В Византии заметили новый подъем авторитета Москвы и тенденцию к политической консолидации княжеств Северо-Восточной Руси на антиордынской и антилитовской основе. Поскольку эти процессы в церковном плане завязывались наличности митрополита Алексия, предпринимается очередная попытка либо заставить его изменить политические предпочтения, либо заставить отказаться от сана. В Москву прибывает очередной патриарший посол — болгарин, исихаст Киприан (ок. 1340—1406). Снова поднимается вопрос о явке на допрос в Константинополь, снова проверяется конкретная деятельность митрополита, в частности, говоря современным языком, его «кадровая политика». 1374 г. в летописях, близких Троицкой, открывается известием о поставлении на епископскую кафедру Суздаля и Нижнего Новгорода Дионисия, архимандрита Печерского (Нижегородского) монастыря. Летописи дают новому епископу самую лестную характеристику, отмечая, в частности, заслуги его в монастырском строительстве и пропаганде монастырского общежития. Эта деталь позволяет полагать, что нижегородского кандидата Алексий поддерживал и, возможно, надеялся использовать в сдерживании сепаратистских устремлений некоторых нижегородских князей. С последовавшим затем поставлением в Тверь епископа Ев-фимия дело обстоит сложнее — эта акция проходила уже под надзором Киприана, который именем патриарха и обязал заполнить пустовавшую кафедру.
Из Твери митрополит в сопровождении Киприана отправился в Переяславль. Этот город для московских князей играл примерно такую же роль, как для некоторых ветвей тверских (в том числе «великих») князей Кашин. Именно в Переяславле в 1374 г. родился второй сын Дмитрия Юрий, и именно здесь по случаю рождения произойдет съезд большого числа князей и бояр, на котором будут заложены основы союза Северо-Восточных княжеств, определившего границы Великороссии. Но Киприан похоже покинул Русь раньше этого съезда. Он направился в Константинополь добиваться своего утверждения на митрополию «всея Руси» (т. е. всех епархий Руси в домонгольских границах). Константинополь в 1375 г. утвердил его в качестве митрополита Киевского и входивших в состав Литвы и Польши русских епископств, с перспективой занятия митрополичьей кафедры «всея Руси» после смерти престарелого Алексия.
В литературе существуют разногласия по поводу реакции Алексия на происки Киприана и Константинополя, особенно по поводу доставления Киприана «на Киев», т. е. именно туда, куда безуспешно хотели переселить из Москвы Алексия. Между тем его поведение вполне логично, независимо от того, как он относился к Киприану лично. Алексий явно не был сторонником идеи митрополии «всея Руси», поскольку таковая предполагалась как альтернатива возвышающейся Москве и объективно была на данном этапе пролитовской. Уже поэтому он не мог выступать против выделения западных русских епархий в особую митрополию. Другое дело — перспектива подчинения пролитовскому митрополиту епархий Великороссии. С этим Алексий, конечно, не мог согласиться, ибо всю жизнь боролся за ее подъем и объединение вокруг Москвы.
А.Е. Пресняков обратил внимание на противоречия в решении двух константинопольских соборов: 1380 г. при патриархе Ниле и 1389 г. при патриархе Антонии (оба были исихастами). «Соборное деяние» 1380 г. оправдывает (посмертно) Алексия и обвиняет Киприана в интригах, в стремлении добиться низложения митрополита. Оправдывает его и в реакции на «лицемерные» послания Ольгерда в Константинополь. При этом делается ссылка на «церковных сановников», которые проверяли не только дела Алексия, но и Киприана тоже. Собор 1389 г., напротив, полностью становится на сторону Киприана, акцентируя внимание на том, что Алексий отверг предложения примирения с литовской стороны, «ни во что поставив патриаршие грамоты». А на последнюю грамоту митрополит якобы даже не ответил.Очевидно, в 1380 г. Нил пользовался результатами проверок, проведенных его предшественником, противником исихастов Макарием, да и «посулы» от имени Дмитрия, видимо, влияли на содержание решения.