Пришедший из Заволжья Хидырь убил и Навруса, и ханшу Тайдулу. В результате «замятии великой» появилось сразу 4 царя и несколько князей. Хидыря убил его брат Мурут (Мурат), утвердившийся на Левобережье Волги, а правую сторону Волги захватил темник Мамай (ум. 1380 г.), зять Бердибека. Не будучи чингизидом (только чингизиды могли быть великими ханами), он сделал «царем» некого Авдуля. Третий царь Килдибек выдавал себя за сына Джанибека, «такоже дивы многие творяше», а четвертый с рядом «князей» затворился в Сарае. Тогда же Болактемирь захватил Волжскую Булгарию. Именно с этого времени Волжская Булгария стала превращаться в «Казанское ханство», а булгары начали привыкать к имени «татары».
Распад Орды привел к заметному усилению набегов татарских «князей» на русские земли, грабежу русских князей, возвращающихся из Орды. Потребность в консолидации сил резко возросла, но ее затрудняли обострившиеся (не без помощи той же Орды) противоречия между князьями. Первоочередной задачей Алексия и московских «старых бояр» становилось возвращение права на великое княжение в Москву. В 1362 г. спор между Дмитрием Константиновичем Суздальским и московским княжичем Дмитрием ордынский хан Мурат решил в пользу Москвы. Московская рать овладела Переяславлем, изгнав оттуда Дмитрия Константиновича, а затем заняла и Владимир, где положено было вступать на великокняжеский стол. На коронацию прибыл посол, на сей раз от Мамая и Авдуля, привезший ярлыки. В свою очередь Мурат направил ярлык Дмитрию Константиновичу, который вновь занял Владимир. Московское войско опять изгнало суздальского князя из Владимира, но у Суздаля остановилось на мирные переговоры. Дипломатический расчет заключался, видимо, в том, что, у суздальского князя назревал конфликт с братом Борисом, занимавшим Нижний Новгород. Конфликт разразился, и старший брат не сумел отобрать у младшего нижегородский стол. Бориса вызвали в Москву, очевидно, к митрополиту, но он отказался явиться на вызов. Именно тогда митрополит Алексий направил в Нижний Новгород Павла и Герасима, дабы закрыть церкви, — подобная мера считалась очень жесткой, но действенной. К тому же такая мера позволяла разрешить спор, не прибегая к силе оружия.
В 1363 г. на Северо-Восточную Русь с низовий Волги снова пришел мор, унесший много жизней, распространяясь из Нижнего Новгорода на Переяславль, Коломну и Москву. А «царь ордынский» Азиз вновь решил столкнуть Москву с суздальским князем Дмитрием Константиновичем, которому был передан ярлык на великое княжение. Суздальский князь, однако, на сей раз от ярлыка отказался в пользу московского князя, испросив заодно помощь против своего брата Бориса. Помощь была оказана — Дмитрий Константинович сел в Нижнем Новгороде, а Борис получил Городец. Таким путем Алексию удалось развязать один из самых кровоточащих в то время политических узлов.
Ab 1366 г. шестнадцатилетнего Дмитрия женили на дочери нижегородского князя Авдотье. Брак по расчету оказался счастливым и в житейском плане, что также способствовало упрочению союза теперь уже тестя с зятем. Другая дочь нижегородского князя была выдана за Микулу Васильевича Вельяминова, сына московского тысяцкого Василия Васильевича Вельяминова. Не исключено, что этот брак, в свою очередь, предполагал снятие напряженности между Дмитрием и тысяцким Вельяминовым, как-то связанным с гибелью за десять лет до того близкого отцу Дмитрия тысяцкого Алексея Петровича Хвоста. Обе свадьбы игрались в Коломне — этим обозначалась решимость Москвы отстаивать за собой рязанский в прошлом город, захват которого в начале века Рязань не признавала. К тому же Москва только что пережила страшный пожар и вся была покрыта строительными лесами. Именно на этой волне было решено создать каменный кремль, который и был построен в 1367 — 1368 гг., что оказалось весьма своевременным в связи с обострением отношений с Литвой.
С Литвой отношения у митрополита не сложились. Но это обстоятельство побуждало больше внимания уделять проблемам Северо-Восточной Руси, что, в свою очередь, требовало консолидации сил вокруг Москвы.
Борьба за Суздальско-Нижегородское княжество была актуальной и в чисто церковном плане, поскольку поставленный на Западную Русь митрополит Роман претендовал также на Тверское и Суздальско-Нижегородское княжества. Колебания постоянно проявлял и Новгород Великий. Алексий интенсивно менял состав епископата во всех неустойчивых землях. После кончины Романа в 1362 г., казалось, устранился и очевидный конкурент. Но торжество Москвы в борьбе с Нижним Новгородом и укрепление ее позиций лишь обострило политические притязания Литвы. Эти притязания вытекали из самого факта противостояния Алексия и Романа. Ольгерд постоянно жаловался в Константинополь на московского митрополита, намекая на возможность сближения Литвы с католическим Западом (что реально и происходило). Это явное усиление католичества в кругах собственно литовской знати удерживало исихастскую верхушку Константинополя от прямой поддержки Литвы против Москвы. Исихастов устраивал бы такой вариант, при котором Русская митрополия, оставаясь единой, сдерживала бы в Литве прокатолические настроения, а в Северо-Восточной Руси — стремление решать свои насущные проблемы по борьбе с Ордой.