Константинопольский патриарх стремился к тому, чтобы "митрополит Киевский и всея Руси" сохранял свободу рук в княжеских распрях. Вот почему после смерти Петра митрополитом был назначен "нейтральный" грек Феогност (1328 - 1353). Но новому митрополиту приходилось исходить из реальностей соотношения сил и намерений золотоордынских ханов, которые после народного восстания 1327 г. в Твери сделали ставку на московского князя. Феогност поддержал Ивана Калиту в его борьбе за великокняжеский престол с тверскими и суздальскими князьями. Когда после неудачного восстания 1327 г. тверской князь Александр Михайлович нашел себе убежище в Пскове, митрополит наложил отлучение на весь город. Это побудило тверского князя отъехать в Литву. Однако позднее Феогност, обеспокоенный чрезмерным возвышением Ивана Калиты, содействовал возвращению тверского князя, что, конечно, не отвечало интересам Москвы.
Много сил пришлось приложить Феогносту для того, чтобы сохранить единство митрополии. Мечтавшие о церковной независимости литовские князья всячески стремились заиметь собственного, послушного их воле митрополита. С этой целью они оказывали сильное давление на константинопольского патриарха. Феогносту с огромным трудом удалось сохранить единство митрополии и низвергнуть "самозваных" митрополитов Юго-Западной Руси. Однако было ясно, что с образованием двух центров, соперничавших между собой за главенство в объединении древнерусских земель, раскола митрополии не избежать.
Преемником Феогноста стал митрополит Алексей (1354 - 1378), о деятельности которого шла речь выше. Это был редкий случай, когда константинопольский патриарх утвердил на митрополичий престол "русича", ставленника московских князей. В грамоте патриарха Филофея о назначении было подчеркнуто, что подобное сделано в виде исключения. В Золотой Орде, поддержавшей Алексея, надеялись, что его возвышение вызовет негативную реакцию литовских князей: в Орде делали все, чтобы столкнуть между собой Литовское и Московское княжества, разрушить любое единство, даже хрупкое церковное. В первые годы своего митрополичества Алексею пришлось напрячь все силы, чтобы подобного не случилось. Это раздражало литовских князей. По приказу Ольгерда Алексей, который объезжал свою епархию, был схвачен в Киеве и заточен. Лишь спустя два года, в 1360 г. ему удалось бежать, после чего Алексей уже опасался появляться в литовской части своей митрополии. Позднее это дало повод Ольгерду обвинять митрополита в пренебрежении своими пастырскими обязанностями. Под давлением князя константинопольский патриарх поставил на Литву отдельного митрополита Киприана с условием, что после смерти Алексея он останется на вновь объединившейся русской митрополии.
В годы правления Алексея ситуация на северо-востоке Руси существенно менялась. Золотая Орда была потрясена жестокими междоусобицами. На глазах росло могущество Великого княжества Литовского. Москва после смерти князя Ивана Красного переживала внутренние неурядицы, которые некому было пресечь твердой рукой, - князю Дмитрию шел лишь десятый год. Воспользовавшись этим, суздальский князь Дмитрий Константинович получил в Орде ярлык на великое княжение. Но именно в это трудное для Москвы время и определилось политическое лицо Алексея. Он не устранился, подобно своему предшественнику, от политической борьбы, а, напротив, активно в нее вмешался.
Митрополит Алексей неофициально возглавил правительство Москвы. Соединение в его руках светской и духовной власти способствовало торжеству дела потомков Калиты. Москва, руководимая искушенным правителем-митрополитом, очень скоро не только вернула утраченное, но и стала завоевывать новые позиции. Характерно, что для достижения своих Целей Алексей прибегал даже к таким сомнительными способам, как арест политических противников, поверивших "слову" митрополита. Так, в 1368 г. был брошен в темницу Михаил Тверской, приехавший под митрополичьи гарантии в Москву.
Использовал митрополит и высокий духовный авторитет Сергия Радонежского. По-видимому, не без участия Сергия, подкрепленного движением московской рати, было сломлено стремление ростовского князя Константина Васильевича обрести независимость. Появление знаменитого игумена в 1364 г. в Нижнем Новгороде, где им были запечатаны все церкви, заставило князя Бориса Константиновича в конце концов покинуть захваченный им город и пойти на мир со своим старшим братом Дмитрием Константиновичем. Но подобные услуги дорого стоили: князь Дмитрий принужден был в том же году "добровольно" уступить ярлык на Великое княжение подросшему московскому князю. Следует, однако, подчеркнуть, что эта победа - не только итог расчетливой политики митрополита, заставившей суздальского князя принять подобное решение. Москва уже определилась в роли руководящей силы Великороссии. Она настолько выделялась среди других княжеств, что владимирцы в своей ориентации на сильного не желали иных князей, кроме их московских "природных государей". Московские князья, в свою очередь, привыкали смотреть на Великое княжение как на наследное.
Это явное возвышение Москвы вызвало опасения в Золотой Орде. Наметилось сближение Орды, Литвы и тверских князей. Союз этот был непрочен и внутренне противоречив. Но тем не менее он грозил Дмитрию Ивановичу и Алексею большими бедами. В этих условиях Алексей настоял на умеренности и осторожности. В 1371 г. московский князь отправился с поклоном в Золотую Орду к захватившему власть Мамаю. Мамай отступился от князя Михаила Тверского. Опасное сближение удалось нейтрализовать, и Твери пришлось в дальнейшем в одиночестве завершать борьбу. Но силы были слишком неравны. В 1375 г. московский князь с союзниками, получив благословение митрополита, осадил Тверь. Михаил Тверской сдался. Мирный договор зафиксировал неравное положение сторон. Тверской князь признавал Дмитрия Ивановича "старшим братом" и отказывался от Великого княжения даже в том случае, если его станет жаловать сам хан.
Отношения Алексея с повзрослевшим Дмитрием Ивановичем были далеко не такими безоблачными, как обыкновенно представляются историками церкви. Митрополит был противником обострения отношений с Золотой Ордой. Московский князь все более склонялся к мысли о выступлении против правителей Орды. Тяготился, по-видимому, Дмитрий Иванович и теократическими наклонностями митрополита. Возникшие трения отражали различия в положении и целях светской и духовных властей, государства и церкви в период собирания земель. Дмитрий Иванович даже требовал от стареющего митрополита назначить себе преемника, Митяя, человека незаурядного, близкого к московскому князю. Алексей противился этому желанию, опасаясь, что Митяй не сумеет отстоять перед светской властью интересы митрополии. Он даже попытался противопоставить Митяю Сергия Радонежского, которого прочил в митрополиты. Однако Сергий наотрез отказался от митрополичьего сана.
В середине XIV в. возникло течение, направленное на улучшение нравов духовенства и рост авторитета церкви. Главой его и стал Сергий Радонежский, основатель Троицкого монастыря. В его обители утвердился общежитийный устав, согласно которому монахи отказывались от всякой личной собственности (в противоположность ранее распространенному келиотскому уставу, по которому каждый монах жил особо, своим хозяйством, не являясь собственником монастыря в целом). Аскет, человек твердых религиозных убеждений и правил, Сергий своим благочестивым поведением утверждал новый тип церковного деятеля-подвижника, который служил живым укором высшему, мало радеющему о спасении ближних, клиру. Алексей сумел оценить всю силу духовного воздействия Сергия. При этом митрополит проявил себя как дальновидный церковный политик, который использовал авторитет Сергия и его последователей для упрочения позиций церкви.
После смерти Алексея за митрополичий престол разгорелась упорная борьба. Московским князьям на этот раз уже не удалось поставить безусловного своего сторонника. Преемники Алексея, болгарин Киприян и грек Фотий, проводили достаточно независимую политику, заботясь о единстве своей митрополии и не допуская откровенной поддержки московских правителей. Но к этому времени Москва уже превратилась в признанный центр Северо-Восточной Руси, вокруг которого шел процесс "собирания земель".