К концу XVII в. дума разрослась, в ее состав при Федоре Алексеевиче входили 167 человек.
Приказы. Образование единого государства повлекло за собой необходимость создания единого аппарата управления. Органами центрального государственного управления, ведающими особым родом государственных дел или управлением отдельными княжествами и землями, вошедшими в состав Московского царства, стали приказы (Разрядный, Холопий, Житный, Большого дворца, Казенный, Постельный, Конюшенный и др.). Появление первых приказов относится, видимо, еще ко времени правления Ивана III. Во главе приказов стояли дьяки — выходцы из неродовитых служилых людей. Дьякам подчинялись подьячие (писцы). Прежде дьяки, судя по всему, выполняли канцелярские обязанности и хранили княжескую казну. Теперь они превращались в чиновников, служилых людей, исполняющих важные административные функции. В княжение Ивана III управление государством начинает переходить из рук вольных слуг (бояр, посылавшихся на кормление в регионы) к формирующемуся бюрократическому аппарату Возникает великокняжеская канцелярия.
Приказы были постоянно действующими учреждениями. Впервые термин «приказ» встречается в 1512 г. (хотя сами приказные учреждения, видимо, существовали и раньше).
М. Ф. Владимирский-Буданов разбил приказы на пять групп по роду дел, которыми они занимались.
Первую группу составляли органы дворцово-финансового управления: Большой дворец, выросший из ведомства дворецкого, и Казенный приказ. Затем возникли приказы Конюшенный, Ловчий, Большого прихода (собиравший косвенные налоги — торговые пошлины, мостовые и пр.) и Счетных дел (своеобразное контрольное ведомство).
Вторую группу составляли приказы военного управления. Разрядный приказ, ведавший назначениями служилых людей, вскоре разделился на Стрелецкий, Казачий, Иноземный, Пушкарский, Рейтарский, Оружейный, Бронный и др.
В третью группу были включены приказы, связанные с исполнением судебных функций: Поместный (ведавший распределением и перераспределением поместий и вотчин, а также тяжбами по имущественным делам), Холопий, Разбойный (занимавшийся уголовными делами и тюрьмами), Земский (осуществлял полицейские и судебные функции в Москве).
К четвертой группе относились органы областного управления, создававшиеся по мере присоединения к Москве новых территорий: Новгородский дворец, Тверской, Нижегородский, Дмитровский и т. д.
Отдельными отраслями управления занимались приказы, объединенные в пятую группу: Посольский, Ямской (почтовая гоньба), Каменный (в ведении которого находилось каменное строительство и каменные сооружения), Книгопечатный, Аптекарский, Печатный (распоряжавшийся государственной печатью) и др.
Первоначально решения этих приказов на местах выполнялись плохо, поскольку центральная власть была слаба и не имела возможности контролировать исполнение своих распоряжений. Лишь к середине XVI в., когда приказы окончательно превратились из ведомств великокняжеского Дворца в общегосударственные органы, ситуация начала меняться.
Земские соборы. Принципиально новым политическим институтом этого периода стали Земские соборы — собрания представителей различных слоев населения Московского царства для обсуждения политических, экономических и административных вопросов. Они сформировались из совместных заседаний Боярской думы и высшего церковного органа — Освященного собора.
Первый Земский собор (Собор примирения, названный так, поскольку, судя по всему, был призван примирить различные социальные группы, что было необходимо после Московского восстания 1547 г.) был созван в Москве в 1549 г. На нем, помимо членов Боярской думы и высших иерархов Русской православной церкви, присутствовали земские люди — представители различных слоев Московского государства.
Организация выборов, порядок работы, нормы представительства и численность земских людей точно не были определены. Выборы проходили следующим образом. Воеводы получали специальное предписание из Разрядного приказа, которое зачитывалось местному населению. Затем составлялись выборные списки, проходили выборы, и выбранные получали наказ от местного населения. Иногда при необходимости срочного созыва собора местные должностные лица просто назначали участников и отправляли их в Москву.