) и т. д.
По мере расширения территории Московского государства князья из вотчинников превращались в государей, а их личный аппарат — в правительство. Выполнение тех или иных обязанностей с конца XV в. стало терять характер временного княжеского поручения и превращалось в постоянную службу. На рубеже XV–XVI вв. великие князья пока еще оставляли Москву своим наследникам на правах общей собственности, но это было уже формальностью.
Боярская дума. На вершине государственного аппарата находилась дума (или, как ее позднее стали называть историки, Боярская дума). С конца XV в. она превращается в постоянно действующий орган при князе. В нее входят представители древнейших княжеских и боярских родов: князья чернигово-северские (Глинские), ростово-суздальские (Шуйские), потомки литовского государя Гедимина (Бельские), московские бояре (Морозовы, Воронцовы, Захарьевы-Юрьевы) и др. Им присваивались придворные чины: боярина, окольничего (второй после боярина думный чин). В княжение Василия III, помимо этих двух чинов, появились думные дворяне и думные дьяки (секретари).
Первоначально численность думы была невелика — до 20 человек.
Судебник 1497 г. отводит думе такую роль в процессе законотворчества: «А которые будут дела новые, а в сем Судебнике не написаны, и как те дела с государева докладу и со всех бояр приговору вершатся, и те дела в сем Судебнике приписывати». Права Боярской думы никаким законом не определялись, здесь действовало обычное право. Дума очень редко рассматривала какие-либо вопросы по своей инициативе. Как правило, это были проблемы, на необходимость решения которых указывал государь. Решения думы получали силу закона лишь после их утверждения царем.
Бояре удельных князей еще сохраняли право отъезда, но московские в 70-е гг. XV в. его уже утратили. Так в высших социальных слоях Московского государства начали оформляться отношения подданства.
Компетенция думы была определена Судебником 1550 г. в виде формулы: «Царь указал, бояре приговорили». О степени эффективности думы говорит публицист XVII в. подьячий (низший административный чин) Посольского приказа Григорий Котошихин: «А иные бояре, бороды свои уставя, ничего не делают, ибо царь жалует не по уму, а по породе, и многие из них грамоты не знают».
К середине XVII в. социально-экономические последствия Смуты были преодолены. Присоединение новых земель во второй половине XVI — первой половине XVII в. улучшило финансовое положение страны, власть обрела финансовую независимость от бояр и купечества и выросла в собственных глазах.
Власть теперь опиралась не на бояр, а на полностью зависящее от нее дворянство: если в середине XVI в. насчитывалось 22–23 тыс. дворян, то через сто лет их было уже 39 тыс. Поэтому необходимость в таких элементах сословно-представительной монархии, как Боярская дума и Земские соборы, отпала.
В середине XVII в. в думу входили десятки человек, что лишило ее оперативности. Для повышения эффективности работы из ее состава сначала была выделена Малая дума, потом царь стал принимать решения в узком кругу приближенных. Так, если за годы царствования Алексей Михайлович подписал 588 указов, то в думе за этот же период было обсуждено лишь 28 указов. Параллельно шло изменение социального состава думы: она стремительно пополнялась наиболее опытными думскими дворянами и дьяками. Это были чиновники, проработавшие в приказах по 20–30 лет и имевшие огромный опыт. В 1653 г. их доля в думе составляла уже 11 %.