Столкновения великих князей с боярами были редкостью и носили характер личных конфликтов. У Ивана III такой конфликт произошел в самом конце его княжения. В 1499 г. Иван III сначала назначил своим наследником внука Дмитрия (от старшего сына первой жены) и венчал его на великое княжение. Затем развенчал и назначил наследником сына от второй жены — Василия. Мать Василия, Софью (Зою) Палеолог, воспитанную при дворе папы римского, бояре не любили и выступили на стороне Дмитрия-внука. Началась полоса дворцовых интриг. Сторонники Дмитрия в конце концов потерпели поражение: князь Семен Ряполовский-Стародубский поплатился головой, князь Иван Юрьевич Патрикеев с сыном Василием были насильно пострижены в монахи, остальные не пострадали, урок усвоили.
Такой же характер личной вражды носили конфликты Василия III с боярами.
Второй причиной сокращения административной свободы боярства стала сложная внешнеполитическая обстановка.
Война требовала больших затрат, а бояре имели значительные финансовые льготы. Фактически великий князь собирал армию на средства собственного удела, поэтому Василий III стал лишать бояр их привилегий. Завершил начатое им дело его сын Иван IV. «Тарханных грамот [освобождавших от прямых налогов] впред не давати никому, — говорилось в Судебнике Ивана IV, — а старые тарханные грамоты поимати [отобрать] у всех».
Осложнение международного положения Московской Руси продемонстрировало ущербность местнического принципа организации армии. Командиры отдельных полков подчинялись друг другу лишь в том случае, если нижестоящий командир был менее знатным, чем вышестоящий. В случае возникновения конфликта любой из них мог вывести из боя своих людей. Поэтому при назначении на военную должность правительство должно было руководствоваться не профессиональными качествами претендента, а местнической иерархией. Четкая, оперативная система управления армией в этих условиях была просто невозможна. Для исправления ситуации правительство в 1549 г. приняло «Приговор о местах». Его смысл заключался в попытке устранения местнических споров в полках, особенно во время военных походов.
Третьей причиной ухудшения статуса боярства стала потребность государства в эффективном государственном управлении. До начала XVI в. Московская Русь представляла собой конфедерацию княжеств, которая лишь формально управлялась из Москвы с помощью кормленщиков — наместников и волостелей. Наместники управляли городами и собирали с них государственные налоги. Аналогичные функции в волостях исполняли волостели. Часть финансовых сборов шла в казну, а часть присваивалась кормленщиками. Они рассматривали свою должность как своеобразную пенсию, в то время как реальное управление передавалось управляющим. Однако постепенно Московское государство формировало единую централизованную систему управления. Во время правления Елены Глинской властные возможности кормленщиков сократились, а контроль над ними со стороны центральных органов возрос. В 1550 г. из рук кормленщиков к государству перешло право сбора пошлин и налогов. В это же время некоторые волости получили право самостоятельно выплачивать казне налоги взамен выплаты кормов волостелю. С 1552 г. местное управление стало строиться без кормленщиков, а в 1556 г. кормления были отменены.
Существовала и четвертая причина — рост государственного аппарата. Темпы его роста превышали темпы естественного прироста бояр как социальной группы. Требовались и воеводы в армию, и наместники в уезды и волости, и чиновники в приказы, куда боярам считалось идти зазорным. В результате эти места стали заполняться дворянами, экономические и политические интересы которых столкнулись с интересами бояр.
К середине XVI в. социально-политическое положение боярства существенно изменилось. По указанию царя бояр переселяли из их вотчин на другие земли, но уже на правах помещика. Отныне бояре должны были нести военную или чиновничью повинность в пользу государства. Из некогда правящей социальной группы они превратились в служилых людей «по отечеству».
По своему положению они делились на чины боярские (бояре, окольничие, думные дворяне и думные дьяки), московские (стольники, чашники, постельничие и др.) и городовые (провинциальное боярство).
Судьба служилых «по отечеству» принципиально отличалась от жизни европейских феодалов: служба во всех европейских странах была добровольной. Например, в Польше шляхтичи могли не ходить на войну даже в том случае, если враг напал на их собственную страну. В Москве же термин «служилые люди» стал синонимом «кабальных людей», «государевых холопов».